PDB-9hwv: Crystal structure of the Keap1 Kelch domain in complex with the s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hwv

タイトル

Crystal structure of the Keap1 Kelch domain in complex with the small molecule UCAB#1010 at 1.50 Angstrom resolution

要素

Kelch-like ECH-associated protein 1

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / Keap1 / Nrf2 / Oxidative stress / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Ub-specific processing proteases / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Narayanan, D. / Bach, A. / Gajhede, M.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Fragment-Based Drug Discovery of Novel High-affinity, Selective, and Anti-inflammatory Inhibitors of the Keap1-Nrf2 Protein-Protein Interaction.
著者: Lin, C. / Narayanan, D. / Barreca, M. / Poulsen, C. / da Costa, L.S. / Chen, X. / Wichman, K.G. / Charley, C.A. / Lindsay, J.L. / Dezfouli, M. / Vlissari, D. / Mortensen, T.S. / Chan, C.B. / ...

履歴

登録	2025年1月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年10月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2025年10月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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CIF形式データ	9hwv_validation.cif.gz	24.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/9hwv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/9hwv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9hwqC 9hwrC 9hwsC 9hwtC 9hwuC 9hwwC 9hwxC C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (3)
#110 - 2009年2月
オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#218 - 2018年2月
EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Kelch-like ECH-associated protein 1

ヘテロ分子

34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.128, 103.128, 54.923
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁
Space group name Hall	P6₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: -x,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 分子量: 33362.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Keap1, Inrf2, Kiaa0132 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Z2X8

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非ポリマー , 5種, 171分子

#2: 化合物	ChemComp-A1IXZ / (3~{S})-3-(1,3-benzodioxol-5-yl)-3-[7-[2-[[(1~{R})-cyclohex-2-en-1-yl]amino]-2-oxidanylidene-ethoxy]naphthalen-2-yl]propanoic acid 分子量: 473.517 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₂₇NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.5 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM CITRATE TRIBASIC DIHYDRATE PH 5.6 AND 1.0 M LITHIUM SULFATE MONOHYDRATE

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月23日
放射	モノクロメーター: Si (111), double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→46.78 Å / Num. obs: 53714 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.4 % / B_iso Wilson estimate: 17.77 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.211 / R_pim(I) all: 0.048 / R_rim(I) all: 0.217 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 1097416
反射シェル	解像度: 1.5→1.52 Å / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 19.3 % / R_merge(I) obs: 3.401 / Num. measured all: 49122 / Num. unique obs: 2548 / CC_1/2: 0.451 / R_pim(I) all: 0.784 / R_rim(I) all: 3.493 / Χ²: 1.05 / Net I/σ(I) obs: 1.4

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	20220604	データ削減
Aimless	0.7.7	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PDB_EXTRACT	V4.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→44.66 Å / SU ML: 0.1418 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.58 / 位相誤差: 18.6394
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1824	2647	4.93 %
R_work	0.1647	51001	-
obs	0.1656	53648	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→44.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2235	0	72	160	2467

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0091	2489
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0923	3410
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1004	353
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0093	452
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.0303	378

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.52	0.2893	156	0.264	2555	X-RAY DIFFRACTION	97.34
1.52-1.55	0.2487	136	0.2416	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.55-1.58	0.2349	111	0.2202	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.58-1.62	0.2145	145	0.2184	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.62-1.66	0.2096	164	0.1994	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.66-1.7	0.2425	139	0.1904	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.7-1.74	0.2096	149	0.1769	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.74-1.8	0.1942	145	0.1657	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.85	0.1804	150	0.16	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.85-1.92	0.1741	117	0.1529	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.92-2	0.1744	130	0.1382	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.09	0.1545	137	0.1373	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.2	0.1387	141	0.1403	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.34	0.1728	145	0.1458	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.34-2.52	0.1942	118	0.1528	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.77	0.2053	138	0.1658	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-3.17	0.1601	128	0.1666	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.17-3.99	0.1697	150	0.1638	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.99-44.66	0.1843	148	0.1648	2777	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.540379104424	-0.0281446702485	0.135544251957	0.312700503793	-0.42050788002	0.427083825278	0.211703922541	0.0980586200695	0.262072344218	-0.155940797323	-0.190881721573	-0.326421594371	-0.028138133682	0.0537475326319	-0.00148220237786	0.20711923515	0.0458066225017	0.0528437134163	0.198929987401	0.0431476039327	0.225478725951	45.247895006	18.6141479413	-10.5494516588
2	0.0963512753865	0.106432759271	-0.00884385512888	0.0984255004462	-0.0244712528149	0.0604634318746	0.0817732338475	0.103950104826	0.141484672007	-0.10482163077	-0.0663229929799	0.0447068510299	-0.0364715865366	-0.135397829525	-9.35824802488E-6	0.209003832499	0.0355179618503	0.0080471769466	0.163583717338	0.000320007334011	0.160997052351	33.4751926342	17.3750928575	-8.5337582263
3	0.929963647639	0.102259756881	-0.155743479137	0.232846926682	-0.365687999591	0.281101782399	0.167643631067	0.101822089407	0.329405930101	-0.118254142315	-0.0359165880015	0.104637721113	-0.266198433792	-0.15829974289	0.00562134689982	0.219746019337	0.0418586224578	0.0249071632632	0.15719967482	0.0197082955231	0.167126131732	31.3771806099	22.0769809575	-8.18763663938
4	0.279604458353	-0.140701696793	-0.0123514757874	0.571285219266	-0.36792865145	0.274985643925	0.0534427415082	0.0515227731783	0.00790520756376	-0.0487975248908	0.0296658599385	0.150259268103	-0.0257484967065	-0.0923784133894	0.00351942184188	0.151175952664	0.0168246475483	-0.00910505386904	0.150947722717	-0.0237788340822	0.170128225044	25.3277829967	11.1163358724	-0.413990195576
5	0.928993985378	0.115653288863	0.191287020238	0.594009672326	-0.262642913496	0.253389804374	-0.0342548310267	-0.0907242174382	-0.144992375706	0.0714903896274	0.0249767136895	0.0708328445196	0.0222978423493	-0.017570117838	-0.000166524914279	0.159497974154	0.00280944469404	-0.00244996466537	0.136622134415	-0.0145470395416	0.150417234516	34.9268411272	2.23080473846	7.42159758705
6	0.528542368684	-0.228183624123	-0.0750513187146	0.280776152376	-0.336345112495	0.4273819596	0.0787231936852	-0.247307267877	-0.0256553531467	0.0911662132821	-0.13121003572	-0.0294355198662	0.00466651695865	0.07178984117	-0.00211116879176	0.149337051644	-0.00822386130346	-0.0242707508459	0.153437387897	-0.0116568758099	0.147974801871	46.320142449	2.61077137476	10.1761356538
7	0.610057118492	-0.139805940265	-0.00481948886894	0.408414852516	-0.586369237302	0.635288153647	0.0206628042321	0.075633036604	0.18226678561	0.0204838044836	-0.0920371755206	-0.210831789333	-0.159593841839	0.196218147502	-0.000104512428166	0.184387025979	-0.00113878783025	-0.00451889966472	0.164327970977	-0.00294719054647	0.157832771782	51.4633719086	11.4391799597	0.386226756098
8	0.279514795839	0.146867748352	-0.152299513709	0.133866910361	-0.0917111380575	0.165794830167	0.0360812534462	0.225699874979	0.146121455464	-0.149256287954	-0.106239251468	-0.128024925919	-0.0569661387972	0.160773193498	4.18343883689E-5	0.207076578506	0.0153573515758	0.0357596522308	0.228218157877	0.0150265632128	0.199656794808	48.5239180635	15.1380492261	-7.48078473061

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 323 through 355 )	323 - 355	1 - 33
2	2	chain 'A' and (resid 356 through 377 )	356 - 377	34 - 55
3	3	chain 'A' and (resid 378 through 405 )	378 - 405	56 - 83
4	4	chain 'A' and (resid 406 through 453 )	406 - 453	84 - 131
5	5	chain 'A' and (resid 454 through 522 )	454 - 522	132 - 200
6	6	chain 'A' and (resid 523 through 547 )	523 - 547	201 - 225
7	7	chain 'A' and (resid 548 through 589 )	548 - 589	226 - 267
8	8	chain 'A' and (resid 590 through 613 )	590 - 613	268 - 291

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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