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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9huo | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | A01 mAbs bound to cobratoxin at pH 5.5 | ||||||
Components |
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Keywords | TOXIN / cobratoxin / mAB / pH sensitivity | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationacetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) Naja kaouthia (monocled cobra) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Wade, J.W. / Bohn, M.F. / Laustsen, A.H. / Morth, J.P. | ||||||
| Funding support | Denmark, 1items
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Citation | Journal: Mabs / Year: 2025Title: Rational design of antibodies with pH-dependent antigen-binding properties using structural insights from broadly neutralizing antibodies against alpha-neurotoxins. Authors: Wade, J. / Strancar, N. / Fernandez-Quintero, M.L. / Siebenhaar, S. / Jansen, T. / Meier, E.P.W. / Jenkins, T.P. / Bjorn, S.P. / Nguyen, G.T.T. / Lomonte, B. / Gutierrez, J.M. / Sorensen, C. ...Authors: Wade, J. / Strancar, N. / Fernandez-Quintero, M.L. / Siebenhaar, S. / Jansen, T. / Meier, E.P.W. / Jenkins, T.P. / Bjorn, S.P. / Nguyen, G.T.T. / Lomonte, B. / Gutierrez, J.M. / Sorensen, C.V. / Loeffler, J.R. / Paul, A. / Tulika, T. / Arnsdorf, J. / Schoffelen, S. / Lundquist, E.V.S. / Sorensen, J. / Ward, A.B. / Voldborg, B.G. / Bohn, M.F. / Rivera-de-Torre, E. / Morth, J.P. / Laustsen, A.H. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9huo.cif.gz | 456 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9huo.ent.gz | 309.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9huo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9huo_validation.pdf.gz | 495.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9huo_full_validation.pdf.gz | 500.1 KB | Display | |
| Data in XML | 9huo_validation.xml.gz | 37.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 9huo_validation.cif.gz | 50.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/9huo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/9huo | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9fysC ![]() 9fytC ![]() 9hubC ![]() 9hxoC C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
| #1: Protein | Mass: 7842.094 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Naja kaouthia (monocled cobra) / References: UniProt: P01391 |
|---|
-Antibody , 2 types, 4 molecules ICMD
| #2: Antibody | Mass: 15073.576 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: ![]() #3: Antibody | Mass: 12420.419 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 6 types, 562 molecules 










| #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-CL / | #6: Chemical | ChemComp-K / | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-SO4 / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.68 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 5.5 / Details: 25% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH5.5, 0.25 M AmS |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P14 (MX2) / Wavelength: 0.9537 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 24, 2022 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.6→41.58 Å / Num. obs: 83281 / % possible obs: 99.37 % / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 20.72 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06727 / Rpim(I) all: 0.03308 / Rrim(I) all: 0.07526 / Net I/σ(I): 5 |
| Reflection shell | Resolution: 1.6→1.62 Å / Rmerge(I) obs: 0.8884 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 2739 / CC1/2: 0.771 / CC star: 0.91 / Rpim(I) all: 0.5426 / Rrim(I) all: 1 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6→41.58 Å / SU ML: 0.197 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.6592 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 30.83 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→41.58 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Homo sapiens (human)
Naja kaouthia (monocled cobra)
X-RAY DIFFRACTION
Denmark, 1items
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