PDB-9hre: Peptide-substrate-binding (PSB) domain of human type I collagen p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hre

タイトル

Peptide-substrate-binding (PSB) domain of human type I collagen prolyl 4-hydroxylase complexed with Pro-Hyp-Gly-Pro-Ala-Gly-Pro-Hyp-Gly.

要素

Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha-1
Synthetic peptide PRO-HYP-GLY-PRO-ALA-GLY-PRO-HYP-GLY

キーワード

PROTEIN BINDING / collagen / tetratricopeptide / extracellular matrix

機能・相同性

機能・相同性情報

procollagen-proline 4-dioxygenase / procollagen-proline 4-dioxygenase complex / procollagen-proline 4-dioxygenase activity / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / collagen fibril organization / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / endoplasmic reticulum lumen / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Sulu, R. / Rahman, M.M. / Wierenga, R.K. / Koski, M.K.

資金援助

フィンランド, 2件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2025
タイトル: Binding Differences of the Peptide-Substrate-Binding Domain of Collagen Prolyl 4-Hydroxylases I and II for Proline- and Hydroxyproline-Rich Peptides.
著者: Rahman, M.M. / Sulu, R. / Adediran, B. / Tu, H. / Salo, A.M. / Murthy, S. / Myllyharju, J. / Wierenga, R.K. / Koski, M.K.

履歴

登録	2024年12月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hre.cif.gz	420.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hre.ent.gz	287 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hre.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hre_validation.pdf.gz	526.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hre_full_validation.pdf.gz	533.3 KB	表示
XML形式データ	9hre_validation.xml.gz	23.7 KB	表示
CIF形式データ	9hre_validation.cif.gz	30.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/9hre ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/9hre	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9hpqC 9ht8C 9htdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (5) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (3) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (5)
#4 - 2000年4月
コラーゲン (Collagen)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (3)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (3)
#235 - 2019年7月
AMPA受容体 (AMPA Receptor)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha-1

B: Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha-1

C: Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha-1

D: Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha-1

E: Synthetic peptide PRO-HYP-GLY-PRO-ALA-GLY-PRO-HYP-GLY

F: Synthetic peptide PRO-HYP-GLY-PRO-ALA-GLY-PRO-HYP-GLY

G: Synthetic peptide PRO-HYP-GLY-PRO-ALA-GLY-PRO-HYP-GLY

ヘテロ分子

54.3 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha-1

E: Synthetic peptide PRO-HYP-GLY-PRO-ALA-GLY-PRO-HYP-GLY

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, SEC-MALS experiments confirmed PSB-I being a monomer in the solution.
13.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha-1

F: Synthetic peptide PRO-HYP-GLY-PRO-ALA-GLY-PRO-HYP-GLY

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha-1

G: Synthetic peptide PRO-HYP-GLY-PRO-ALA-GLY-PRO-HYP-GLY

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.041, 85.561, 92.506
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	A
6	3	D
7	4	B
8	4	C
9	5	B
10	5	D
11	6	C
12	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PHE	PHE	HIS	HIS	A	A	144 - 242	3 - 101
2	1	1	PHE	PHE	HIS	HIS	B	B	144 - 242	3 - 101
3	2	2	SER	SER	GLU	GLU	A	A	143 - 240	2 - 99
4	2	2	SER	SER	GLU	GLU	C	C	143 - 240	2 - 99
5	3	3	SER	SER	HIS	HIS	A	A	143 - 243	2 - 102
6	3	3	SER	SER	HIS	HIS	D	D	143 - 243	2 - 102
7	4	4	PHE	PHE	GLU	GLU	B	B	144 - 240	3 - 99
8	4	4	PHE	PHE	GLU	GLU	C	C	144 - 240	3 - 99
9	5	5	PHE	PHE	HIS	HIS	B	B	144 - 242	3 - 101
10	5	5	PHE	PHE	HIS	HIS	D	D	144 - 242	3 - 101
11	6	6	SER	SER	GLU	GLU	C	C	143 - 240	2 - 99
12	6	6	SER	SER	GLU	GLU	D	D	143 - 240	2 - 99

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 7分子 ABCDEFG

#1: タンパク質	Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha-1 / 4-PH alpha-1 / Procollagen-proline / 2-oxoglutarate-4-dioxygenase subunit alpha-1 分子量: 12404.898 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: His-tag in the C-terminus. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: P4HA1, P4HA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13674, procollagen-proline 4-dioxygenase
#2: タンパク質・ペプチド	Synthetic peptide PRO-HYP-GLY-PRO-ALA-GLY-PRO-HYP-GLY 分子量: 777.822 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成詳細: The hydroxyprolines, and the last glycine are not built to the model because of the missing electron density. 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

#1: タンパク質

Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha-1 / 4-PH alpha-1 / Procollagen-proline / 2-oxoglutarate-4-dioxygenase subunit alpha-1

分子量: 12404.898 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: His-tag in the C-terminus. / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: P4HA1, P4HA / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13674, procollagen-proline 4-dioxygenase

#2: タンパク質・ペプチド

Synthetic peptide PRO-HYP-GLY-PRO-ALA-GLY-PRO-HYP-GLY

分子量: 777.822 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
詳細: The hydroxyprolines, and the last glycine are not built to the model because of the missing electron density.
由来: (合成)

Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 152分子

#3: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID 分子量: 209.263 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.78 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 30% MPD, 48 mM MgCl2, 50 mM KCl, 100 mM MOPS, 5 mM peptide (POG-PAG-POG) Temp details: cold room, fluctuates between 277 and 279 K.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月9日 / 詳細: Toroidal mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→92.51 Å / Num. obs: 40436 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 46.01 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.072 / R_pim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2.05→2.11 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 1.65 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3046 / CC_1/2: 0.468 / R_pim(I) all: 0.676 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→62.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 9.511 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.143 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.218	1965	4.864 %	Random selection
R_work	0.1972	38438	-	-
all	0.198	-	-	-
obs	-	40403	98.52 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.834 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.25 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.176 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.426 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→62.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3466	0	149	129	3744

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	3687
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3416
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.686	1.863	4981
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.565	1.767	7916
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.99	5	422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.872	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.504	10	617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.276	10	185
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	538
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4103
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	757
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	853
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.18	0.2	2857
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.191	0.2	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.055	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.059	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.14	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.151	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.203	4.64	1724
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.204	4.636	1723
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.672	8.235	2128
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.674	8.238	2129
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.489	5.617	1963
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.488	5.618	1964
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.996	9.947	2851
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.994	9.947	2852
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.125	51.014	4236
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.11	50.566	4217
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.108	0.05	3282
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.091	0.05	3251
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.108	0.05	3310
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.122	0.05	3139
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.085	0.05	3317
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.121	0.05	3156

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10788	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10788	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09107	0.05008
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09107	0.05008
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10783	0.05008
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10783	0.05008
4	7	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12168	0.05008
4	8	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12168	0.05008
5	9	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08544	0.05008
5	10	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08544	0.05008
6	11	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12109	0.05008
6	12	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12109	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.051-2.104	0.32	131	0.32	2759	X-RAY DIFFRACTION	96.7202
2.104-2.162	0.272	126	0.272	2722	X-RAY DIFFRACTION	98.6491
2.162-2.224	0.269	140	0.235	2666	X-RAY DIFFRACTION	98.6986
2.224-2.292	0.235	130	0.23	2574	X-RAY DIFFRACTION	98.7582
2.292-2.368	0.286	124	0.214	2529	X-RAY DIFFRACTION	98.1139
2.368-2.451	0.218	145	0.197	2414	X-RAY DIFFRACTION	98.8412
2.451-2.543	0.242	115	0.194	2339	X-RAY DIFFRACTION	99.0315
2.543-2.647	0.231	125	0.187	2239	X-RAY DIFFRACTION	98.5822
2.647-2.764	0.248	108	0.195	2210	X-RAY DIFFRACTION	99.5277
2.764-2.899	0.217	107	0.19	2088	X-RAY DIFFRACTION	98.7404
2.899-3.055	0.249	119	0.203	1976	X-RAY DIFFRACTION	98.3568
3.055-3.24	0.213	105	0.183	1879	X-RAY DIFFRACTION	99.1504
3.24-3.463	0.237	96	0.19	1776	X-RAY DIFFRACTION	99.1001
3.463-3.739	0.209	100	0.189	1667	X-RAY DIFFRACTION	99.3255
3.739-4.095	0.203	92	0.177	1519	X-RAY DIFFRACTION	99.1995
4.095-4.576	0.192	66	0.165	1411	X-RAY DIFFRACTION	98.9283
4.576-5.279	0.127	51	0.16	1249	X-RAY DIFFRACTION	98.0392
5.279-6.454	0.276	32	0.233	1075	X-RAY DIFFRACTION	97.4472
6.454-9.08	0.2	28	0.218	857	X-RAY DIFFRACTION	97.6821
9.08-62.89	0.234	25	0.228	489	X-RAY DIFFRACTION	93.4545

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2812	0.1174	0.1894	0.3609	-0.3665	0.7979	0.0617	-0.0263	-0.0517	0.018	-0.0208	-0.0431	0.0333	-0.0433	-0.0409	0.091	-0.0022	-0.0099	0.1098	-0.0005	0.0871	24.8179	2.6648	33.7031
2	0.2408	0.2468	-0.0156	0.5206	-0.235	0.3632	0.0621	0.0027	-0.0023	0.007	-0.0038	-0.0284	0.0063	-0.0827	-0.0583	0.093	0.0094	-0.0088	0.1109	-0.0128	0.0996	25.8715	-8.773	11.9292
3	0.1676	0.1574	-0.0443	0.247	-0.2734	0.6152	-0.055	0.0467	-0.0201	0.0073	0.0355	-0.0056	-0.1022	0.0719	0.0196	0.1225	-0.0157	-0.0102	0.1165	0.013	0.0972	7.1911	-28.5003	34.1062
4	0.3999	-0.0202	-0.3752	0.1481	0.1641	0.5056	0.0551	0.0071	-0.0723	-0.008	-0.0249	-0.079	-0.086	-0.0374	-0.0303	0.1191	-0.0062	-0.0126	0.0917	0.0049	0.0999	-2.42	-26.1524	11.8006
5	6.8789	-8.2069	1.5369	19.6979	-11.1891	9.179	-0.3834	-0.2072	0.3957	0.8089	0.2008	-0.553	-0.392	0.0214	0.1826	0.1436	-0.0097	-0.0504	0.119	0.0026	0.0908	18.6417	6.9869	40.2343
6	3.31	1.7608	0.2305	0.9983	0.3524	1.0034	0.0857	0.4563	-0.236	0.1003	0.1264	-0.1765	0.0093	-0.2772	-0.2121	0.1558	-0.0154	-0.0421	0.1775	-0.0043	0.1177	19.9175	-16.2391	4.4648
7	4.1076	-4.4323	-3.0469	6.0381	4.2944	3.0682	-0.1808	-0.209	0.0326	-0.1806	0.1671	0.0346	-0.1623	0.1111	0.0137	0.153	0.018	0.0031	0.1275	0.0295	0.0599	-4.5674	-19.447	4.168
8	0.0614	-0.0369	-0.0522	0.4187	-0.0496	0.0633	-0.0194	-0.0599	-0.0579	-0.0252	-0.0116	-0.0455	-0.0165	0.0299	0.031	0.0213	-0.0209	-0.0284	0.2814	-0.0113	0.0996	7.9047	-22.8397	16.6914

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	Ap	143 - 245
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	Bp	144 - 243
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	Cp	143 - 241
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	Dp	143 - 244
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	Ep	4 - 8
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	Fp	1 - 9
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	Gp	3 - 9
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	Np	1 - 9

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 7分子 ABCDEFG

-
非ポリマー , 5種, 152分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 7分子 ABCDEFG

-非ポリマー , 5種, 152分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 7分子 ABCDEFG

-
非ポリマー , 5種, 152分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)