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- PDB-9i0s: Structure of RecQL-ADP complex from Bos taurus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9i0s
タイトルStructure of RecQL-ADP complex from Bos taurus
要素ATP-dependent DNA helicase
キーワードHYDROLASE / helicase DNA G-quadruplex
機能・相同性
機能・相同性情報


four-way junction helicase activity / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' DNA helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / chromosome / nucleic acid binding / DNA replication / hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding ...four-way junction helicase activity / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' DNA helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / chromosome / nucleic acid binding / DNA replication / hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily ...ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / ATP-dependent DNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Song, Z.Y. / Liu, N.N. / Ai, X. / Rety, S. / Xi, X.G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32301042, 32071291, 32071225 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Structural mechanism of RECQ1 helicase in unfolding G-quadruplexes compared with duplex DNA.
著者: Song, Z.Y. / Zhang, X. / Ai, X. / Huang, L.Y. / Hou, X.M. / Fosse, P. / Liu, N.N. / Mauffret, O. / Rety, S. / Xi, X.G.
履歴
登録2025年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent DNA helicase
B: ATP-dependent DNA helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,2399
ポリマ－121,1112
非ポリマー1,1297
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area45890 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)55.153, 119.450, 201.917
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 63 through 69 or resid 71...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 63 through 69 or resid 71...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11SERSERASNASNAA63 - 692 - 8
d_12GLUGLUVALVALAA71 - 7910 - 18
d_13ASPASPLYSLYSAA81 - 15220 - 91
d_14LEULEUASNASNAA154 - 17993 - 118
d_15ASNASNSERSERAA181 - 182120 - 121
d_16LEULEULYSLYSAA184 - 198123 - 137
d_17PHEPHEGLUGLUAA200 - 205139 - 144
d_18ALAALASERSERAA207 - 259146 - 198
d_19VALVALGLNGLNAA261 - 266200 - 205
d_110ILEILEVALVALAA268 - 271207 - 210
d_111CYSCYSSERSERAA274 - 280213 - 219
d_112ASNASNILEILEAA282 - 301221 - 240
d_113ASPASPVALVALAA303 - 305242 - 244
d_114LEULEUTYRTYRAA307 - 312246 - 251
d_115GLYGLYSERSERAA314 - 323253 - 262
d_116LYSLYSTHRTHRAA325 - 354264 - 293
d_117VALVALMETMETAA356 - 410295 - 349
d_118ALAALAGLNGLNAA412 - 437351 - 376
d_119LYSLYSALAALAAA439 - 459378 - 398
d_120PHEPHEASPASPAA462 - 463401 - 402
d_121ALAALAASNASNAA470 - 472409 - 411
d_122METMETCYSCYSAA474 - 479413 - 418
d_123ILEILEGLUGLUAA482 - 485421 - 424
d_124LYSLYSCYSCYSAA487 - 493426 - 432
d_125ASPASPILEILEAA495 - 497434 - 436
d_126ILEILEGLUGLUAA499 - 508438 - 447
d_127LEULEUSERSERAA510 - 525449 - 464
d_128GLYGLYLYSLYSAA531 - 591470 - 530
d_129ZNZNZNZNAC1001
d_130ADPADPADPADPAD1002
d_21SERSERASNASNBB63 - 692 - 8
d_22GLUGLUVALVALBB71 - 7910 - 18
d_23ASPASPLYSLYSBB81 - 15220 - 91
d_24LEULEUASNASNBB154 - 17993 - 118
d_25ASNASNSERSERBB181 - 182120 - 121
d_26LEULEULYSLYSBB184 - 198123 - 137
d_27PHEPHEGLUGLUBB200 - 205139 - 144
d_28ALAALASERSERBB207 - 259146 - 198
d_29VALVALGLNGLNBB261 - 266200 - 205
d_210ILEILEVALVALBB268 - 271207 - 210
d_211CYSCYSSERSERBB274 - 280213 - 219
d_212ASNASNILEILEBB282 - 301221 - 240
d_213ASPASPVALVALBB303 - 305242 - 244
d_214LEULEUTYRTYRBB307 - 312246 - 251
d_215GLYGLYSERSERBB314 - 323253 - 262
d_216LYSLYSTHRTHRBB325 - 354264 - 293
d_217VALVALMETMETBB356 - 410295 - 349
d_218ALAALAGLNGLNBB412 - 437351 - 376
d_219LYSLYSALAALABB439 - 459378 - 398
d_220PHEPHEASPASPBB462 - 463401 - 402
d_221ALAALAASNASNBB470 - 472409 - 411
d_222METMETCYSCYSBB474 - 479413 - 418
d_223ILEILEGLUGLUBB482 - 485421 - 424
d_224LYSLYSCYSCYSBB487 - 493426 - 432
d_225ASPASPILEILEBB495 - 497434 - 436
d_226ILEILEGLUGLUBB499 - 508438 - 447
d_227LEULEUSERSERBB510 - 525449 - 464
d_228GLYGLYLYSLYSBB531 - 591470 - 530
d_229ZNZNZNZNBG1001
d_230ADPADPADPADPBH1002

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.469973926256, 0.310148557831, -0.826397229373), (0.311159505098, -0.934347970084, -0.173705593422), (-0.826017113035, -0.175504253153, -0.535624855752)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.469973926256, 0.310148557831, -0.826397229373), (0.311159505098, -0.934347970084, -0.173705593422), (-0.826017113035, -0.175504253153, -0.535624855752)
ベクター: 12.5111590944, 1.63350640147, 24.0159762567)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ATP-dependent DNA helicase


分子量: 60555.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: RECQL / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: A0JN36, DNA helicase

-
非ポリマー , 5種, 69分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: Tris-HCl 20mM KCl 100mM DTT 1mM

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50.48 Å / Num. obs: 47036 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 58.79 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.214 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.55 Å / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 3.118 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2275 / CC1/2: 0.416 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→50.48 Å / SU ML: 0.3479 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.7911
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2676 2271 4.83 %
Rwork0.2398 44740 -
obs0.2412 47011 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 75.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8466 0 63 62 8591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00348708
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.769611754
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04961296
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051480
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.82053303
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.14801528686 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.560.32721280.33412730X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.620.35291350.33122780X-RAY DIFFRACTION99.97
2.62-2.680.38621370.32182715X-RAY DIFFRACTION99.96
2.68-2.750.36261330.31342820X-RAY DIFFRACTION99.97
2.75-2.830.32251170.32532746X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.930.4061550.34882758X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.030.40091300.33372773X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.150.31651590.30192750X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.30.34741450.28562775X-RAY DIFFRACTION99.93
3.3-3.470.29931520.27012778X-RAY DIFFRACTION100
3.47-3.690.28551370.25952807X-RAY DIFFRACTION100
3.69-3.970.27841480.2292810X-RAY DIFFRACTION100
3.97-4.370.22081310.2032792X-RAY DIFFRACTION100
4.37-50.22341480.18992855X-RAY DIFFRACTION100
5-6.30.22511330.21352869X-RAY DIFFRACTION99.97
6.3-50.480.19961830.17962982X-RAY DIFFRACTION99.56
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.52649523058-0.244057729722-0.2837759566353.75055229041-2.535874171086.709403083050.06496755109250.0954710466140.0866320653474-0.0690838548636-0.168095667333-0.0517033543195-0.8122049533030.02991521140510.08765400136890.7258731830620.000345651038783-0.05369871868750.444575140592-0.04024603481360.33366808336-23.4359596105-20.491593318511.1230640129
21.189405780940.1155721576890.2440977508181.720466459060.4768979504913.536614153480.01995322253840.2130340974820.0720253985329-0.248796646062-0.00569021186625-0.2701754561780.1827410700320.411275234903-0.04183040714880.3531043992560.08146483258870.0699337827940.3928072185070.05792180791530.410013889286-7.6901542966-27.408423989643.1896128959
32.61293633531-2.28802068748-0.01459888002522.82640698255-0.4880811570940.9730126002780.05337812054430.01996159045290.152477657736-0.0984770201296-0.116828561313-0.2720869957820.01796607783810.0378026322905-0.1232326506590.332921329721-0.0779289830010.02965235489590.3865154313590.005998964121050.484792237688-14.195280705911.445458416341.0643106882
41.63867103129-0.357174571760.4813292848854.08558706059-0.1434772446213.004035531220.3646131289760.4028291761040.0310647665317-1.3675941662-0.266532028028-0.2010304128940.4169508458160.108277430038-0.2380429552740.9187612888840.1348587760210.1016422424240.4756110169280.09149691519020.413613456672-35.296643854317.484862044511.9493657476
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 62 through 285 )AA62 - 2851 - 224
22chain 'A' and (resid 286 through 592 )AA286 - 592225 - 531
33chain 'B' and (resid 63 through 285 )BE63 - 2851 - 223
44chain 'B' and (resid 286 through 592 )BE286 - 592224 - 530

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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