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- PDB-9hy7: AlfB fucosidase in complex with Fucose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hy7
タイトルAlfB fucosidase in complex with Fucose
要素Alpha-L-fucosidase
キーワードHYDROLASE / Fucosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome
類似検索 - 分子機能
Alpha-L-fucosidase, metazoa-type / Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-fucopyranose / Alpha-L-fucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillaceae bacterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Marina, A. / Gallego del Sol, F.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN) スペイン
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: Unveiling the structural bases of alpha-L-fucosidase B activity through mutants boosting transfucosylation efficiency.
著者: Becerra, J.E. / Gallego Del Sol, F. / Rubio-Del-Campo, A. / Rodriguez-Diaz, J. / Monedero, V. / Marina, A. / Yebra, M.J.
履歴
登録2025年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02025年6月18日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_nonpoly_scheme ...atom_site / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-L-fucosidase
B: Alpha-L-fucosidase
C: Alpha-L-fucosidase
D: Alpha-L-fucosidase
E: Alpha-L-fucosidase
F: Alpha-L-fucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)282,16112
ポリマ－281,1766
非ポリマー9856
水25,1311395
1
A: Alpha-L-fucosidase
B: Alpha-L-fucosidase
C: Alpha-L-fucosidase
D: Alpha-L-fucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,1088
ポリマ－187,4514
非ポリマー6574
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11390 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area62020 Å2
手法PISA
2
E: Alpha-L-fucosidase
F: Alpha-L-fucosidase
ヘテロ分子

E: Alpha-L-fucosidase
F: Alpha-L-fucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,1088
ポリマ－187,4514
非ポリマー6574
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
Buried area11480 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area61760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.179, 309.559, 175.139
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Alpha-L-fucosidase


分子量: 46862.727 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillaceae bacterium (バクテリア)
遺伝子: LCBD_2849 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A806EKD1
#2: 糖
ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.66 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3% PEG 8000, 25% MPD, 7% Taximate pH5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→87.72 Å / Num. obs: 194496 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.984 / Rpim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 4.3 % / Num. unique obs: 28669 / CC1/2: 0.719 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→87.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20474 9649 -RANDOM
Rwork0.17746 ---
obs0.17881 185098 96.77 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.01 Å2-0 Å20 Å2
2--1.23 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→87.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19778 0 66 1395 21239
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.42 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.258 -
Rwork0.233 -
obs-98.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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