PDB-9h17: Crystal structure of OXA-405 in complex with avibactam

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9h17

タイトル

Crystal structure of OXA-405 in complex with avibactam

要素

Beta-lactamase

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / antibiotic resistance / beta lactamase / class D / DBO

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.46 Å

データ登録者

Hoff, J.F. / Goudar, K.E. / Hinchliffe, P. / Spencer, J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2025
タイトル: Electrostatic interactions influence diazabicyclooctane inhibitor potency against OXA-48-like beta-lactamases.
著者: Hoff, J.F. / Goudar, K.E. / Calvopina, K. / Beer, M. / Hinchliffe, P. / Shaw, J.M. / Tooke, C.L. / Takebayashi, Y. / Cadzow, A.F. / Harmer, N.J. / Mulholland, A.J. / Schofield, C.J. / Spencer, J.

履歴

登録	2024年10月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年9月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9h17.cif.gz	269.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9h17.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9h17.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9h17_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9h17_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	9h17_validation.xml.gz	28.5 KB	表示
CIF形式データ	9h17_validation.cif.gz	39.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/9h17 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/9h17	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9h11C 9h12C 9h13C 9h14C 9h15C 9h16C 9h18C 9hpvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

57.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.302, 122.302, 160.175
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22
Space group name Hall	P6₅2(x,y,z+1/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+1/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+5/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-413- HOH
2	1	B-549- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 27880.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: blaOXA-405 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F6P2I5, beta-lactamase

-
非ポリマー , 8種, 432分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-NXL / (2S,5R)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide / avibactam, bound form / NXL104, bound form 分子量: 267.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₃N₃O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-A1IY4 / (2S,5R)-1-methanoyl-5-(oxidanylamino)piperidine-2-carboxamide / avibactam, reacted form 分子量: 187.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₃N₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#8: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.39 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 28% PEG 550

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.46→57.13 Å / Num. obs: 122147 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 41.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1.46→1.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 6005 / CC_1/2: 0.286 / R_pim(I) all: 0.818 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.46→57.13 Å / SU ML: 0.2025 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.8208
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.196	2000	1.64 %
R_work	0.1738	119931	-
obs	0.1741	121931	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.46→57.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3928	0	130	418	4476

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0058	4204
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8099	5676
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0792	587
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0077	730
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.4088	1565

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.46-1.5	0.3922	140	0.3564	8395	X-RAY DIFFRACTION	99.63
1.5-1.54	0.3248	141	0.327	8452	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.54-1.58	0.3235	140	0.289	8430	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.58-1.63	0.2776	142	0.2592	8480	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.63-1.69	0.2401	141	0.2339	8439	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.69-1.76	0.235	141	0.2094	8494	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.76-1.84	0.1894	142	0.1925	8484	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.84-1.94	0.2037	142	0.1909	8539	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.94-2.06	0.1782	143	0.1548	8545	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.06-2.22	0.1849	143	0.1484	8561	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.22-2.44	0.1823	143	0.1546	8592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.79	0.1862	144	0.1613	8654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-3.52	0.1697	145	0.1547	8735	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.52-57.13	0.183	153	0.1581	9131	X-RAY DIFFRACTION	99.91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.93020604905	-1.74074723642	2.57573313539	6.86848378947	-3.91462137515	4.96351708922	0.128164122486	0.074460188896	-0.60682816462	-0.36204865643	0.191169247641	0.170537610461	0.449451575077	-0.296788101172	-0.318731052304	0.19463212291	-0.0854152347491	0.0176867632315	0.276528831066	-0.0741543663839	0.351311647297	-21.2907035192	37.9666491324	-5.59274536612
2	2.21518897436	0.921434060412	1.10937689553	0.984119991541	0.648164252429	2.64587862517	0.029717556229	0.0153554223538	-0.116091908555	-5.94171604743E-5	-0.0994246771302	0.144676559909	0.201316148214	-0.293116138403	0.0844568724952	0.117031797415	-0.00157560321565	0.0141080540071	0.196223048333	-0.0388835888659	0.191158954024	-15.3289085691	46.0866452839	4.05426468402
3	1.79735232	-0.680616877108	0.00470777320623	3.23681426407	0.268389334838	1.57582778302	-0.036490684901	-0.0789985292618	-0.156909639295	0.100251847103	0.00983087502507	-0.0943333841581	0.109468383902	0.134000534801	0.0329762239555	0.145642178179	-0.0128665887355	-0.00692327863071	0.230337458149	0.00863840089356	0.186809616624	3.32748009239	46.5200222712	19.3834708773
4	9.20818883881	-2.39816845557	6.80639271635	3.11994007825	-1.96888614182	5.05139108126	-0.10874199059	-0.15119249685	0.0982703082715	0.154857822122	0.118445366934	0.219190990726	-0.607362163343	0.0176789160557	-0.0283554198027	0.183192949468	0.00200590075345	0.0341780136852	0.197939111957	-0.0282140364786	0.179610947117	-12.4114326331	59.8225412146	19.8121688049
5	1.96214403537	0.499636965151	-0.644609603044	1.11677321029	0.225223909129	2.00216378409	0.0200425277762	-0.0118497788088	0.0141086137636	0.0217205976433	-0.0320175307454	0.12253479255	-0.0252801700665	-0.14187495771	-0.00292649682036	0.123894676217	-0.00498210253295	-0.00395771236296	0.17755533874	-0.011452496802	0.152497378236	-10.8777695358	53.7011107917	10.7601717641
6	5.7988185244	0.954615853071	-3.23568122977	3.32727955068	-1.54164289394	7.30599750042	-0.18899212297	0.190647000168	-0.414514330534	-0.131025500013	0.0757797698342	-0.00113318213034	0.380660912935	-0.263036180237	0.156250423937	0.112161548846	-0.0373639169098	-0.00741827096376	0.145944777704	-0.0268213292428	0.180127479358	-2.92305088298	42.7196821208	1.8864459612
7	6.02897104453	2.54442619699	-1.77896548519	4.21944452026	-1.84601863213	5.20750653965	0.000427447837928	-0.0788662705746	-0.278274056293	-0.0023256969041	-0.102453461216	0.0385619675418	0.266785749021	-0.0979217942011	0.0628442512243	0.115422842281	-0.018154938007	-0.00144298782928	0.141932862808	-0.0559486367308	0.152825303558	-10.768843301	42.7721511839	0.912694289461
8	6.88072782104	-0.256346626797	2.47191920709	5.14344273732	0.484512679711	7.1084862867	0.150488626243	-0.0514809469621	-0.781375306922	0.110247533448	-0.0234437864006	-0.205655369491	0.70899570661	-0.0802742231223	-0.0877415928246	0.1941546056	-0.033029823921	0.00705081778883	0.161589003987	-0.0853389212376	0.37477595027	-9.63318485789	34.4136885796	-1.47955245321
9	3.85258016459	-0.0759248931981	1.72234002901	6.62755200353	4.43885485941	6.90515186645	0.150707600088	0.323113404021	-0.523759649769	0.0368157044293	0.117749800977	-0.194902838944	0.414674390529	0.586611406221	-0.287168854914	0.171220353799	0.0586186382256	0.0248370282304	0.214751096016	-0.00118767533517	0.299911216896	31.8697416657	40.6707430795	-3.26847028275
10	2.05284648895	-0.885097858794	0.647391821617	1.39160340393	-0.66891386513	0.816822364308	0.0557622010432	0.0328715278936	-0.102013684149	-0.0276124008325	-0.0664383834409	-0.0814075658427	0.0623936227531	0.109011421558	0.0293753372859	0.152680654506	0.00358818689325	0.00992828526932	0.201955374871	-0.00500257714804	0.16084694024	24.72239369	52.4345220307	-4.92820009087
11	2.11427287538	1.20195875246	0.851802773706	4.86755165564	4.1620740403	7.88988501418	0.0430916414577	0.242219487638	0.0331128026014	-0.4348533962	-0.0428560591135	0.179538215036	-0.170396817373	-0.353243417832	0.038626737805	0.177168454331	0.0414607650976	-0.0344166396545	0.215400782684	0.0176497916602	0.186224518409	2.87023634871	62.3907928667	-17.7838189482
12	5.96705694154	-3.22270745689	-3.85536836781	6.8743781161	-1.8908478038	6.22267590614	-0.0214430264577	0.112792148725	-0.179425255121	-0.319251647828	-0.037791974494	0.0948653349221	0.113925330427	-0.263633769426	0.0859452126974	0.119385222235	-0.0176993663234	-0.0200086843387	0.172254317587	-0.0358877931378	0.157702621366	4.89117803577	55.0849614038	-16.892065234
13	8.2625074901	3.6738892608	6.99651210916	4.39728784597	3.69519124854	7.63483192824	-0.190476446243	-0.00283178582708	0.231423823546	-0.219365253877	0.0335066381149	0.0503827725088	-0.404000892611	-0.0277942968191	0.182372624873	0.166524984218	0.0240802568281	0.0492202332222	0.161677273223	0.000317894410596	0.13470537883	14.6464416786	69.4560302544	-13.0991402522
14	1.46990065238	0.12734104204	-0.301182908811	0.889775489605	-0.580764798025	1.19541636455	0.0918904846832	-0.0680885980536	0.0678138250336	0.0175350166407	-0.113588087781	-0.0451519523445	-0.0916602894664	0.162757026375	0.0267211899882	0.173033270107	-0.00216866582802	-0.00425598903139	0.203926152554	-0.00557977979555	0.162053336481	19.213315175	62.0460036483	-5.53763325869
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16	6.33696791505	0.144673790649	-0.294884041761	5.97069379491	-0.539122156002	8.82440522336	0.151897685235	0.517374204346	-0.499935737972	-0.509945303557	-0.116742554328	0.312279332423	0.404373761011	0.098868235677	-0.0437983903919	0.189964387801	0.0328886829537	-0.00115078162015	0.177858396209	-0.0754549738828	0.251432005491	20.4931065834	39.5654768697	-9.21287144449

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 21 through 38 )	A	A	21 - 38	1 - 18
2	2	chain 'A' and (resid 39 through 82 )	A	A	39 - 82	19 - 62
3	3	chain 'A' and (resid 83 through 130 )	A	A	83 - 130	63 - 110
4	4	chain 'A' and (resid 131 through 141 )	A	A	131 - 141	111 - 121
5	5	chain 'A' and (resid 142 through 194 )	A	A	142 - 194	122 - 174
6	6	chain 'A' and (resid 195 through 213 )	A	A	195 - 213	175 - 193
7	7	chain 'A' and (resid 214 through 237 )	A	A	214 - 237	194 - 217
8	8	chain 'A' and (resid 238 through 261 )	A	A	238 - 261	218 - 241
9	9	chain 'B' and (resid 21 through 38 )	B	G	21 - 38	1 - 18
10	10	chain 'B' and (resid 39 through 82 )	B	G	39 - 82	19 - 62
11	11	chain 'B' and (resid 83 through 102 )	B	G	83 - 102	63 - 82
12	12	chain 'B' and (resid 103 through 119 )	B	G	103 - 119	83 - 99
13	13	chain 'B' and (resid 120 through 141 )	B	G	120 - 141	100 - 121
14	14	chain 'B' and (resid 142 through 194 )	B	G	142 - 194	122 - 174
15	15	chain 'B' and (resid 195 through 237 )	B	G	195 - 237	175 - 217
16	16	chain 'B' and (resid 238 through 261 )	B	G	238 - 261	218 - 241

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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