PDB-9hy3: sc-4E (scFv derived from the mAb 4E1 against CD93) crystallized a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hy3

タイトル

sc-4E (scFv derived from the mAb 4E1 against CD93) crystallized at pH 5.5

要素

sc-4E (scFv derived from the mAb 4E1 against CD93)

キーワード

IMMUNE SYSTEM / single-chain antibody fragment / scFv / monoclonal antibody 4E1 against CD93 / sc-4E

機能・相同性

IMIDAZOLE

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Raucci, L. / Orlandini, M. / Pozzi, C.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: Structural and antigen-binding surface definition of an anti-CD93 monoclonal antibody for the treatment of degenerative vascular eye diseases.
著者: Raucci, L. / Perrone, C.D. / Barbera, S. / de Boer, L.J. / Tosi, G.M. / Brunetti, J. / Bracci, L. / Pozzi, C. / Galvagni, F. / Orlandini, M.

履歴

登録	2025年1月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hy3.cif.gz	114.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hy3.ent.gz	85.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hy3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/9hy3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/9hy3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9hy1C 9hy2C 9hy5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: sc-4E (scFv derived from the mAb 4E1 against CD93)

ヘテロ分子

29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, monomeric state sample in solution (obtained from gel filtration)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.531, 64.531, 160.509
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-510- HOH

-
抗体 , 1種, 1分子 A

#1: 抗体	sc-4E (scFv derived from the mAb 4E1 against CD93) 分子量: 28852.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS

-
非ポリマー , 5種, 344分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 4.3 M NaCl, 0.1 M bis-tris pH 5.5 / Temp details: room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97626 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月20日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→52.78 Å / Num. obs: 49253 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 8.8 % / B_iso Wilson estimate: 30.5 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.078 / Χ²: 1.07 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 1.62→1.65 Å / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 0.981 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2457 / CC_1/2: 0.584 / R_pim(I) all: 0.344 / R_rim(I) all: 1.041 / Χ²: 0.69

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.62→52.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 3.812 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20673	2461	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17534	-	-	-
obs	0.17687	46242	97.04 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.658 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.62→52.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1762	0	23	334	2119

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1870
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.022	1.802	2532
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.127	5	242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.962	5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.015	10	281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.153	0.2	275
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1463
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.297	2.213	941
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.141	3.95	1177
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.544	2.45	929
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.083	28.22	2893
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.62→1.662 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.454	201	-
R_work	0.432	3443	-
obs	-	-	99.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -32.0052 Å / Origin y: 6.2983 Å / Origin z: 9.7419 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1432 Å²	-0.0458 Å²	-0.0475 Å²	-	0.0584 Å²	0.0309 Å²	-	-	0.087 Å²
L	0.122 °²	-0.0288 °²	-0.0145 °²	-	0.3886 °²	0.0343 °²	-	-	0.5324 °²
S	-0.0233 Å °	0.0157 Å °	-0.0453 Å °	0.0225 Å °	0.121 Å °	0.0512 Å °	-0.0717 Å °	0.0233 Å °	-0.0977 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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