PDB-9hta: Dispersin from Terribacillus saccharophilus Dispts2 in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hta

タイトル

Dispersin from Terribacillus saccharophilus Dispts2 in complex with NAG-thiazoline

要素

Dispersin

キーワード

HYDROLASE / biofilm degradation / GH20 / poly-N-acetylglucosamine / enzyme catalysis

機能・相同性

Chem-NGT

機能・相同性情報

生物種

Terribacillus saccharophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.17 Å

データ登録者

Males, A. / Moroz, O.V. / Blagova, E. / Munch, A. / Hansen, G.H. / Johansen, A.H. / Ostergaard, L.H. / Segura, D.R. / Eddenden, A. / Due, A.V. ...

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2025
タイトル: Expansion of the diversity of dispersin scaffolds.
著者: Males, A. / Moroz, O.V. / Blagova, E. / Munch, A. / Hansen, G.H. / Johansen, A.H. / Ostergaard, L.H. / Segura, D.R. / Eddenden, A. / Due, A.V. / Gudmand, M. / Salomon, J. / Sorensen, S.R. / ...

履歴

登録	2024年12月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hta.cif.gz	135.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hta.ent.gz	103.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hta.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/9hta ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/9hta	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qakC 8qb6C 8qceC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dispersin

ヘテロ分子

37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.06, 90.06, 98.12
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Dispersin 分子量: 37562.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Terribacillus saccharophilus (バクテリア) 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌)
#2: 化合物	ChemComp-NGT / 3AR,5R,6S,7R,7AR-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYL-5,6,7,7A-TETRAHYDRO-3AH-PYRANO[3,2-D]THIAZOLE-6,7-DIOL / NAG-チアゾリン分子量: 219.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₃NO₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: MPD screen E7: 0.1 M Citric acid pH 4.0, 20% MPD

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.17→40.93 Å / Num. obs: 23157 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 11.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.099 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I): 13.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
8.95-40.93	10.3	0.041	38.5	400	0.999	0.018	0.045	0.66	98.6
2.17-2.24	11.2	4.735	0.5	1624	0.532	2.151	5.21	1.03	76.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.17→40.926 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 7.311 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.235 / ESU R Free: 0.2 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2528	1089	4.721 %
R_work	0.2121	21976	-
all	0.214	-	-
obs	-	23065	92.895 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.004 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.595 Å²	0.298 Å²	-0 Å²
2-	-	0.595 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.17→40.926 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2631	0	14	43	2688

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	2708
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	2384
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.482	1.805	3684
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.564	1.751	5510
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.994	5	322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.533	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.6	10	447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.536	10	146
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	401
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3183
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	629
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	536
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	2281
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	1345
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	1434
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.051	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.146	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.103	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.642	5.792	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.641	5.791	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.432	10.403	1612
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.43	10.401	1613
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.568	6.137	1417
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.564	6.14	1415
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.978	11.123	2072
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.976	11.123	2073
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.215	69.609	11952
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.215	69.615	11946

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.17-2.226	0.372	78	0.387	1510	0.387	1823	0.886	0.912	87.1092	0.393
2.226-2.287	0.842	17	0.737	310	0.744	1754	0.643	0.697	18.6431	0.823
2.287-2.353	0.36	91	0.35	1597	0.35	1703	0.878	0.914	99.1192	0.335
2.353-2.425	0.337	79	0.301	1601	0.303	1682	0.926	0.94	99.8811	0.28
2.425-2.505	0.263	62	0.27	1554	0.27	1616	0.962	0.952	100	0.248
2.505-2.592	0.393	66	0.245	1480	0.25	1546	0.915	0.962	100	0.22
2.592-2.69	0.27	66	0.221	1441	0.223	1507	0.947	0.968	100	0.195
2.69-2.799	0.256	71	0.239	1395	0.24	1466	0.954	0.963	100	0.212
2.799-2.923	0.299	61	0.231	1343	0.234	1404	0.95	0.966	100	0.208
2.923-3.065	0.297	43	0.213	1294	0.215	1337	0.953	0.97	100	0.196
3.065-3.23	0.232	55	0.226	1216	0.226	1271	0.961	0.966	100	0.213
3.23-3.424	0.276	64	0.217	1151	0.22	1219	0.955	0.968	99.6719	0.205
3.424-3.659	0.33	57	0.238	1045	0.242	1137	0.939	0.962	96.9217	0.223
3.659-3.949	0.288	50	0.289	988	0.289	1072	0.935	0.935	96.8284	0.257
3.949-4.322	0.183	33	0.164	957	0.165	994	0.984	0.984	99.5976	0.172
4.322-4.826	0.165	49	0.138	853	0.139	902	0.982	0.989	100	0.15
4.826-5.559	0.193	35	0.15	774	0.152	809	0.981	0.988	100	0.162
5.559-6.777	0.223	43	0.184	643	0.186	686	0.97	0.98	100	0.194
6.777-9.456	0.196	41	0.143	504	0.147	545	0.974	0.986	100	0.16
9.456-40.926	0.265	28	0.222	320	0.226	350	0.953	0.96	99.4286	0.24

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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