PDB-9hqo: Cryo-EM structure of bovine TMEM206-YFP purified and plunged usin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hqo

タイトル

Cryo-EM structure of bovine TMEM206-YFP purified and plunged using MISO (micro-purification)

要素

Proton-activated chloride channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / pH-gated chloride channel

機能・相同性

pH-gated chloride channel activity / TMEM206 protein / TMEM206 protein family / chloride transport / chloride channel complex / plasma membrane / Proton-activated chloride channel

機能・相同性情報

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å

データ登録者

De Gieter, S. / Eluru, G. / Schenck, S. / Stroobants, A. / Efremov, R.G. / Brunner, J.D.

資金援助

ベルギー, European Union, 3件

引用

ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2025
タイトル: MISO: microfluidic protein isolation enables single-particle cryo-EM structure determination from a single cell colony
著者: Eluru, G. / De Gieter, S. / Schenck, S. / Stroobants, A. / Shrestha, B. / Erbel, P. / Brunner, J.D. / Efremov, R.G.

履歴

登録	2024年12月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hqo.cif.gz	147.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hqo.ent.gz	116.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hqo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hqo_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hqo_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9hqo_validation.xml.gz	34.8 KB	表示
CIF形式データ	9hqo_validation.cif.gz	50.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/9hqo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/9hqo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	52345MC 52333C 52334C 52344C 52486C 52487C 9hplC 9hpmC 9hqnC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Proton-activated chloride channel

B: Proton-activated chloride channel

C: Proton-activated chloride channel

91.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Proton-activated chloride channel / PAC / Transmembrane protein 206 分子量: 30375.881 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: PACC1, TMEM206 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2KHV2
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Bos taurus Proton-activated chloride channel with C-terminal venus GFP タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Bos taurus (ウシ)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.6 詳細: 150 mM NaCl, 30 mM HEPES-Na, pH 7.6, 0.0063% GDN, 10 mM D-(+)-biotin
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Au-flat 1.2/1.3
急速凍結	装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % 詳細: MISO Chip: 3 ul single column chip filled with Pierce High-capacity streptavidin agarose resin Plunging: 80 nl

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
2	PHENIX	1.19_4092	モデル精密化
5	cryoSPARC	4.6.2	CTF補正
10	cryoSPARC	4.6.2	初期オイラー角割当
11	cryoSPARC	4.6.2	最終オイラー角割当
13	cryoSPARC	4.6.2	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: C₃ (3回回転対称)

3次元再構成

解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 87106 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

最高解像度: 2.97 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	6522
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.536	8847
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	4.329	858
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.041	966
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	1128

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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