PDB-8qak: Dispersin from Terribacillus saccharophilus DispTs3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qak

タイトル

Dispersin from Terribacillus saccharophilus DispTs3

要素

Glycoside hydrolase family 20 catalytic domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / biofilm degradation / GH20 / poly-N-acetylglucosamine / enzyme catalysis

機能・相同性

: / Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / beta-N-acetylglucosaminidase activity / Glycoside hydrolase superfamily / carbohydrate metabolic process / ACETATE ION / Glycoside hydrolase family 20 catalytic domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Terribacillus saccharophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Males, A. / Moroz, O.V. / Blagova, E. / Munch, A. / Hansen, G.H. / Johansen, A.H. / Ostergaard, L.H. / Segura, D.R. / Eddenden, A. / Due, A.V. ...

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2025
タイトル: Expansion of the diversity of dispersin scaffolds.
著者: Males, A. / Moroz, O.V. / Blagova, E. / Munch, A. / Hansen, G.H. / Johansen, A.H. / Ostergaard, L.H. / Segura, D.R. / Eddenden, A. / Due, A.V. / Gudmand, M. / Salomon, J. / Sorensen, S.R. / ...

履歴

登録	2023年8月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qak.cif.gz	265.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qak.ent.gz	209.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qak.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/8qak ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/8qak	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qb6C 8qceC 9htaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycoside hydrolase family 20 catalytic domain-containing protein

B: Glycoside hydrolase family 20 catalytic domain-containing protein

ヘテロ分子

74.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycoside hydrolase family 20 catalytic domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glycoside hydrolase family 20 catalytic domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.948, 109.352, 131.084
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細 (eV)
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 3 - 323 / Label seq-ID: 3 - 323

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Glycoside hydrolase family 20 catalytic domain-containing protein / Family 20 Beta-Hexosaminidase 分子量: 37055.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Family 20 Beta-Hexosaminidase 由来: (組換発現) Terribacillus saccharophilus (バクテリア) 遺伝子: GZ22_15930 / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A075LPR4
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Morpheus B3, 0.09 M Halogens, 30% glycerol/PEG4000 mix, from Microseed matrix screening

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→83.97 Å / Num. obs: 54127 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 23.7 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.146 / R_pim(I) all: 0.108 / R_rim(I) all: 0.183 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 1.401 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3734 / CC_1/2: 0.341 / R_pim(I) all: 1.047 / R_rim(I) all: 1.758

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→83.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 6.34 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.146 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.224	2624	4.853 %
R_work	0.1888	51445	-
all	0.191	-	-
obs	-	54069	99.628 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.211 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.896 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	3.178 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.283 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→83.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5212	0	8	333	5553

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	5324
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4829
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.914	1.656	7223
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.726	1.578	11135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.859	5	643
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	23.519	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.497	10	890
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.994	10	276
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	772
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.306	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	6295
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1253
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	1067
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	4567
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.194	0.2	2664
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	2796
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	337
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.106	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.279	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.321	3.073	2580
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.318	3.073	2578
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.355	5.504	3219
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.358	5.505	3220
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.006	3.509	2744
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.005	3.509	2745
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.278	6.229	4004
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.277	6.229	4005
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.031	31.527	6208
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.031	31.526	6209
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.094	0.05	11064

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09356	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09356	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.95-2.001	0.366	185	0.352	3746	0.352	3942	0.867	0.873	99.721	0.337
2.001-2.055	0.328	160	0.329	3688	0.329	3856	0.905	0.888	99.7925	0.304
2.055-2.115	0.337	184	0.299	3566	0.301	3758	0.89	0.911	99.7871	0.268
2.115-2.18	0.292	186	0.284	3440	0.285	3629	0.917	0.923	99.9173	0.253
2.18-2.251	0.283	170	0.254	3363	0.255	3536	0.929	0.939	99.9152	0.218
2.251-2.33	0.253	167	0.24	3277	0.241	3449	0.943	0.948	99.855	0.204
2.33-2.418	0.275	168	0.224	3144	0.226	3321	0.927	0.957	99.729	0.185
2.418-2.517	0.23	167	0.213	3027	0.214	3197	0.954	0.964	99.9062	0.176
2.517-2.629	0.263	142	0.22	2901	0.221	3052	0.948	0.967	99.7051	0.183
2.629-2.757	0.271	153	0.208	2773	0.211	2933	0.952	0.972	99.7613	0.173
2.757-2.906	0.221	141	0.177	2638	0.18	2781	0.969	0.979	99.9281	0.147
2.906-3.082	0.221	123	0.172	2527	0.174	2671	0.968	0.98	99.2138	0.146
3.082-3.294	0.231	119	0.174	2386	0.176	2510	0.961	0.981	99.8008	0.154
3.294-3.558	0.218	112	0.173	2225	0.175	2343	0.969	0.983	99.7439	0.158
3.558-3.897	0.194	108	0.153	2047	0.155	2171	0.98	0.989	99.263	0.144
3.897-4.356	0.153	98	0.121	1835	0.122	1961	0.988	0.992	98.5722	0.116
4.356-5.027	0.136	83	0.107	1674	0.108	1764	0.992	0.994	99.6032	0.102
5.027-6.152	0.178	68	0.136	1409	0.138	1487	0.983	0.991	99.3275	0.127
6.152-8.676	0.15	55	0.133	1126	0.134	1199	0.985	0.99	98.4987	0.129
8.676-83.97	0.191	35	0.148	653	0.15	711	0.983	0.985	96.7651	0.149

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