PDB-9hpv: Crystal structure of OXA-163 in complex with nacubactam (16 hour soak)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hpv

タイトル

Crystal structure of OXA-163 in complex with nacubactam (16 hour soak)

要素

Beta-lactamase

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / antibiotic resistance / beta lactamase / class D / DBO

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacter cloacae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.41 Å

データ登録者

Hoff, J.F. / Goudar, K.E. / Hinchliffe, P. / Spencer, J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2025
タイトル: Electrostatic interactions influence diazabicyclooctane inhibitor potency against OXA-48-like beta-lactamases.
著者: Hoff, J.F. / Goudar, K.E. / Calvopina, K. / Beer, M. / Hinchliffe, P. / Shaw, J.M. / Tooke, C.L. / Takebayashi, Y. / Cadzow, A.F. / Harmer, N.J. / Mulholland, A.J. / Schofield, C.J. / Spencer, J.

履歴

登録	2024年12月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年9月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb9hpv.ent.gz		表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9hpv_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hpv_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	9hpv_validation.xml.gz	30.9 KB	表示
CIF形式データ	9hpv_validation.cif.gz	42.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/9hpv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/9hpv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9h11C 9h12C 9h13C 9h14C 9h15C 9h16C 9h17C 9h18C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

57.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.430, 122.430, 160.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22
Space group name Hall	P6₅2(x,y,z+1/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+1/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+5/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-416- HOH
2	1	A-603- HOH
3	1	A-607- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 27912.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア) 遺伝子: blaOXA-163 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F6KZJ2, beta-lactamase

-
非ポリマー , 7種, 518分子

#2: 化合物	ChemComp-OP0 / (2S,5R)-N-(2-aminoethoxy)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide 分子量: 326.327 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₈N₄O₇S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-A1IYS / (2S,5R)-N-(2-azanylethoxy)-1-methanoyl-5-(oxidanylamino)piperidine-2-carboxamide / nacubactam, reacted form 分子量: 246.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₈N₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL 分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₈O₁₀ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 509 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.48 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1 M Tris pH 9.0, 32% PEG 550

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.95 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.41→61.21 Å / Num. obs: 135196 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 38.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 18.3
反射シェル	解像度: 1.41→1.45 Å / 冗長度: 36.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 9766 / CC_1/2: 0.376 / R_pim(I) all: 1.022 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.41→48.67 Å / SU ML: 0.1416 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.6427
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1704	6587	4.87 %
R_work	0.1584	128537	-
obs	0.1589	135124	99.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.41→48.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3932	0	145	509	4586

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0062	4379
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8401	5934
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0799	613
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0079	766
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.2249	1650

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.41-1.43	0.3253	229	0.3251	4170	X-RAY DIFFRACTION	98.63
1.43-1.44	0.2912	215	0.3158	4192	X-RAY DIFFRACTION	98.75
1.44-1.46	0.3013	237	0.2982	4163	X-RAY DIFFRACTION	98.72
1.46-1.48	0.313	214	0.2955	4193	X-RAY DIFFRACTION	98.83
1.48-1.5	0.2944	244	0.2854	4158	X-RAY DIFFRACTION	98.81
1.5-1.52	0.2561	228	0.2725	4222	X-RAY DIFFRACTION	99.04
1.52-1.54	0.2711	198	0.274	4214	X-RAY DIFFRACTION	99.01
1.54-1.56	0.2461	242	0.2457	4223	X-RAY DIFFRACTION	99.22
1.56-1.59	0.2096	216	0.2217	4191	X-RAY DIFFRACTION	99.06
1.59-1.61	0.2289	228	0.2181	4237	X-RAY DIFFRACTION	99.38
1.61-1.64	0.2156	198	0.1925	4247	X-RAY DIFFRACTION	99.26
1.64-1.67	0.1907	221	0.1915	4230	X-RAY DIFFRACTION	99.26
1.67-1.7	0.2097	215	0.1803	4246	X-RAY DIFFRACTION	99.55
1.7-1.74	0.1978	219	0.178	4244	X-RAY DIFFRACTION	99.49
1.74-1.78	0.2072	207	0.1764	4253	X-RAY DIFFRACTION	99.55
1.78-1.82	0.1835	229	0.1651	4264	X-RAY DIFFRACTION	99.58
1.82-1.86	0.2046	227	0.1669	4261	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.86-1.91	0.1739	198	0.1721	4299	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.91-1.97	0.1739	231	0.1659	4251	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.97-2.03	0.1731	210	0.1498	4305	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.03-2.11	0.1695	223	0.1485	4300	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.11-2.19	0.1693	190	0.1458	4336	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.19-2.29	0.1771	207	0.1495	4334	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.29-2.41	0.1585	232	0.1522	4313	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.56	0.1712	206	0.1518	4353	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.56-2.76	0.1834	218	0.1554	4359	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-3.04	0.1592	216	0.1571	4380	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.48	0.1437	227	0.1417	4426	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-4.38	0.1376	217	0.1236	4474	X-RAY DIFFRACTION	99.98
4.38-48.67	0.1475	245	0.147	4699	X-RAY DIFFRACTION	99.96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.88566948905	0.023993573044	3.20818455616	4.10367191071	-0.690480480971	8.29680330474	0.087126401574	0.145833956309	-0.499256070745	0.150495437217	0.0781801910469	-0.234636717985	0.257381871234	0.272805693892	-0.173858865954	0.211668033445	-0.00948158484785	0.0463350074918	0.134254678074	-0.0439859406188	0.276367034118	-52.4861335426	-4.00531631112	-24.9408174063
2	0.932591356249	0.00306718594929	-0.286909868743	2.30809832162	0.493110928718	0.810146955959	-0.0711707939019	0.0438360048691	-0.0332349926398	-0.00973569718769	0.111479435922	0.201819591872	0.0887404035245	-0.0334360895058	-0.0491163907083	0.201357719189	-0.0213777620228	-0.010287427513	0.160997842867	0.014644391006	0.158177821541	-61.9611136466	11.2944046315	-17.3855884792
3	6.09410934257	-1.00273972952	3.8248541088	2.43324840619	-0.690461286971	8.05027429463	-0.0909898735304	-0.406025879188	0.0327092108693	0.388835968926	0.178257334623	-0.0117644429286	-0.32076974437	-0.0154573322848	-0.0508488070141	0.268866450695	-0.0218366420684	0.00324425017447	0.158749892901	-0.021938141665	0.192582000421	-54.182033835	27.7892618752	-7.79016428194
4	4.72449346628	-1.97931575427	-4.54862891023	7.38337455938	-1.31618240016	7.23265914624	-0.023227293948	-0.0247938863496	-0.0667422928982	0.0778722332853	-0.0546595888832	-0.237921682043	-0.0982470066543	0.199221496461	0.0317309282496	0.156412568402	-0.0380099572976	-0.0407985489302	0.146051156184	0.0134094595898	0.142821091662	-50.3913886368	23.8648498918	-11.0969959038
5	5.86528676501	2.09326130577	3.83443821816	3.59312352337	3.01513582792	7.07780360182	-0.079543307699	-0.213608247674	0.160744254101	-0.044372353309	-0.0695869946096	0.263695285814	-0.322349327629	-0.49209606715	0.183614531279	0.156002375917	0.0215391417187	0.0182239152043	0.126043077534	0.046094375692	0.143258450447	-67.8989983989	22.5491234008	-14.0890903221
6	3.08003503495	-0.294497439534	-2.23347959836	2.28642809554	0.731548130884	3.76846511873	-0.157758131264	0.0481625158884	0.00560384026441	0.138539638278	0.0941629632894	0.198308169374	0.113613387949	-0.14951352315	0.0831310763349	0.209828063543	-0.0277100029363	-0.0180536264728	0.164199163129	0.0028268406425	0.173505287445	-65.6303096994	11.0754674629	-17.675294168
7	1.74940030098	-0.36330758449	-0.16526547571	2.49653211861	-0.639665482022	1.59418648572	-0.0764934272356	0.104127427435	-0.0810791988974	-0.00732909314137	0.0923779546382	-0.00525837698243	0.108014010962	-0.135369270905	-0.0413006886489	0.172993446212	-0.0510630232527	0.00262831734772	0.158463319466	-0.00334920308028	0.146463587047	-53.9004639786	16.9038545297	-23.7176062059
8	2.72904370357	0.678914121002	-1.19040553525	3.71162257609	-1.21539838725	4.51126284716	-0.124694003803	-0.0802590519502	-0.225354806012	0.0739731059375	0.0579220986095	-0.367319724166	0.186523797657	0.283509839829	0.0777443612447	0.190430368311	-0.016801694005	-0.00246537713115	0.146703504952	-0.0179953758142	0.217568038683	-48.0723229532	4.52234988646	-20.583535313
9	6.01527295991	-3.41237505146	-2.3446735443	8.63466929242	5.1993251483	5.22859758793	-0.0284019580015	-0.420707952595	0.136703541252	0.446673913149	0.383568658479	-1.24497862403	0.0796743223426	0.622000184744	-0.380666525323	0.263736035634	-0.112682398766	-0.0793618351875	0.366052093576	0.0879732179846	0.421329633516	-22.3170848533	37.4864557455	-21.1005741606
10	3.33627507383	-1.10046805106	-4.55785500725	5.01272260152	3.07944674743	7.68402037218	-0.174237394011	-0.0700214943441	0.149414322554	0.39416516906	0.0428819176919	-0.273206569499	0.0205606859563	0.261888040029	0.119068858626	0.204929740074	-0.064641050181	-0.105024935454	0.189603624055	0.0515753406153	0.224752460275	-28.9027283672	37.6346069576	-22.558391376
11	3.36009392488	2.86465418751	2.06078322155	3.13822792485	1.05910723687	2.67618802019	0.00111550963948	0.0758448992878	0.000169232999503	0.0532407143148	-0.00542331452093	-0.216554847179	-0.0858651776176	0.145422460604	0.0360292448438	0.169807387153	-0.0322017470859	-0.00223855487633	0.168168184281	0.0224278050329	0.177416605022	-34.8721517507	35.7499768923	-37.6516582835
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13	9.54942661561	-3.61300008763	-3.84192446261	1.92933624819	1.74168541692	7.40511169909	0.0173349408193	-0.0942754595546	-0.297176642689	0.00439502263438	-0.0652225505834	-0.0621632262993	0.24985438498	0.0233874494449	0.0543897343328	0.214063027043	-0.0417941526427	-0.00106610502533	0.176736002986	0.0141696334251	0.232021739904	-39.3358722655	17.6369632456	-42.0127629148
14	1.25098982892	-0.429540276411	-0.0901479242224	5.57540302115	1.79395499455	3.11531112448	-0.00158452408224	0.0881825311762	0.0644810295495	-0.257990328191	0.00387761725405	-0.0950034979798	-0.17528110669	-0.0285424930378	-0.00675563698196	0.168799423671	-0.0439337598894	0.00340928831931	0.207095355213	0.0305084742279	0.162205680301	-41.7681519182	36.1603761158	-47.2601170446
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16	2.77576805766	1.31730398317	0.0494070872847	2.33769995857	-0.692625740091	2.37715009898	-0.0262165318498	-0.0134441709903	-0.235085485105	0.0469667463397	-0.0881784684577	-0.401304571749	0.115966913197	0.289218875179	0.108721835835	0.155188312159	-0.0159504268571	-0.0311537925608	0.175137154901	0.0408200514105	0.235193127451	-30.9504722648	27.3288751744	-26.888048513

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 21 through 58 )	A	A	21 - 58	1 - 38
2	2	chain 'A' and (resid 59 through 83 )	A	A	59 - 83	39 - 63
3	3	chain 'A' and (resid 84 through 105 )	A	A	84 - 105	64 - 85
4	4	chain 'A' and (resid 106 through 119 )	A	A	106 - 119	86 - 99
5	5	chain 'A' and (resid 120 through 141 )	A	A	120 - 141	100 - 121
6	6	chain 'A' and (resid 142 through 177 )	A	A	142 - 177	122 - 157
7	7	chain 'A' and (resid 178 through 214 )	A	A	178 - 214	158 - 194
8	8	chain 'A' and (resid 215 through 261 )	A	A	215 - 261	195 - 241
9	9	chain 'B' and (resid 21 through 38 )	B	G	21 - 38	1 - 18
10	10	chain 'B' and (resid 39 through 58 )	B	G	39 - 58	19 - 38
11	11	chain 'B' and (resid 59 through 82 )	B	G	59 - 82	39 - 62
12	12	chain 'B' and (resid 83 through 102 )	B	G	83 - 102	63 - 82
13	13	chain 'B' and (resid 103 through 119 )	B	G	103 - 119	83 - 99
14	14	chain 'B' and (resid 120 through 155 )	B	G	120 - 155	100 - 135
15	15	chain 'B' and (resid 156 through 194 )	B	G	156 - 194	136 - 174
16	16	chain 'B' and (resid 195 through 261 )	B	G	195 - 261	175 - 241

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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