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- PDB-9i22: Structure of Human helicase RecQ1- Myc G-quadruplex - ADP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9i22
タイトルStructure of Human helicase RecQ1- Myc G-quadruplex - ADP complex
要素
  • ATP-dependent DNA helicase Q1
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')
キーワードHYDROLASE / helicase DNA G-quadruplex
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA helicase activity / DNA/DNA annealing activity / four-way junction helicase activity / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' DNA helicase activity / replication fork processing / DNA helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / chromosome / DNA replication ...double-stranded DNA helicase activity / DNA/DNA annealing activity / four-way junction helicase activity / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' DNA helicase activity / replication fork processing / DNA helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / chromosome / DNA replication / DNA repair / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily ...ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / TRIETHYLENE GLYCOL / DNA / DNA (> 10) / ATP-dependent DNA helicase Q1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Song, Z.Y. / Liu, N.N. / Ai, X. / Rety, S. / Xi, X.G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32301042, 32071291, 32071225 中国
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Structural mechanism of RECQ1 helicase in unfolding G-quadruplexes compared with duplex DNA.
著者: Song, Z.Y. / Zhang, X. / Ai, X. / Huang, L.Y. / Hou, X.M. / Fosse, P. / Liu, N.N. / Mauffret, O. / Rety, S. / Xi, X.G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2025年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent DNA helicase Q1
B: ATP-dependent DNA helicase Q1
C: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,48019
ポリマ－135,9834
非ポリマー1,49715
水00
1
A: ATP-dependent DNA helicase Q1
C: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6659
ポリマ－67,9922
非ポリマー6737
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ATP-dependent DNA helicase Q1
D: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,81510
ポリマ－67,9922
非ポリマー8238
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)155.195, 155.195, 126.841
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 ATP-dependent DNA helicase Q1 / DNA 3'-5' helicase Q1 / DNA helicase / RecQ-like type 1 / RecQ1 / DNA-dependent ATPase Q1 / RecQ ...DNA 3'-5' helicase Q1 / DNA helicase / RecQ-like type 1 / RecQ1 / DNA-dependent ATPase Q1 / RecQ protein-like 1


分子量: 60417.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RECQL, RECQ1, RECQL1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P46063, DNA 3'-5' helicase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')


分子量: 7573.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 15分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: D-Malic acid 0.1M pH 7 PEG 3350 12%

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97847 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97847 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→77.6 Å / Num. obs: 40883 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 25.2 % / Biso Wilson estimate: 64.96 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 21.19
反射 シェル解像度: 2.42→2.58 Å / 冗長度: 17.4 % / Rmerge(I) obs: 1.875 / Mean I/σ(I) obs: 0.46 / Num. unique obs: 2045 / CC1/2: 0.623 / % possible all: 72.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.42→77.6 Å / SU ML: 0.3793 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 37.6294
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2684 1984 4.85 %
Rwork0.2182 38895 -
obs0.2206 40879 68.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→77.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8456 750 76 0 9282
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00629537
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.156313040
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07731438
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00751517
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.89553619
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.42-2.480.5778220.5096324X-RAY DIFFRACTION8.29
2.48-2.550.442530.3676952X-RAY DIFFRACTION23.91
2.55-2.620.4216770.33321433X-RAY DIFFRACTION36.13
2.62-2.70.3199690.33531308X-RAY DIFFRACTION32.76
2.71-2.80.37651160.34572149X-RAY DIFFRACTION54.21
2.8-2.910.44441370.3312528X-RAY DIFFRACTION62.85
2.91-3.050.39371450.36332907X-RAY DIFFRACTION72.29
3.05-3.210.34831620.3383369X-RAY DIFFRACTION83.95
3.21-3.410.37791850.28723861X-RAY DIFFRACTION95.6
3.41-3.670.32671710.24353430X-RAY DIFFRACTION84.65
3.67-4.040.3221990.21684072X-RAY DIFFRACTION100
4.04-4.620.22062140.16414092X-RAY DIFFRACTION100
4.63-5.830.21282150.16824135X-RAY DIFFRACTION100
5.83-77.60.19952190.18174335X-RAY DIFFRACTION99.91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.273604950660.382978327469-0.1088825046462.582885123521.097796121261.6988803229-0.03252224968380.1063242405480.0714394185732-0.242064549729-0.1840092088430.491247133405-0.0517693847655-0.2441693767-7.56353555272E-60.268049249927-0.02850589942370.02432325125580.3655578878970.06299269814440.35256037078921.1398629474-6.2781189004715.2675875582
21.04352504236-0.05650284307710.1385911150741.129493925070.6672274941940.6672813970230.01393918608930.101425716065-0.153398014322-0.2398347760110.225249241724-0.36826857024-0.2654884437830.2844857715834.91398620254E-60.366798265306-0.0549805679120.05572342886140.3857195640760.07324954171360.39543778318436.4804561097-2.1922702985413.4726971036
30.984248493132-0.06060909520180.4732933436561.59233033911-0.3850408301810.884246266029-0.0569357971493-0.9237809877850.09672759433760.5674859579250.05154575609570.41747544667-0.135845604773-0.30612178783-0.0004342247477770.439633085618-0.02720386866490.2654828205740.2028202864720.09791049354590.21763594247228.50813304315.1335643256545.6303650048
40.08974695215310.1504778865140.2071367729670.2911290299310.08637098781440.786595481794-0.0544575142961-0.08435687469810.1400797351870.0536288668066-0.08083293968420.152662912174-0.116543756582-0.09902670441414.77913578134E-80.4502570710710.03110571033750.08543437378680.260054479840.07408599806550.37963091382333.2654620966.8950710263635.2011902104
52.686957566710.001273974242840.7155554502951.917690473560.01565679597680.41008679165-0.0298235175692-0.1261632267610.3895026495370.336783914365-0.0849852320386-0.344359159699-0.04436665089460.1427743072760.0001259728686550.381420997267-0.0146697118104-0.007772319844010.251770654640.05515769284020.27966004201653.713259651812.937077736642.3359179991
61.32615438366-0.712837501015-1.689423295271.234583347941.655613627022.52818610872-0.33177459039-0.0794052757314-0.3316999822460.3350851488520.2281686494750.1161983874110.5685456431450.402487135828-0.00230408798390.4198036359440.08846591155170.04956746666190.3926743701930.1479319470510.47812600806169.6958346866-21.44533898228.6395135775
70.789618585032-0.852088807032-0.7913504401181.088069639451.255053768091.34154528756-0.0432995077580.0278446495397-0.186263590354-0.144161264445-0.04924311239310.122283671477-0.451339906856-0.336080905807-4.48923621484E-80.3757011307840.05572754303590.01397072819830.4792680840440.1033524839380.53464013779862.8471441486-11.417743970621.7937384015
81.56211672515-0.2592259231341.534726811912.419604447650.2686514990961.61805650003-0.130075703582-0.0544872654216-0.539668466830.1563635434450.26964565959-0.1102874537970.268430160622-0.1093667427330.0004110828906710.435304326120.01865495110840.06162726417650.329161412719-0.01643358351780.31920267534656.9605109651-42.30008651793.80846184806
90.2917919526870.2081213623350.2493348565050.4069870383260.0884557689020.143892438056-0.07483052218360.13979610216-0.09278543009690.1700203182240.264683976225-0.23304772193-0.02343210524570.05047046485761.31304225915E-70.4321740709390.01152675619040.0002259824187280.340709218517-0.1118064999020.42195094371359.7216242214-30.89568885425.78222758064
102.42927401204-0.07539121823360.2551034040972.06102410114-0.03099031115730.676064680674-0.1009550732380.317806561610.12812975877-0.473231838890.08423766295840.0627695742739-0.0278479911883-0.0325346829376-6.55323714847E-50.547808701454-0.05116012306490.01330110412250.38869756244-0.01176846709120.28696226241346.324177054-23.2133848321-10.9690261394
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150.302856529858-0.2863594939710.0398965016220.459453011209-0.326579581680.356736920412-0.105910474020.6614429047440.602204508422-1.03898699643-0.3002584474290.0956707270107-0.7429339278480.2139056723945.70710561913E-51.03431954825-0.130294129332-0.01232256860070.799560596775-0.03756622387690.79198508145220.9770604554-35.0843233795.22744308908
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 62 through 219 )AA62 - 2191 - 158
22chain 'A' and (resid 220 through 285 )AA220 - 285159 - 224
33chain 'A' and (resid 286 through 371 )AA286 - 371225 - 310
44chain 'A' and (resid 372 through 404 )AA372 - 404311 - 343
55chain 'A' and (resid 405 through 592 )AA405 - 592344 - 531
66chain 'B' and (resid 62 through 209 )BG62 - 2091 - 148
77chain 'B' and (resid 210 through 285 )BG210 - 285149 - 224
88chain 'B' and (resid 286 through 371 )BG286 - 371225 - 310
99chain 'B' and (resid 372 through 404 )BG372 - 404311 - 343
1010chain 'B' and (resid 405 through 592 )BG405 - 592344 - 531
1111chain 'C' and (resid 2 through 6 )CM2 - 6
1212chain 'C' and (resid 7 through 11 )CM7 - 11
1313chain 'C' and (resid 12 through 18 )CM12 - 18
1414chain 'D' and (resid 1 through 5 )DQ1 - 5
1515chain 'D' and (resid 6 through 18 )DQ6 - 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る