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- PDB-9hnm: Structure of the (6-4) photolyase of Caulobacter crescentus in it... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hnm
タイトルStructure of the (6-4) photolyase of Caulobacter crescentus in its dark adapted and oxidized state determined by serial femtosecond crystallography
要素Cryptochrome/photolyase family protein
キーワードFLAVOPROTEIN / DNA repair / photolyase / electron transfer / iron-sulfur cluster
機能・相同性Photolyase PhrB-like / : / Deoxyribodipyrimidine photo-lyase-related protein / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Chem-DLZ / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / IRON/SULFUR CLUSTER / Cryptochrome/photolyase family protein
機能・相同性情報
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Po Hsun, W. / Maestre-Reyna, M. / Essen, L.-O.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)ES152/18 ドイツ
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Redox-State-Dependent Structural Changes within a Prokaryotic 6-4 Photolyase.
著者: Wang, P.H. / Hosokawa, Y. / C Soares, J. / Emmerich, H.J. / Fuchs, V. / Caramello, N. / Engilberge, S. / Bologna, A. / Rosner, C.J. / Nakamura, M. / Watad, M. / Luo, F. / Owada, S. / Tosha, T. ...著者: Wang, P.H. / Hosokawa, Y. / C Soares, J. / Emmerich, H.J. / Fuchs, V. / Caramello, N. / Engilberge, S. / Bologna, A. / Rosner, C.J. / Nakamura, M. / Watad, M. / Luo, F. / Owada, S. / Tosha, T. / Kang, J. / Tono, K. / Bessho, Y. / Nango, E. / Pierik, A.J. / Royant, A. / Tsai, M.D. / Yamamoto, J. / Maestre-Reyna, M. / Essen, L.O.
履歴
登録2024年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cryptochrome/photolyase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5854
ポリマ－58,1211
非ポリマー1,4633
水4,936274
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20800 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)49.800, 103.400, 104.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Cryptochrome/photolyase family protein


分子量: 58121.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (バクテリア)
遺伝子: CC_0646 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q9AAF5
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-DLZ / 1-deoxy-1-(6,7-dimethyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropteridin-8(2H)-yl)-D-ribitol / 6,7-dimethyl-8-(1'-D-ribityl) lumazine / 6,7-ジメチル-8-リビチルルマジン


分子量: 326.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H18N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris (pH 8.5) 0.2 M MgCl2 20% (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL2 / 波長: 1.24 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2022年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.24 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→24.23 Å / Num. obs: 59370 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1188 % / Biso Wilson estimate: 26.85 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 11.38
反射 シェル解像度: 1.71→1.77 Å / Rmerge(I) obs: 1.134 / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / Num. unique obs: 5836 / CC1/2: 0.5
Serial crystallography sample delivery解説: LCP extruder / 手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionCarrier solvent: grease / 解説: LCP extruder / Power by: HPLC
Preparation: Crystals transferred to carrier solvent under safety light
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 74470 / Frames indexed: 59370

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.71→24.23 Å / SU ML: 0.1479 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.482
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1874 2891 4.88 %
Rwork0.1586 56387 -
obs0.16 59278 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→24.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4078 0 84 274 4436
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01674378
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.45385962
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093607
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0164780
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.9689602
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.71-1.740.25431240.25352640X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.770.26211330.24952668X-RAY DIFFRACTION100
1.77-1.80.261290.23492651X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.830.2441310.22712649X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.870.27111460.21862651X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.910.23211380.20752671X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.960.24791360.19842616X-RAY DIFFRACTION100
1.96-2.010.23821390.18882650X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.060.18611400.18452668X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.120.23111370.17852659X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.190.21941530.17322669X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.270.21721270.17062667X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.360.18491280.17262685X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.470.19881620.16782659X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.60.23991340.16862680X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.760.19171430.17142703X-RAY DIFFRACTION100
2.76-2.970.2071470.16982670X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.270.17141330.16382731X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.740.17551220.13972746X-RAY DIFFRACTION100
3.74-4.710.14051380.1182766X-RAY DIFFRACTION100
4.71-24.230.15321510.13572888X-RAY DIFFRACTION99.84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.197377938290.710582410202-0.5337072940144.15346434244-0.4214779532983.89287918676-0.1725891980280.672987243031-0.0719648774717-0.7132404801920.148133649855-0.2375891248020.2313762566340.2827136857330.011048482390.400275885066-0.03378291686230.004343281399030.492835124192-0.005304896112660.2419048476540.23476823341313.6486332453-11.3031996034
21.28092549072-0.212548053044-0.2353685839381.540775251780.4714546718571.21050549678-0.0363340763725-0.1767774401780.06800871092750.2323188238360.0498274091786-0.143820843189-0.03536505638890.190967988235-0.01857726472470.218484407322-0.0203773070849-0.02137464104270.2117577159380.02456339516770.18769183238310.321249017614.948281867432.7300265649
30.714879330881-0.787994495149-0.04362756028441.221946455310.2073790893570.9968348424320.03150799652120.179603178341-0.182124766899-0.0553862439745-0.1737688340010.16231126030.195367424856-0.1234104347680.1290853886640.313515867842-0.04790167528760.05517609834630.310866532291-0.0009662736791620.414410001784-1.51978509737-7.5175387884114.4949025299
40.790381700122-0.07798483398790.1624525291411.12547510356-0.3382583052760.943923205345-0.02691768281920.0834823924266-0.00541474184998-0.04738156770650.01225421126730.05548332189340.0198384358953-0.03021322869120.0174228773040.189752714799-0.01072205262690.006111595493250.2176548922340.008829772926960.218593907825-1.567362482338.308936463414.9414116031
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 440 through 508 )440 - 508440 - 508
22chain 'A' and (resid 1 through 161 )1 - 1611 - 161
33chain 'A' and (resid 162 through 200 )162 - 200162 - 200
44chain 'A' and (resid 201 through 439 )201 - 439201 - 439

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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