PDB-9hrc: Structure of MNK2 in complex with inhibitor NUCC-0201049

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hrc

タイトル

Structure of MNK2 in complex with inhibitor NUCC-0201049

要素

MAP kinase-interacting serine/threonine-protein kinase 2

キーワード

LIGASE / MNK2 / inhibitor / NUCC-020149

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / cellular response to arsenic-containing substance / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / hemopoiesis / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / PML body / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 3.161 Å

データ登録者

Schiltz, G.E. / Vagadia, P.V.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Discovery of Potent and Selective MNK Kinase Inhibitors for the Treatment of Leukemia.
著者: Vagadia, P.P. / Izquierdo-Ferrer, J. / Mazewski, C. / Blyth, G. / Beauchamp, E.M. / Clutter, M.R. / Stern, C.L. / Mishra, R.K. / Nahotko, D. / Small, S. / Eckerdt, F. / Platanias, L.C. / Schiltz, G.E.

履歴

登録	2024年12月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hrc.cif.gz	77.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hrc.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hrc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/9hrc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/9hrc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MAP kinase-interacting serine/threonine-protein kinase 2

ヘテロ分子

36.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.927, 106.927, 69.952
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	MAP kinase-interacting serine/threonine-protein kinase 2 / MAP kinase signal-integrating kinase 2 / MAPK signal-integrating kinase 2 / Mnk2 分子量: 35604.461 Da / 分子数: 1 / 変異: D228G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MKNK2, GPRK7, MNK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9HBH9, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-A1IWO / 1-[5-chloranyl-4-[(3~{R})-pyrrolidin-3-yl]oxy-pyrimidin-2-yl]benzimidazole 分子量: 315.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₄ClN₅O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.06 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 0.02 M Magnesium Chloride, 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.1 and 29% w/v Sodium Polyacrylate 5100

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

MAX IV

/ ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976254 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976254 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.16→55.82 Å / Num. obs: 8187 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.3 % / B_iso Wilson estimate: 77.3 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.143 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 15.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
3.16-3.38	20.9	1.183	2.8	1461	0.864	0.374	1.241	100
8.94-55.82	18.2	0.068	39.6	407	0.998	0.022	0.071	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	20170601	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
REFMAC	5.8.0415	精密化
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 3.161→35.002 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 19.246 / SU ML: 0.321 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.425 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2434	383	4.69 %
R_work	0.1831	7783	-
all	0.186	-	-
obs	-	8166	99.902 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 99.436 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.735 Å²	-1.868 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.735 Å²	0 Å²
3-	-	-	12.117 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.161→35.002 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2249	0	29	19	2297

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	2331
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2158
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.768	1.667	3143
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.27	1.59	4974
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.736	5	280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.571	5	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.865	10	393
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	4.539	10	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.102	10	116
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.038	0.2	333
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2737
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	540
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	527
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	2115
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.097	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.101	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.119	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.474	10.119	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.47	10.119	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.541	18.142	1410
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.539	18.139	1411
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.266	10.276	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.264	10.273	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.25	18.762	1733
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.248	18.757	1734
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.076	102.79	2684
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.074	102.774	2685

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	WR_factor R_work
3.161-3.243	0.344	34	0.306	554	0.308	588	0.936	0.927	0.282
3.243-3.331	0.357	25	0.274	562	0.277	587	0.928	0.942	0.248
3.331-3.426	0.271	24	0.25	535	0.251	559	0.945	0.955	0.224
3.426-3.531	0.513	27	0.225	516	0.237	543	0.847	0.963	0.206
3.531-3.645	0.204	18	0.211	496	0.211	514	0.962	0.97	0.192
3.645-3.772	0.277	31	0.194	490	0.199	521	0.952	0.974	0.174
3.772-3.912	0.24	24	0.181	463	0.183	487	0.966	0.978	0.163
3.912-4.07	0.192	24	0.167	455	0.168	479	0.978	0.982	0.154
4.07-4.248	0.246	25	0.144	438	0.148	463	0.958	0.987	0.138
4.248-4.453	0.182	14	0.142	425	0.143	439	0.982	0.986	0.136
4.453-4.689	0.14	23	0.147	392	0.147	415	0.984	0.987	0.141
4.689-4.968	0.189	21	0.139	376	0.141	397	0.978	0.988	0.136
4.968-5.303	0.275	23	0.176	358	0.183	381	0.937	0.983	0.175
5.303-5.717	0.125	9	0.205	337	0.202	346	0.992	0.972	0.2
5.717-6.246	0.275	15	0.223	316	0.225	331	0.966	0.97	0.219
6.246-6.956	0.307	15	0.196	280	0.201	295	0.952	0.977	0.196
6.956-7.98	0.275	14	0.17	267	0.176	281	0.961	0.981	0.187
7.98-9.649	0.166	5	0.158	219	0.158	224	0.99	0.983	0.171
9.649-13.155	0.097	5	0.144	185	0.143	190	0.994	0.987	0.165
13.155-35.002	0.394	7	0.266	119	0.272	126	0.887	0.951	0.275

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関連情報:EMDBヘッダ

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