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- PDB-9hwq: Crystal structure of the Keap1 Kelch domain in complex with the X... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hwq
タイトルCrystal structure of the Keap1 Kelch domain in complex with the XChem fragment Z19735904 at 1.14 Angstrom resolution.
要素Kelch-like ECH-associated protein 1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Keap1 / Nrf2 / Oxidative stress / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Ub-specific processing proteases / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body ...regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Ub-specific processing proteases / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / actin filament / centriolar satellite / disordered domain specific binding / cellular response to oxidative stress / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / protein ubiquitination / regulation of autophagy / regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch motif / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch-type beta propeller ...Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch motif / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
~{N}-cyclohexyl-2-phenoxy-ethanamide / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.14 Å
データ登録者Narayanan, D. / Bach, A. / Gajhede, M.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
LundbeckfondenR366-2021-270 デンマーク
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Fragment-Based Drug Discovery of Novel High-affinity, Selective, and Anti-inflammatory Inhibitors of the Keap1-Nrf2 Protein-Protein Interaction.
著者: Lin, C. / Narayanan, D. / Barreca, M. / Poulsen, C. / da Costa, L.S. / Chen, X. / Wichman, K.G. / Charley, C.A. / Lindsay, J.L. / Dezfouli, M. / Vlissari, D. / Mortensen, T.S. / Chan, C.B. / ...著者: Lin, C. / Narayanan, D. / Barreca, M. / Poulsen, C. / da Costa, L.S. / Chen, X. / Wichman, K.G. / Charley, C.A. / Lindsay, J.L. / Dezfouli, M. / Vlissari, D. / Mortensen, T.S. / Chan, C.B. / Wang, J. / Richardson, W. / Manning, C.E. / Chen, Z. / Zang, J. / Kack, H. / Gajhede, M. / Bullock, A.N. / Blake, D.J. / Olagnier, D. / Bach, A.
履歴
登録2025年1月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22025年10月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,77916
ポリマ－33,3621
非ポリマー1,41715
水6,593366
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area12070 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)103.146, 103.146, 55.225
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2


分子量: 33362.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Keap1, Inrf2, Kiaa0132
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Z2X8
#2: 化合物 ChemComp-B0A / ~{N}-cyclohexyl-2-phenoxy-ethanamide


分子量: 233.306 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H19NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.5 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM CITRATE TRIBASIC DIHYDRATE PH 5.6 AND 0.9 M LITHIUM SULFATE MONOHYDRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.14→89.33 Å / Num. obs: 121832 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 11.22 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 0.85 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.14→1.17 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 2.477 / Num. measured all: 70866 / Num. unique obs: 9027 / CC1/2: 0.494 / Rpim(I) all: 0.945 / Rrim(I) all: 2.655 / Χ2: 0.82 / Net I/σ(I) obs: 1.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACTV4.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.14→89.33 Å / SU ML: 0.1087 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.38 / 位相誤差: 17.1036
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1638 6298 5.17 %
Rwork0.1447 115465 -
obs0.1457 121763 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.14→89.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2220 0 78 366 2664
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072412
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02163288
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0929342
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0102429
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.9733355
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.14-1.150.27632040.25453681X-RAY DIFFRACTION95.5
1.15-1.170.24192010.24723842X-RAY DIFFRACTION99.93
1.17-1.180.27071910.23123887X-RAY DIFFRACTION100
1.18-1.20.25351990.22323839X-RAY DIFFRACTION99.98
1.2-1.210.23782280.223777X-RAY DIFFRACTION99.98
1.21-1.230.23671840.22563935X-RAY DIFFRACTION99.95
1.23-1.240.23221930.2233811X-RAY DIFFRACTION99.98
1.24-1.260.26322070.20663833X-RAY DIFFRACTION100
1.26-1.280.22052190.2033846X-RAY DIFFRACTION99.98
1.28-1.30.19722130.18613846X-RAY DIFFRACTION99.95
1.3-1.330.20122050.17473817X-RAY DIFFRACTION99.98
1.33-1.350.18492100.16593839X-RAY DIFFRACTION100
1.35-1.380.20252280.15433853X-RAY DIFFRACTION99.98
1.38-1.40.17462010.14793801X-RAY DIFFRACTION99.98
1.41-1.440.18031950.1443880X-RAY DIFFRACTION100
1.44-1.470.18322030.14233852X-RAY DIFFRACTION99.98
1.47-1.510.15642500.13813784X-RAY DIFFRACTION100
1.51-1.550.15092130.13483857X-RAY DIFFRACTION100
1.55-1.590.14861940.11813876X-RAY DIFFRACTION99.98
1.59-1.640.15252020.11323869X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.70.14482370.11163808X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.770.12112090.11233855X-RAY DIFFRACTION100
1.77-1.850.13961950.11393879X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.950.16631860.13073919X-RAY DIFFRACTION100
1.95-2.070.12722120.11433823X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.230.13622460.11893833X-RAY DIFFRACTION99.98
2.23-2.450.15132260.13773872X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.810.15732320.13973863X-RAY DIFFRACTION100
2.81-3.540.1661880.13523928X-RAY DIFFRACTION99.98
3.54-89.330.1552270.15373960X-RAY DIFFRACTION99.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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