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- PDB-9hpk: Open state TMD-LBD of the GluA3(R439G) with TARP gamma2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hpk
タイトルOpen state TMD-LBD of the GluA3(R439G) with TARP gamma2
要素Isoform Flip of Glutamate receptor 3,Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ion channel / glutamate
機能・相同性
機能・相同性情報


Presynaptic depolarization and calcium channel opening / eye blink reflex / positive regulation of protein localization to basolateral plasma membrane / cerebellar mossy fiber / LGI-ADAM interactions / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / Trafficking of AMPA receptors / channel regulator activity / regulation of AMPA receptor activity / membrane hyperpolarization ...Presynaptic depolarization and calcium channel opening / eye blink reflex / positive regulation of protein localization to basolateral plasma membrane / cerebellar mossy fiber / LGI-ADAM interactions / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / Trafficking of AMPA receptors / channel regulator activity / regulation of AMPA receptor activity / membrane hyperpolarization / nervous system process / Synaptic adhesion-like molecules / protein targeting to membrane / voltage-gated calcium channel complex / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / protein heterotetramerization / neuromuscular junction development / parallel fiber to Purkinje cell synapse / Activation of AMPA receptors / AMPA glutamate receptor activity / transmission of nerve impulse / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / AMPA glutamate receptor complex / ionotropic glutamate receptor complex / asymmetric synapse / membrane depolarization / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / synaptic cleft / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / voltage-gated calcium channel activity / response to fungicide / glutamate-gated receptor activity / presynaptic active zone membrane / glutamate-gated calcium ion channel activity / somatodendritic compartment / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / ionotropic glutamate receptor binding / calcium channel regulator activity / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / dendritic shaft / regulation of membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / modulation of chemical synaptic transmission / postsynaptic density membrane / Schaffer collateral - CA1 synapse / long-term synaptic potentiation / terminal bouton / response to calcium ion / amyloid-beta binding / presynaptic membrane / protein homotetramerization / dendritic spine / perikaryon / postsynaptic membrane / postsynaptic density / neuronal cell body / dendrite / glutamatergic synapse / cell surface / protein-containing complex / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, gamma-2 subunit / : / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel ...Voltage-dependent calcium channel, gamma-2 subunit / : / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor 3 / Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Pokharna, A. / Singh, B. / Krieger, J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U105174197 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Architecture, dynamics and biogenesis of GluA3 AMPA glutamate receptors.
著者: Aditya Pokharna / Imogen Stockwell / Josip Ivica / Bishal Singh / Johannes Schwab / Carlos Vega-Gutiérrez / Beatriz Herguedas / Ondrej Cais / James M Krieger / Ingo H Greger /
要旨: AMPA-type glutamate receptors (AMPARs) mediate the majority of excitatory neurotransmission in the brain. Assembled from combinations of four core subunits, GluA1-4, and ~20 auxiliary subunits, their ...AMPA-type glutamate receptors (AMPARs) mediate the majority of excitatory neurotransmission in the brain. Assembled from combinations of four core subunits, GluA1-4, and ~20 auxiliary subunits, their molecular diversity tunes information transfer and storage in a brain circuit-specific manner. GluA3, a subtype strongly associated with disease, functions as both a fast transmitting Ca-permeable (CP) AMPAR at sensory synapses, and as a Ca-impermeable (CI) receptor at cortical synapses. Here, we present cryo-EM structures of the CP GluA3 homomer, which substantially diverge from other AMPARs. The GluA3 extracellular domain tiers (NTD and LBD) are closely coupled throughout gating states, creating previously unseen interfaces that impact signalling and harbour human disease mutations. Central to this architecture is a stacking interaction between two arginine residues (Arg163) in the NTD dimer interface, trapping a unique NTD dimer conformation that enables close contacts with the LBD. Rupture of the Arg163 stack not only alters the structure and dynamics of the GluA3 extracellular region, but also increases receptor trafficking, and the expression of GluA3 heteromers at the synapse. We further show that a mammalian-specific GluA3 trafficking checkpoint determines conformational stability of the LBD tier. Hence, specific design features define communication and biogenesis of GluA3, offering a framework to interrogate this disease-prone glutamate receptor.
履歴
登録2024年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform Flip of Glutamate receptor 3,Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit
B: Isoform Flip of Glutamate receptor 3,Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit
C: Isoform Flip of Glutamate receptor 3,Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit
D: Isoform Flip of Glutamate receptor 3,Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit
W: Isoform Flip of Glutamate receptor 3,Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit
X: Isoform Flip of Glutamate receptor 3,Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit
Y: Isoform Flip of Glutamate receptor 3,Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit
Z: Isoform Flip of Glutamate receptor 3,Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,062,1278
ポリマ－1,062,1278
非ポリマー00
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Isoform Flip of Glutamate receptor 3,Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit / GluR-3 / AMPA-selective glutamate receptor 3 / GluR-C / GluR-K3 / Glutamate receptor ionotropic / ...GluR-3 / AMPA-selective glutamate receptor 3 / GluR-C / GluR-K3 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 3 / Neuronal voltage-gated calcium channel gamma-2 subunit / Stargazin / Transmembrane AMPAR regulatory protein gamma-2 / TARP gamma-2


分子量: 132765.891 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gria3, GluA3, Glur3, Cacng2, Stg / 細胞株 (発現宿主): EXPI293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19492, UniProt: Q71RJ2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: GluA3 in tandem with TARP gamma2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: expi293f
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 37.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 280853 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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