PDB-9hra: Crystal Structure of the Coxiella burnetii 2-methylisocitrate lya...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hra

タイトル

Crystal Structure of the Coxiella burnetii 2-methylisocitrate lyase Bound to Products Succinic and Pyruvic Acid

要素

2-methylisocitrate lyase

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / PrpB / methylisocitrate lyase / carbon-carbon lyase / EC 4.1.3.30

機能・相同性

機能・相同性情報

methylisocitrate lyase / propionate catabolic process, 2-methylcitrate cycle / methylisocitrate lyase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxiella burnetii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.48 Å

データ登録者

Stuart, W. / Isupov, M. / Harmer, N.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Structure and catalytic mechanism of methylisocitrate lyase, a potential drug target against Coxiella burnetii.
著者: Stuart, W.S. / Jenkins, C.H. / Ireland, P.M. / Isupov, M.N. / Norville, I.H. / Harmer, N.J.

履歴

登録	2024年12月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hra.cif.gz	447.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hra.ent.gz	366.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hra.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hra_validation.pdf.gz	4.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hra_full_validation.pdf.gz	4.3 MB	表示
XML形式データ	9hra_validation.xml.gz	98.6 KB	表示
CIF形式データ	9hra_validation.cif.gz	127.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/9hra ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/9hra	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9hgkC 9hgoC 9hgqC 9hhsC 9hhyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-methylisocitrate lyase

B: 2-methylisocitrate lyase

D: 2-methylisocitrate lyase

F: 2-methylisocitrate lyase

G: 2-methylisocitrate lyase

I: 2-methylisocitrate lyase

J: 2-methylisocitrate lyase

L: 2-methylisocitrate lyase

ヘテロ分子

257 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-methylisocitrate lyase

B: 2-methylisocitrate lyase

D: 2-methylisocitrate lyase

F: 2-methylisocitrate lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
128 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: 2-methylisocitrate lyase

I: 2-methylisocitrate lyase

J: 2-methylisocitrate lyase

L: 2-methylisocitrate lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.199, 101.203, 115.683
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.15, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	LEU	LEU	A	A	0 - 283	2 - 285
2	1	SER	SER	LEU	LEU	B	B	0 - 283	2 - 285
1	2	SER	SER	GLN	GLN	A	A	0 - 282	2 - 284
2	2	SER	SER	GLN	GLN	D	C	0 - 282	2 - 284
1	3	MET	MET	LEU	LEU	A	A	1 - 283	3 - 285
2	3	MET	MET	LEU	LEU	F	D	1 - 283	3 - 285
1	4	SER	SER	PHE	PHE	A	A	0 - 284	2 - 286
2	4	SER	SER	PHE	PHE	G	E	0 - 284	2 - 286
1	5	SER	SER	PHE	PHE	A	A	0 - 284	2 - 286
2	5	SER	SER	PHE	PHE	I	F	0 - 284	2 - 286
1	6	SER	SER	LEU	LEU	A	A	0 - 283	2 - 285
2	6	SER	SER	LEU	LEU	J	G	0 - 283	2 - 285
1	7	SER	SER	PHE	PHE	A	A	0 - 284	2 - 286
2	7	SER	SER	PHE	PHE	L	H	0 - 284	2 - 286
1	8	SER	SER	LEU	LEU	B	B	0 - 283	2 - 285
2	8	SER	SER	LEU	LEU	D	C	0 - 283	2 - 285
1	9	MET	MET	GLN	GLN	B	B	1 - 282	3 - 284
2	9	MET	MET	GLN	GLN	F	D	1 - 282	3 - 284
1	10	SER	SER	GLN	GLN	B	B	0 - 282	2 - 284
2	10	SER	SER	GLN	GLN	G	E	0 - 282	2 - 284
1	11	SER	SER	LEU	LEU	B	B	0 - 283	2 - 285
2	11	SER	SER	LEU	LEU	I	F	0 - 283	2 - 285
1	12	SER	SER	LEU	LEU	B	B	0 - 283	2 - 285
2	12	SER	SER	LEU	LEU	J	G	0 - 283	2 - 285
1	13	SER	SER	LEU	LEU	B	B	0 - 283	2 - 285
2	13	SER	SER	LEU	LEU	L	H	0 - 283	2 - 285
1	14	MET	MET	GLN	GLN	D	C	1 - 282	3 - 284
2	14	MET	MET	GLN	GLN	F	D	1 - 282	3 - 284
1	15	SER	SER	GLN	GLN	D	C	0 - 282	2 - 284
2	15	SER	SER	GLN	GLN	G	E	0 - 282	2 - 284
1	16	SER	SER	LEU	LEU	D	C	0 - 283	2 - 285
2	16	SER	SER	LEU	LEU	I	F	0 - 283	2 - 285
1	17	SER	SER	LEU	LEU	D	C	0 - 283	2 - 285
2	17	SER	SER	LEU	LEU	J	G	0 - 283	2 - 285
1	18	SER	SER	LEU	LEU	D	C	0 - 283	2 - 285
2	18	SER	SER	LEU	LEU	L	H	0 - 283	2 - 285
1	19	MET	MET	LEU	LEU	F	D	1 - 283	3 - 285
2	19	MET	MET	LEU	LEU	G	E	1 - 283	3 - 285
1	20	MET	MET	PHE	PHE	F	D	1 - 284	3 - 286
2	20	MET	MET	PHE	PHE	I	F	1 - 284	3 - 286
1	21	MET	MET	LEU	LEU	F	D	1 - 283	3 - 285
2	21	MET	MET	LEU	LEU	J	G	1 - 283	3 - 285
1	22	MET	MET	PHE	PHE	F	D	1 - 284	3 - 286
2	22	MET	MET	PHE	PHE	L	H	1 - 284	3 - 286
1	23	SER	SER	PHE	PHE	G	E	0 - 284	2 - 286
2	23	SER	SER	PHE	PHE	I	F	0 - 284	2 - 286
1	24	SER	SER	LEU	LEU	G	E	0 - 283	2 - 285
2	24	SER	SER	LEU	LEU	J	G	0 - 283	2 - 285
1	25	SER	SER	PHE	PHE	G	E	0 - 284	2 - 286
2	25	SER	SER	PHE	PHE	L	H	0 - 284	2 - 286
1	26	SER	SER	LEU	LEU	I	F	0 - 283	2 - 285
2	26	SER	SER	LEU	LEU	J	G	0 - 283	2 - 285
1	27	SER	SER	LYS	LYS	I	F	0 - 285	2 - 287
2	27	SER	SER	LYS	LYS	L	H	0 - 285	2 - 287
1	28	SER	SER	GLN	GLN	J	G	0 - 282	2 - 284
2	28	SER	SER	GLN	GLN	L	H	0 - 282	2 - 284

NCSアンサンブル:

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABDFGIJL

#1: タンパク質	2-methylisocitrate lyase / 2-MIC / MICL / (2R / 3S)-2-methylisocitrate lyase 分子量: 31526.178 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 遺伝子: prpB, CBU_0771 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83DG5, methylisocitrate lyase

-
非ポリマー , 9種, 619分子

#2: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸分子量: 88.062 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#9: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.09 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6 詳細: Ligand Friendly Screen B7: 0.1 M MES pH 6, 0.2 M NaCl, 20% PEG 6K, 10% Ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.48→52.59 Å / Num. obs: 86032 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 7.05 % / CC_1/2: 0.9695 / Net I/σ(I): 4.83
反射シェル	解像度: 2.48→2.52 Å / Num. unique obs: 4189 / CC_1/2: 0.2558

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.48→52.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 20.119 / SU ML: 0.379 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.711 / ESU R Free: 0.304 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25701	4243	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20843	-	-	-
obs	0.21089	81674	99.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.907 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.22 Å²	-0 Å²	-2.62 Å²
2-	-	2.04 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.48→52.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17149	0	271	543	17963

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	17676
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.076	1.636	23811
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.191	5	2228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.482	22.872	867
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.161	15	2947
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.384	15	94
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	2347
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	13187
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	10.079	10.341	8957
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	14.611	19.285	11170
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	12.023	11.172	8719
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	19.075	73.769	26326
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	8679	0.07
1	2	B	8679	0.07
2	1	A	8687	0.06
2	2	D	8687	0.06
3	1	A	8704	0.07
3	2	F	8704	0.07
4	1	A	8740	0.06
4	2	G	8740	0.06
5	1	A	8737	0.06
5	2	I	8737	0.06
6	1	A	8691	0.06
6	2	J	8691	0.06
7	1	A	8648	0.06
7	2	L	8648	0.06
8	1	B	8688	0.06
8	2	D	8688	0.06
9	1	B	8743	0.06
9	2	F	8743	0.06
10	1	B	8658	0.06
10	2	G	8658	0.06
11	1	B	8701	0.07
11	2	I	8701	0.07
12	1	B	8669	0.06
12	2	J	8669	0.06
13	1	B	8644	0.06
13	2	L	8644	0.06
14	1	D	8702	0.07
14	2	F	8702	0.07
15	1	D	8712	0.06
15	2	G	8712	0.06
16	1	D	8739	0.07
16	2	I	8739	0.07
17	1	D	8672	0.06
17	2	J	8672	0.06
18	1	D	8661	0.06
18	2	L	8661	0.06
19	1	F	8711	0.06
19	2	G	8711	0.06
20	1	F	8812	0.06
20	2	I	8812	0.06
21	1	F	8706	0.05
21	2	J	8706	0.05
22	1	F	8692	0.06
22	2	L	8692	0.06
23	1	G	8734	0.07
23	2	I	8734	0.07
24	1	G	8677	0.06
24	2	J	8677	0.06
25	1	G	8665	0.06
25	2	L	8665	0.06
26	1	I	8686	0.06
26	2	J	8686	0.06
27	1	I	8719	0.07
27	2	L	8719	0.07
28	1	J	8644	0.06
28	2	L	8644	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.48→2.544 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.384	320	-
R_work	0.394	5832	-
obs	-	-	97.73 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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