PDB-9hyt: Crystal structure of the GFRaL receptor in complex with an inhibi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hyt

タイトル

Crystal structure of the GFRaL receptor in complex with an inhibitory cyclic peptide

要素

GDNF family receptor alpha-like
Inhibitory cyclic peptide

キーワード

SIGNALING PROTEIN / GFRaL / GFRalpha-like / GDF15 / RET / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

response to metformin / glial cell-derived neurotrophic factor receptor activity / reduction of food intake in response to dietary excess / GDF15-GFRAL signaling pathway / negative regulation of appetite / stress-activated protein kinase signaling cascade / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / hormone activity / receptor tyrosine kinase binding / nervous system development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Sandmark, J. / Ek, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Design of Bicyclic Peptide Tandems Mimicking the Homodimeric GDF15 Protein to Inhibit GDF15–GFRaL–RET Complex Cell Signaling
著者: Noisier, A.F.M. / Sandmark, J. / Edfeldt, F. / Backmark, A. / Broddefalk, J. / Wandzik, J. / Jurva, U. / Ek, M. / Johansson, C.A. / Barlind, L. / Gunnarsson, J. / Bigalke, J.M. / Xue, Y. / ...

履歴

登録	2025年1月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hyt.cif.gz	154.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hyt.ent.gz	115.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hyt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hyt_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hyt_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	9hyt_validation.xml.gz	33.6 KB	表示
CIF形式データ	9hyt_validation.cif.gz	45.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/9hyt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/9hyt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GDNF family receptor alpha-like

B: GDNF family receptor alpha-like

C: GDNF family receptor alpha-like

D: Inhibitory cyclic peptide

E: Inhibitory cyclic peptide

F: Inhibitory cyclic peptide

ヘテロ分子

89.9 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GDNF family receptor alpha-like

D: Inhibitory cyclic peptide

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
29.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GDNF family receptor alpha-like

E: Inhibitory cyclic peptide

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: GDNF family receptor alpha-like

F: Inhibitory cyclic peptide

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.541, 148.183, 198.053
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A

NCSドメイン領域:

End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	TRP	TRP	129 - 321	23 - 215
2	1	1	TRP	TRP	129 - 321	23 - 215
3	2	2	GLY	GLY	127 - 321	21 - 215
4	2	2	GLY	GLY	127 - 321	21 - 215
5	3	3	TRP	TRP	129 - 321	23 - 215
6	3	3	TRP	TRP	129 - 321	23 - 215

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	GDNF family receptor alpha-like 分子量: 27665.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GFRAL, C6orf144, UNQ9356/PRO34128 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q6UXV0
#2: タンパク質・ペプチド	Inhibitory cyclic peptide 分子量: 1792.112 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 337分子

#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID 分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#5: 化合物	ChemComp-29N / 1,1',1''-(1,3,5-triazinane-1,3,5-triyl)tripropan-1-one / 1,1',1''-(1,3,5-triazinane-1,3,5-triyl)triprop-2-en-1-one, bound form 分子量: 255.313 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₁N₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.3 M (NH4)2SO4, 0.1 M Na-citrate, 0.9 M LiSO4 100nL GFRaL-peptide mixture mixed with 80nL well solution and 20nL seed stock.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→99 Å / Num. obs: 38664 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 1.9→2.19 Å / Num. unique obs: 11748 / CC_1/2: 0.669

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 5.283 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.22 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2445	1952	5.049 %	5
R_work	0.1938	36711	-	-
all	0.196	-	-	-
obs	-	38663	55.712 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.964 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.109 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.221 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4996	0	39	326	5361

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	5146
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.045	0.016	4507
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.649	1.75	6963
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.06	1.678	10579
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.563	5	595
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.302	10	28
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.413	10	821
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.616	10	213
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	776
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5862
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	1353
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	4408
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	2592
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	2758
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.423	0.2	264
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.174	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.24	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.245	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.344	3.524	2366
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.339	3.524	2366
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.047	5.279	2956
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.046	5.279	2957
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.218	3.943	2780
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.158	3.911	2753
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.48	5.773	4003
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.424	5.717	3962
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.731	49.515	6022
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.709	49.169	5977
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.084	0.05	6203
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.082	0.05	6271
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.077	0.05	6269

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08439	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08439	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08152	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08152	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0771	0.05009
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0771	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.383	1	0.313	38	X-RAY DIFFRACTION	0.7703
1.949-2.003	1.082	1	0.308	145	X-RAY DIFFRACTION	2.9282
2.003-2.061	0.4	11	0.324	256	X-RAY DIFFRACTION	5.5905
2.061-2.124	0.275	19	0.307	447	X-RAY DIFFRACTION	9.9637
2.124-2.194	0.284	68	0.277	1017	X-RAY DIFFRACTION	23.9303
2.194-2.271	0.368	68	0.272	1446	X-RAY DIFFRACTION	34.3622
2.271-2.356	0.296	95	0.252	1770	X-RAY DIFFRACTION	43.9651
2.356-2.453	0.323	105	0.249	2200	X-RAY DIFFRACTION	56.7175
2.453-2.562	0.284	125	0.248	2763	X-RAY DIFFRACTION	73.151
2.562-2.687	0.329	170	0.238	3018	X-RAY DIFFRACTION	84.8549
2.687-2.832	0.326	187	0.233	3367	X-RAY DIFFRACTION	99.08
2.832-3.003	0.264	208	0.222	3173	X-RAY DIFFRACTION	99.9704
3.003-3.21	0.238	165	0.207	3036	X-RAY DIFFRACTION	99.9064
3.21-3.467	0.241	148	0.19	2841	X-RAY DIFFRACTION	99.9666
3.467-3.798	0.215	137	0.174	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.798-4.245	0.196	138	0.151	2377	X-RAY DIFFRACTION	100
4.245-4.901	0.192	103	0.135	2107	X-RAY DIFFRACTION	99.9548
4.901-5.998	0.214	95	0.178	1800	X-RAY DIFFRACTION	99.8946
5.998-8.467	0.253	53	0.172	1451	X-RAY DIFFRACTION	99.8672
8.467-99	0.207	55	0.18	831	X-RAY DIFFRACTION	99.7748

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