PDB-9ht8: Peptide-substrate-binding (PSB) domain of human type I collagen p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ht8

タイトル

Peptide-substrate-binding (PSB) domain of human type I collagen prolyl 4-hydroxylase complexed with Pro-Pro-Gly-Pro-Ala-Gly-Pro-Pro-Gly.

要素

GLY-PRO-ALA-GLY-PRO-PRO
Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha-1

キーワード

PROTEIN BINDING / collagen / tetratricopeptide / extracellular matrix

機能・相同性

機能・相同性情報

procollagen-proline 4-dioxygenase / procollagen-proline 4-dioxygenase complex / procollagen-proline 4-dioxygenase activity / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / collagen fibril organization / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / endoplasmic reticulum lumen / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Sulu, R. / Rahman, M.M. / Wierenga, R.K. / Koski, M.K.

資金援助

フィンランド, 2件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2025
タイトル: Binding Differences of the Peptide-Substrate-Binding Domain of Collagen Prolyl 4-Hydroxylases I and II for Proline- and Hydroxyproline-Rich Peptides.
著者: Rahman, M.M. / Sulu, R. / Adediran, B. / Tu, H. / Salo, A.M. / Murthy, S. / Myllyharju, J. / Wierenga, R.K. / Koski, M.K.

履歴

登録	2024年12月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ht8.cif.gz	219.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ht8.ent.gz	152.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ht8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ht8_validation.pdf.gz	489.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ht8_full_validation.pdf.gz	490.7 KB	表示
XML形式データ	9ht8_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	9ht8_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/9ht8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/9ht8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9hpqC 9hreC 9htdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (5) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (3) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (5)
#4 - 2000年4月
コラーゲン (Collagen)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (3)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (3)
#235 - 2019年7月
AMPA受容体 (AMPA Receptor)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha-1

B: Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha-1

E: GLY-PRO-ALA-GLY-PRO-PRO

F: GLY-PRO-ALA-GLY-PRO-PRO

ヘテロ分子

27.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha-1

E: GLY-PRO-ALA-GLY-PRO-PRO

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, SEC-MALS experiments confirmed PSB-I being a monomer in solution.
14 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha-1

F: GLY-PRO-ALA-GLY-PRO-PRO

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, SEC-MALS experiments confirmed PSB-I being a monomer in solution.
13.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.64, 84.64, 90.166
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 143 - 240 / Label seq-ID: 2 - 99

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABEF

#1: タンパク質	Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha-1 / 4-PH alpha-1 / Procollagen-proline / 2-oxoglutarate-4-dioxygenase subunit alpha-1 分子量: 12404.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: His-tag in the C-terminus. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: P4HA1, P4HA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13674, procollagen-proline 4-dioxygenase
#2: タンパク質・ペプチド	GLY-PRO-ALA-GLY-PRO-PRO 分子量: 745.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成詳細: The first two prolines, and the last glyciene are not built to the model because of the missing electron density. 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

#1: タンパク質

Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha-1 / 4-PH alpha-1 / Procollagen-proline / 2-oxoglutarate-4-dioxygenase subunit alpha-1

分子量: 12404.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: His-tag in the C-terminus. / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: P4HA1, P4HA / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13674, procollagen-proline 4-dioxygenase

#2: タンパク質・ペプチド

GLY-PRO-ALA-GLY-PRO-PRO

分子量: 745.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: The first two prolines, and the last glyciene are not built to the model because of the missing electron density.
由来: (合成)

Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 50分子

#3: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID 分子量: 209.263 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.1 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 30% MPD, 50 mM MgCl2, 50 mM KCl, 100 mM MOPS Temp details: cold room temperature fluctuates between 277 and 279.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9655 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月29日 / 詳細: Vertical CRL, horizontal CRL
放射	モノクロメーター: C(110) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9655 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→90.17 Å / Num. obs: 18422 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.9 % / B_iso Wilson estimate: 63.3 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.053 / R_pim(I) all: 0.017 / Net I/σ(I): 19.8
反射シェル	解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 2.275 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1457 / CC_1/2: 0.548 / R_pim(I) all: 0.713 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
autoPROC	Grenades_parallel proc	データ削減
Aimless	0.7.7	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→59.921 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 13.18 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.172 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2408	920	5.008 %
R_work	0.1977	17449	-
all	0.2	-	-
obs	-	18369	99.712 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 83.052 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.815 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.815 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.629 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→59.921 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1742	0	85	37	1864

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	1857
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1733
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.625	1.865	2508
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.621	1.763	4018
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.235	5	211
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	17.161	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.249	10	305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.152	10	91
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	271
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2050
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	374
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	405
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.161	0.2	1464
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	910
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.07	0.2	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.02	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.129	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.83	5.134	871
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.796	5.129	870
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.787	9.118	1073
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.784	9.126	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.338	5.972	986
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.335	5.976	987
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.327	10.715	1435
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.324	10.717	1436
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.945	53.375	2086
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.947	53.368	2083
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.117	0.05	3204

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1174	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1174	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.15-2.206	0.37	63	0.334	1261	0.336	1341	0.87	0.908	98.7323	0.317
2.206-2.266	0.334	62	0.301	1214	0.302	1280	0.908	0.932	99.6875	0.271
2.266-2.332	0.333	74	0.288	1184	0.29	1262	0.911	0.938	99.683	0.25
2.332-2.403	0.312	68	0.26	1161	0.262	1232	0.93	0.953	99.7565	0.216
2.403-2.482	0.298	78	0.274	1111	0.275	1192	0.934	0.953	99.7483	0.226
2.482-2.569	0.346	50	0.233	1109	0.237	1161	0.93	0.966	99.8277	0.191
2.569-2.666	0.228	55	0.23	1060	0.23	1117	0.969	0.969	99.8209	0.185
2.666-2.774	0.232	51	0.227	1018	0.228	1074	0.967	0.972	99.5345	0.192
2.774-2.898	0.304	33	0.206	997	0.209	1031	0.959	0.976	99.903	0.172
2.898-3.039	0.226	35	0.191	971	0.192	1007	0.969	0.979	99.9007	0.169
3.039-3.202	0.299	43	0.22	893	0.224	937	0.954	0.971	99.8933	0.198
3.202-3.396	0.193	41	0.21	868	0.209	910	0.971	0.975	99.8901	0.203
3.396-3.63	0.244	39	0.205	814	0.207	853	0.96	0.976	100	0.205
3.63-3.919	0.218	42	0.183	751	0.184	794	0.977	0.982	99.8741	0.189
3.919-4.292	0.191	39	0.156	708	0.158	748	0.979	0.984	99.8663	0.173
4.292-4.795	0.164	50	0.136	620	0.138	671	0.987	0.988	99.851	0.157
4.795-5.531	0.279	24	0.187	572	0.191	597	0.955	0.978	99.8325	0.212
5.531-6.76	0.328	31	0.228	492	0.233	523	0.952	0.966	100	0.264
6.76-9.5	0.264	23	0.185	400	0.191	425	0.931	0.976	99.5294	0.236
9.5-59.921	0.249	19	0.216	244	0.219	264	0.951	0.962	99.6212	0.289

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3178	-1.1765	1.1939	3.7122	-2.8087	3.5916	-0.018	0.1731	-0.1041	-0.4958	-0.0189	0.0409	0.1197	-0.4541	0.0369	0.2513	-0.0274	0.0024	0.3498	-0.0804	0.0227	25.5934	3.3081	11.135
2	4.0724	0.2865	-0.2873	4.1254	-0.4443	3.5893	0.0291	-0.2848	-0.1153	0.4226	-0.108	0.2893	0.2109	-0.4558	0.0789	0.2167	-0.0418	0.0505	0.3257	-0.116	0.0746	26.7399	-7.2194	-10.9983
3	13.7636	-2.7027	-2.3084	4.2108	-0.0317	0.4682	0.4226	-0.1104	0.0509	0.2945	-0.4574	0.1793	-0.1619	0.0797	0.0348	0.3825	-0.0261	-0.0313	0.4403	-0.0743	0.2946	18.4506	6.7176	18.3701
4	2.4448	7.086	0.6059	28.2748	-1.7599	2.0536	0.2272	-0.1098	-0.1212	0.1774	-0.1049	0.2186	0.2761	-0.3889	-0.1223	0.3631	-0.0202	0.0097	0.4133	0.0005	0.3878	20.1519	-16.1826	-18.1748
5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.3007	0	0	0.3007	0	0.3007	0	0	0

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	Ap	143 - 244
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	Bp	143 - 241
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	Ep	3 - 8
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	Fp	1 - 8

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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