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万見
- PDB-9i04: Ku70/80, DNA bound to Polymerase Mu -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9i04
タイトルKu70/80, DNA bound to Polymerase Mu
要素
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*GP*CP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*CP*AP*GP*TP*G)-3')
  • DNA-directed DNA/RNA polymerase mu
  • X-ray repair cross-complementing protein 5
  • X-ray repair cross-complementing protein 6
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Polymerase / enzyme / cryo-EM / NHEJ
機能・相同性
機能・相同性情報


Ku70:Ku80 complex / negative regulation of t-circle formation / DNA end binding / small-subunit processome assembly / positive regulation of lymphocyte differentiation / DNA-dependent protein kinase complex / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / nonhomologous end joining complex / regulation of smooth muscle cell proliferation / cellular response to X-ray ...Ku70:Ku80 complex / negative regulation of t-circle formation / DNA end binding / small-subunit processome assembly / positive regulation of lymphocyte differentiation / DNA-dependent protein kinase complex / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / nonhomologous end joining complex / regulation of smooth muscle cell proliferation / cellular response to X-ray / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / nuclear telomere cap complex / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / IRF3-mediated induction of type I IFN / recombinational repair / regulation of telomere maintenance / protein localization to chromosome, telomeric region / U3 snoRNA binding / positive regulation of neurogenesis / cellular hyperosmotic salinity response / 2-LTR circle formation / hematopoietic stem cell proliferation / telomeric repeat DNA binding / DNA 3'-5' helicase / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / hematopoietic stem cell differentiation / ATP-dependent activity, acting on DNA / telomere maintenance via telomerase / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / site of DNA damage / activation of innate immune response / neurogenesis / B cell differentiation / telomere maintenance / cyclin binding / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / DNA helicase activity / cellular response to leukemia inhibitory factor / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / small-subunit processome / cellular response to gamma radiation / protein-DNA complex / double-strand break repair via nonhomologous end joining / enzyme activator activity / double-strand break repair / double-stranded DNA binding / scaffold protein binding / DNA recombination / secretory granule lumen / transcription regulator complex / DNA-directed DNA polymerase / ficolin-1-rich granule lumen / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase activity / chromosome, telomeric region / transcription cis-regulatory region binding / ribonucleoprotein complex / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / Neutrophil degranulation / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / membrane / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ku70, bridge and pillars domain superfamily / : / Ku70 / Ku, C-terminal / Ku, C-terminal domain superfamily / Ku C terminal domain like / Ku80 / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80, N-terminal alpha/beta ...Ku70, bridge and pillars domain superfamily / : / Ku70 / Ku, C-terminal / Ku, C-terminal domain superfamily / Ku C terminal domain like / Ku80 / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80, N-terminal alpha/beta / Ku70/Ku80 N-terminal alpha/beta domain / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / Ku70 and Ku80 are 70kDa and 80kDa subunits of the Lupus Ku autoantigen / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / SPOC-like, C-terminal domain superfamily / SAP domain superfamily / DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / SAP motif profile. / SAP domain / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / von Willebrand factor (vWF) type A domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / von Willebrand factor, type A / Nucleotidyltransferase superfamily / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA repair protein Ku70 / DNA repair protein Ku80 / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.05 Å
データ登録者Chaplin, A.K. / Amin, H.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/X00029X/1 英国
The Lister Institute of Preventive Medicine 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural and functional insights into the interaction between Ku70/80 and Pol X family polymerases in NHEJ.
著者: Philippe Frit / Himani Amin / Sayma Zahid / Nadia Barboule / Chloe Hall / Gurdip Matharu / Steven W Hardwick / Jeanne Chauvat / Sébastien Britton / Dima Y Chirgadze / Virginie Ropars / Jean- ...著者: Philippe Frit / Himani Amin / Sayma Zahid / Nadia Barboule / Chloe Hall / Gurdip Matharu / Steven W Hardwick / Jeanne Chauvat / Sébastien Britton / Dima Y Chirgadze / Virginie Ropars / Jean-Baptiste Charbonnier / Patrick Calsou / Amanda K Chaplin /
要旨: Non-homologous end joining (NHEJ) is the main repair pathway for double-strand DNA breaks (DSBs) in mammals. DNA polymerases lambda (Pol λ) and mu (Pol μ), members of the Pol X family, play a key ...Non-homologous end joining (NHEJ) is the main repair pathway for double-strand DNA breaks (DSBs) in mammals. DNA polymerases lambda (Pol λ) and mu (Pol μ), members of the Pol X family, play a key role in this process. However, their interaction within the NHEJ complexes is unclear. Here, we present cryo-EM structures of Pol λ in complex with the DNA-PK long-range synaptic complex, and Pol μ bound to Ku70/80-DNA. These structures identify interaction sites between Ku70/80 and Pol X BRCT domains. Using mutants at the proteins interface in functional assays including cell transfection with an original gap-filling reporter, we define the role of the BRCT domain in the recruitment and activity of the two Pol X members in NHEJ and in their contribution to cell survival following DSBs. Finally, we propose a unified model for the interaction of all Pol X members with Ku70/80.
履歴
登録2025年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年2月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12026年2月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: X-ray repair cross-complementing protein 6
B: X-ray repair cross-complementing protein 5
C: DNA-directed DNA/RNA polymerase mu
D: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*CP*AP*GP*TP*G)-3')
E: DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*GP*CP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,8805
ポリマ－135,8805
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 X-ray repair cross-complementing protein 6 / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase Ku70 / 5'-dRP lyase Ku70 / 70 kDa subunit of Ku antigen / ATP- ...5'-deoxyribose-5-phosphate lyase Ku70 / 5'-dRP lyase Ku70 / 70 kDa subunit of Ku antigen / ATP-dependent DNA helicase 2 subunit 1 / ATP-dependent DNA helicase II 70 kDa subunit / CTC box-binding factor 75 kDa subunit / CTC75 / CTCBF / DNA repair protein XRCC6 / Lupus Ku autoantigen protein p70 / Ku70 / Thyroid-lupus autoantigen / TLAA / X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 6


分子量: 56654.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XRCC6, G22P1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P12956, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素- ...参照: UniProt: P12956, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ
#2: タンパク質 X-ray repair cross-complementing protein 5 / 86 kDa subunit of Ku antigen / ATP-dependent DNA helicase 2 subunit 2 / ATP-dependent DNA helicase ...86 kDa subunit of Ku antigen / ATP-dependent DNA helicase 2 subunit 2 / ATP-dependent DNA helicase II 80 kDa subunit / CTC box-binding factor 85 kDa subunit / CTC85 / CTCBF / DNA repair protein XRCC5 / Ku80 / Ku86 / Lupus Ku autoantigen protein p86 / Nuclear factor IV / Thyroid-lupus autoantigen / TLAA / X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 5 (double-strand-break rejoining)


分子量: 60430.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XRCC5, G22P2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P13010, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#3: タンパク質 DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / Pol Mu / Terminal transferase


分子量: 10192.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLM, polmu / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NP87, DNA-directed DNA polymerase
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*CP*AP*GP*TP*G)-3')


分子量: 4345.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*GP*CP*AP*C)-3')


分子量: 4256.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ku70/80 heterodimer with BRCT domain of Polymerase mu
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.6
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
2200 mMSodium ChlorideNaCl1
30.5 mMEDTAC10H16N2O81
40.2 mMMagnesium ChlorideMgCl21
55 mMDTTC4H10O2S21
試料濃度: 1.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 1.007399378 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 23808 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 4.05 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0039714
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.53313233
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.3421495
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0411483
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041615

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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