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- PDB-9hmw: Structure of the Arabidopsis thaliana 80S ribosome OVAC mutant in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hmw
タイトルStructure of the Arabidopsis thaliana 80S ribosome OVAC mutant in complex with P- and E-site tRNAs and mRNA
要素
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 37
  • (Ribosomal RNA ...) x 4
  • (Ribosomal protein ...) x 2
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 31
  • 60S ribosomal protein L29
  • Messenger RNA (poly-U)
  • Nascent polypeptide (poly-A)
  • Transfer RNA Phe (GAA)
  • Ubiquitin-ribosomal protein eL40z fusion protein
キーワードRIBOSOME / thermospermine / thaliana / polyamines / ovac / 3-methyluridine
機能・相同性
機能・相同性情報


root morphogenesis / trichome morphogenesis / cytokinesis by cell plate formation / adaxial/abaxial pattern specification / leaf morphogenesis / response to high light intensity / plant-type cell wall / developmental process / plasmodesma / chloroplast envelope ...root morphogenesis / trichome morphogenesis / cytokinesis by cell plate formation / adaxial/abaxial pattern specification / leaf morphogenesis / response to high light intensity / plant-type cell wall / developmental process / plasmodesma / chloroplast envelope / plant-type vacuole / vacuole / response to UV-B / response to osmotic stress / nucleocytoplasmic transport / plastid / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA / response to salt stress / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cytosolic ribosome / response to cold / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / chloroplast / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / translational initiation / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / rRNA processing / peroxisome / ribosomal small subunit assembly / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / response to oxidative stress / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / defense response to bacterium / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / protein ubiquitination / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cell division / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / endoplasmic reticulum / mitochondrion / RNA binding / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / : / Ribosomal protein L28e / : / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / metallochaperone-like domain ...Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / : / Ribosomal protein L28e / : / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / metallochaperone-like domain / TRASH domain / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / 40S Ribosomal protein S10 / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / : / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein L40e superfamily / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z
類似検索 - ドメイン・相同性
: / SPERMIDINE / Chem-TER / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) ...: / SPERMIDINE / Chem-TER / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosomal protein L18ae/LX family protein / Ubiquitin-ribosomal protein eL40z fusion protein / Ribosomal protein L30/L7 family protein / 60S ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein eL38z/eL38y / Large ribosomal subunit protein eL42z/eL42y / Large ribosomal subunit protein eL15z / Large ribosomal subunit protein eL28z / Small ribosomal subunit protein uS17z / Large ribosomal subunit protein uL3z / Small ribosomal subunit protein uS13z/uS13y/uS13x / Small ribosomal subunit protein eS28x / Large ribosomal subunit protein eL13z / Large ribosomal subunit protein uL5z / Small ribosomal subunit protein uS8z/uS8w / Large ribosomal subunit protein uL2z / Small ribosomal subunit protein uS12y / Small ribosomal subunit protein eS26y / Large ribosomal subunit protein uL6z/uL6y / Large ribosomal subunit protein eL32z / Large ribosomal subunit protein uL15x / Small ribosomal subunit protein eS30z/eS30y/eS30x / Large ribosomal subunit protein uL14x/uL14z/uL14y / Large ribosomal subunit protein uL24z / Large ribosomal subunit protein eL27x / Large ribosomal subunit protein eL39z/eL39x / Small ribosomal subunit protein uS7y / Small ribosomal subunit protein eS6y / Small ribosomal subunit protein uS15y / Small ribosomal subunit protein eS32 eS32z/eS32y/eS32x/eS32w/eS32v / Small ribosomal subunit protein uS2z / Large ribosomal subunit protein uL16y / Small ribosomal subunit protein eS21y / Small ribosomal subunit protein eS1y / Large ribosomal subunit protein eL24z / Large ribosomal subunit protein eL34z / Large ribosomal subunit protein eL21z/eL21y / Small ribosomal subunit protein uS14z/uS14y/uS14x / Large ribosomal subunit protein uL18z / Small ribosomal subunit protein eS24y / Small ribosomal subunit protein eS7x / Large ribosomal subunit protein eL37z / Large ribosomal subunit protein eL43y / Small ribosomal subunit protein eS4x / Large ribosomal subunit protein eL30y / Small ribosomal subunit protein uS5y/uS5u/uS5v / Small ribosomal subunit protein eS8z / Large ribosomal subunit protein uL22z / Large ribosomal subunit protein eL18x / Large ribosomal subunit protein eL33y / Large ribosomal subunit protein eL6y / Small ribosomal subunit protein uS11y / Small ribosomal subunit protein uS4y / Small ribosomal subunit protein eS19x / Small ribosomal subunit protein uS19y / Large ribosomal subunit protein uL13y / Small ribosomal subunit protein eS17w / Large ribosomal subunit protein eL8y / Small ribosomal subunit protein eS27y / Large ribosomal subunit protein eL36y / Large ribosomal subunit protein uL23y / Large ribosomal subunit protein uL29x / Large ribosomal subunit protein eL22z / Large ribosomal subunit protein uL4z / Small ribosomal subunit protein uS3z / Small ribosomal subunit protein uS9z / Large ribosomal subunit protein eL19x / Large ribosomal subunit protein eL31y / Small ribosomal subunit protein uS10y / Small ribosomal subunit protein eS10z / Small ribosomal subunit protein eS25w / Large ribosomal subunit protein eL14y
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Faille, A. / Warren, A.J.
資金援助 英国, European Union, 3件
組織認可番号国
Gatsby Charitable FoundationGAT3395/PR3 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/N013158/1 英国
European Research Council (ERC)323052European Union
引用ジャーナル: Science / 年: 2026
タイトル: Recruitment of bifunctional regulator thermospermine to methylated ribosomes directs xylem fate.
著者: Donghwi Ko / Raili Ruonala / Alexandre Faille / Eva Hellmann / Hanna Help / Huili Liu / Ronni Nielsen / Anders Haakonsson / Nuria De Diego / Anja Paatero / Mariia V Shcherbii / Karolina ...著者: Donghwi Ko / Raili Ruonala / Alexandre Faille / Eva Hellmann / Hanna Help / Huili Liu / Ronni Nielsen / Anders Haakonsson / Nuria De Diego / Anja Paatero / Mariia V Shcherbii / Karolina Stefanowicz / Sanja Ćavar Zeljković / Tine Drud Lundager Rasmussen / Ondrej Novak / Zsuzsanna Bodi / Gugan Eswaran / Brecht Wybouw / Matthieu Bourdon / Cristina Urbez / Xiaonan Liu / Kari Salokas / Tiina Öhman / Tanya Waldie / Petri Törönen / Sedeer El-Showk / Martin Balcerowicz / Fabrice Besnard / Xiaomin Liu / Patrick Perkins / Serina Mazzoni-Putman / Julia P Vainonen / Maija Sierla / Mikko J Frilander / Susanne Mandrup / Teva Vernoux / Karin Ljung / Alejandro Ferrando / Miguel A Blazquez / Liisa Holm / Rupert Fray / Markku Varjosalo / Ottoline Leyser / Ville O Paavilainen / Ari Pekka Mähönen / Anna Stepanova / Jose Alonso / Steffen Heber / Robert Malinowski / Finn Kirpekar / Alan J Warren / Ykä Helariutta /
要旨: Polyamines are often associated with ribosomes and are thought to stabilize their integrity. In , the polyamine thermospermine (tSpm) affects xylem cell fate. tSpm induces translation of SUPPRESSOR- ...Polyamines are often associated with ribosomes and are thought to stabilize their integrity. In , the polyamine thermospermine (tSpm) affects xylem cell fate. tSpm induces translation of SUPPRESSOR-OF-ACAULIS51 (SAC51) and SAC51-LIKEs (SACLs), which inhibit heterodimerization of the xylem development proteins LONESOME-HIGHWAY (LHW) and TARGET-OF-MONOPTEROS5. Here, we report a methyltransferase, OVERACHIEVER, that methylates the peptidyl transferase center of the 25 ribosomal RNA (rRNA). Residue mU2952 promotes functional tSpm binding to a specific site connecting the P-site transfer RNA (tRNA) with rRNA residues in the peptidyl transferase center. This interaction enhances the translation of SACLs but inhibits that of LHW. Our study uncovers the dependency between a conserved rRNA base methylation and a polyamine in orchestrating cell fate decisions, highlighting a role for the ribosome chemical landscape in translational regulation.
履歴
登録2024年12月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年2月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.12026年2月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
3: Ribosomal RNA 5.8S
A: Ribosomal RNA 25S
i2: Transfer RNA Phe (GAA)
C3: Ribosomal RNA 5S
BC: Small ribosomal subunit protein eS32 eS32z/eS32y/eS32x/eS32w/eS32v
BM: Large ribosomal subunit protein uL22z
BO: Large ribosomal subunit protein uL24z
AR: 60S ribosomal protein L29
AU: Large ribosomal subunit protein eL31y
Ma: Small ribosomal subunit protein eS26y
Ia: Large ribosomal subunit protein uL6z/uL6y
AE: Small ribosomal subunit protein uS8z/uS8w
AX: Large ribosomal subunit protein eL36y
AP: Large ribosomal subunit protein eL27x
Ja: Small ribosomal subunit protein eS4x
Ea: Large ribosomal subunit protein eL15z
AL: Ribosomal protein L18ae/LX family protein
Va: Small ribosomal subunit protein uS12y
Ka: Small ribosomal subunit protein eS24y
AW: Large ribosomal subunit protein eL33y
BD: Large ribosomal subunit protein eL42z/eL42y
BS: Large ribosomal subunit protein uL3z
AM: Large ribosomal subunit protein eL21z/eL21y
AC: Small ribosomal subunit protein uS5y/uS5u/uS5v
BI: Large ribosomal subunit protein uL14x/uL14z/uL14y
AH: Large ribosomal subunit protein eL14y
BT: Large ribosomal subunit protein uL4z
AV: Large ribosomal subunit protein eL32z
AD: Small ribosomal subunit protein uS7y
AJ: Large ribosomal subunit protein eL18x
BQ: Large ribosomal subunit protein uL2z
BH: Large ribosomal subunit protein uL13y
Da: Small ribosomal subunit protein uS15y
BK: Large ribosomal subunit protein uL18z
AT: Large ribosomal subunit protein eL30y
Pa: Small ribosomal subunit protein eS30z/eS30y/eS30x
BP: Large ribosomal subunit protein uL29x
BN: Large ribosomal subunit protein uL23y
BG: Large ribosomal subunit protein eL8y
Fa: Large ribosomal subunit protein eL34z
Ha: Large ribosomal subunit protein uL15x
BU: Large ribosomal subunit protein uL5z
BR: Ribosomal protein L30/L7 family protein
Xa: Small ribosomal subunit protein uS17z
BV: Small ribosomal subunit protein eS1y
BJ: Large ribosomal subunit protein uL16y
AO: Large ribosomal subunit protein eL24z
BW: Small ribosomal subunit protein eS21y
AK: Large ribosomal subunit protein eL19x
Na: Small ribosomal subunit protein eS27y
AB: Small ribosomal subunit protein uS4y
BF: Large ribosomal subunit protein eL6y
AA: Small ribosomal subunit protein uS3z
AG: Large ribosomal subunit protein eL13z
Ga: Ubiquitin-ribosomal protein eL40z fusion protein
BA: Large ribosomal subunit protein eL39z/eL39x
AF: Small ribosomal subunit protein uS9z
Wa: Small ribosomal subunit protein uS13z/uS13y/uS13x
Ta: Small ribosomal subunit protein eS6y
AZ: Large ribosomal subunit protein eL38z/eL38y
BE: Large ribosomal subunit protein eL43y
Za: Small ribosomal subunit protein uS2z
AQ: Large ribosomal subunit protein eL28z
Oa: Small ribosomal subunit protein eS28x
Ua: Small ribosomal subunit protein uS11y
Ya: Small ribosomal subunit protein uS19y
BB: Small ribosomal subunit protein eS17w
AN: Large ribosomal subunit protein eL22z
Ra: Small ribosomal subunit protein eS7x
BL: Small ribosomal subunit protein eS19x
La: Small ribosomal subunit protein eS25w
Aa: Small ribosomal subunit protein eS8z
AY: Large ribosomal subunit protein eL37z
Ca: Small ribosomal subunit protein uS14z/uS14y/uS14x
h1: Ribosomal RNA 18S
B1: Messenger RNA (poly-U)
W2: Transfer RNA Phe (GAA)
Ba: Small ribosomal subunit protein uS10y
AI: Small ribosomal subunit protein eS10z
L3: Nascent polypeptide (poly-A)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,195,443580
ポリマ－3,179,37280
非ポリマー16,071500
水220,97212266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11i2
21W2

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: G / Beg label comp-ID: G / End auth comp-ID: A / End label comp-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 76 / Label seq-ID: 1 - 76

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1i2C
2W2YB

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
要素

-
Ribosomal RNA ... , 4種, 4分子 3AC3h1

#1: RNA鎖 Ribosomal RNA 5.8S


分子量: 52827.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: GenBank: 731187285
#2: RNA鎖 Ribosomal RNA 25S


分子量: 1096380.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#4: RNA鎖 Ribosomal RNA 5S


分子量: 38917.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: GenBank: 2442578393
#75: RNA鎖 Ribosomal RNA 18S


分子量: 582777.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

-
RNA鎖 , 2種, 3分子 i2W2B1

#3: RNA鎖 Transfer RNA Phe (GAA)


分子量: 24571.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: GenBank: 19120
#76: RNA鎖 Messenger RNA (poly-U)


分子量: 3629.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

+
Small ribosomal subunit protein ... , 31種, 31分子 BCMaAEJaVaKaACADDaPaXaBVBWNaABAAAFWaTaZaOaUaYaBBRaBLLaAaCaBaAI

#5: タンパク質・ペプチド Small ribosomal subunit protein eS32 eS32z/eS32y/eS32x/eS32w/eS32v / 60S ribosomal protein L41 / Large ribosomal subunit protein eL41z/eL41y/eL41x/eL41w/eL41v


分子量: 3445.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P62120
#10: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS26y / 40S ribosomal protein S26-1


分子量: 14762.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P49206
#12: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS8z/uS8w / 40S ribosomal protein S15a-1


分子量: 14829.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P42798
#15: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS4x / 40S ribosomal protein S4-3


分子量: 29875.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8VYK6
#18: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12y / 40S ribosomal protein S23-2 / S12


分子量: 15770.618 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P49201
#19: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS24y / 40S ribosomal protein S24-2


分子量: 15458.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8LC83
#24: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5y/uS5u/uS5v / 40S ribosomal protein S2-2


分子量: 30826.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q93VB8
#29: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7y / 40S ribosomal protein S5-2 / AtRPS5A / Protein ARABIDOPSIS MINUTE-LIKE 1


分子量: 22956.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P51427
#33: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS15y / 40S ribosomal protein S13-2


分子量: 17123.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P59224
#36: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS30z/eS30y/eS30x / 40S ribosomal protein S30


分子量: 6910.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P49689
#44: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS17z / 40S ribosomal protein S11-1 / Protein EMBRYO DEFECTIVE 1080


分子量: 17996.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P16181
#45: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS1y / 40S ribosomal protein S3a-2


分子量: 29857.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q42262
#48: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS21y / 40S ribosomal protein S21-2


分子量: 9125.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q3E902
#50: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS27y / 40S ribosomal protein S27-2


分子量: 9614.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9M2F1
#51: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS4y / 40S ribosomal protein S9-2


分子量: 23207.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FLF0
#53: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3z / 40S ribosomal protein S3-1


分子量: 27559.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SIP7
#57: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9z / 40S ribosomal protein S16-1


分子量: 16663.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SK22
#58: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13z/uS13y/uS13x / 40S ribosomal protein S18


分子量: 17582.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P34788
#59: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS6y / 40S ribosomal protein S6-2 / Protein EMBRYO DEFECTIVE 3010


分子量: 28228.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P51430
#62: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2z / 40S ribosomal protein Sa-1 / Laminin receptor homolog / p40


分子量: 32320.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q08682
#64: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS28x / 40S ribosomal protein S28-2


分子量: 7355.558 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P34789
#65: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11y / 40S ribosomal protein S14-2


分子量: 16303.843 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9CAX6
#66: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS19y / 40S ribosomal protein S15-3


分子量: 16781.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FY65
#67: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS17w / 40S ribosomal protein S17-4


分子量: 16048.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9LZ17
#69: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS7x / 40S ribosomal protein S7-3


分子量: 22101.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8LD03
#70: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS19x / 40S ribosomal protein S19-3


分子量: 15726.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FNP8
#71: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS25w / 40S ribosomal protein S25-4


分子量: 12079.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9T029
#72: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS8z / 40S ribosomal protein S8-1


分子量: 25047.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q93VG5
#74: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14z/uS14y/uS14x / 40S ribosomal protein S29


分子量: 6443.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q680P8
#77: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS10y / 40S ribosomal protein S20-2


分子量: 13718.138 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9STY6
#78: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS10z / 40S ribosomal protein S10-1


分子量: 19475.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SW09

+
Large ribosomal subunit protein ... , 37種, 37分子 BMBOAUIaAXAPEaAWBDBSAMBIAHBTAVAJBQBHBKATBPBNBGFaHaBUBJAOAKBF...

#6: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22z / 60S ribosomal protein L17-1


分子量: 19937.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q93VI3
#7: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24z / 60S ribosomal protein L26-1


分子量: 16983.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P51414
#9: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL31y / 60S ribosomal protein L31-2


分子量: 13852.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9STR1
#11: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6z/uL6y / 60S ribosomal protein L9-1


分子量: 22059.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P49209
#13: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL36y / 60S ribosomal protein L36-2


分子量: 12713.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9M352
#14: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL27x / 60S ribosomal protein L27-3


分子量: 15644.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P51419
#16: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL15z / 60S ribosomal protein L15-1


分子量: 24297.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O23515
#20: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL33y / 60S ribosomal protein L35a-3


分子量: 12941.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9C912
#21: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL42z/eL42y / 60S ribosomal protein L36a


分子量: 12160.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O23290
#22: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3z / 60S ribosomal protein L3-1 / Protein EMBRYO DEFECTIVE 2207


分子量: 44666.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P17094
#23: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL21z/eL21y / 60S ribosomal protein L21-1


分子量: 18693.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q43291
#25: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL14x/uL14z/uL14y / 60S ribosomal protein L23 / Protein EMBRYO DEFECTIVE 2171


分子量: 15052.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P49690
#26: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL14y / 60S ribosomal protein L14-2


分子量: 15536.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9T043
#27: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4z / 60S ribosomal protein L4-1 / L1


分子量: 44783.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SF40
#28: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL32z / 60S ribosomal protein L32-1


分子量: 15539.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P49211
#30: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL18x / 60S ribosomal protein L18-3


分子量: 21012.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q940B0
#31: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2z / 60S ribosomal protein L2 / 60S ribosomal protein L8-1 / Protein EMBRYO DEFECTIVE 2296


分子量: 27918.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P46286
#32: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13y / 60S ribosomal protein L13a-2


分子量: 23510.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9LRX8
#34: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18z / 60S ribosomal protein L5-1 / Ribosomal protein L5 A / Protein ASYMMETRIC LEAVES1/2 ENHANCER 6 / ...60S ribosomal protein L5-1 / Ribosomal protein L5 A / Protein ASYMMETRIC LEAVES1/2 ENHANCER 6 / Protein OLIGOCELLULA 5 / Protein PIGGYBACK 3


分子量: 34420.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8LBI1
#35: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL30y / 60S ribosomal protein L30-2


分子量: 12311.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8VZ19
#37: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29x / 60S ribosomal protein L35-3


分子量: 14215.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9M3D2
#38: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23y / 60S ribosomal protein L23a-2


分子量: 17436.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9M3C3
#39: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL8y / 60S ribosomal protein L7a-2


分子量: 29095.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9LZH9
#40: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL34z / 60S ribosomal protein L34-1


分子量: 13740.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q42351
#41: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15x / 60S ribosomal protein L27a-3


分子量: 16498.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P49637
#42: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL5z / 60S ribosomal protein L11-1 / L16A


分子量: 20867.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P42795
#46: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL16y / 60S ribosomal protein L10-2 / Wilms tumor suppressor protein homolog


分子量: 24962.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q08770
#47: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL24z / 60S ribosomal protein L24-1


分子量: 18900.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q42347
#49: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL19x / 60S ribosomal protein L19-1 / Protein EMBRYO DEFECTIVE 2386


分子量: 24676.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SRX2
#52: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL6y / 60S ribosomal protein L6-2


分子量: 26062.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9C9C6
#54: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL13z / 60S ribosomal protein L13-1 / Protein BBC1 homolog


分子量: 23824.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P41127
#56: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL39z/eL39x / 60S ribosomal protein L39-1


分子量: 6435.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P51424
#60: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL38z/eL38y / 60S ribosomal protein L38


分子量: 8139.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O22860
#61: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL43y / 60S ribosomal protein L37a-2


分子量: 10264.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8RXU5
#63: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL28z / 60S ribosomal protein L28-1 / Protein ASYMMETRIC LEAVES1/2 ENHANCER 5


分子量: 15926.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O82204
#68: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL22z / 60S ribosomal protein L22-2


分子量: 14045.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9M9W1
#73: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL37z / 60S ribosomal protein L37-1


分子量: 10844.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8LFH7

-
タンパク質 , 2種, 2分子 ARGa

#8: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 9410.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: F4JC32
#55: タンパク質 Ubiquitin-ribosomal protein eL40z fusion protein


分子量: 14790.522 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: B9DHA6

-
Ribosomal protein ... , 2種, 2分子 ALBR

#17: タンパク質 Ribosomal protein L18ae/LX family protein


分子量: 25781.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: A0A1P8AY36
#43: タンパク質 Ribosomal protein L30/L7 family protein


分子量: 28573.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: F4IT48

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 L3

#79: タンパク質・ペプチド Nascent polypeptide (poly-A)


分子量: 1975.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

-
非ポリマー , 7種, 12766分子

#80: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#81: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#82: 化合物 ChemComp-TER / N-(3-AMINO-PROPYL)-N-(5-AMINOPROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / THERMOSPERMINE / PA(334)


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#83: 化合物
ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34)


分子量: 145.246 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#84: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#85: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#86: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Ribosome in complex with P- and E-site tRNAs, mRNA, nascent peptide, and thermospermine molecules
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#72, #75-#79 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 53.85 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 58638 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 2.25→2.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.791 / WRfactor Rwork: 0.389 / SU B: 8.613 / SU ML: 0.174 / Average fsc free: 0 / Average fsc overall: 0.7125 / Average fsc work: 0.7125 / ESU R: 0.208 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rwork0.389 4387527 -
all0.389 --
Rfree--0 %
obs--100 %
溶媒の処理溶媒モデル: NONE
原子変位パラメータBiso mean: 85.969 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0060.011211214
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.017139113
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.241.851310133
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.4271.757326289
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg5.456510506
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg4.4851010
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_other_2_deg0.68254034
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg18.0361017148
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_6_deg15.024103737
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0540.238626
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr_other0.0460.26
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0070.02163701
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.0240490
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined0.190.238671
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbd_other0.220.2141732
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined0.2190.286625
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbtor_other0.0840.286297
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined0.2340.213486
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1270.2171
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined0.1790.2655
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it8.269.19842258
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other8.269.19842258
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it13.1216.52352680
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other13.1216.52352681
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it8.4459.361168956
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other8.4459.361168957
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it13.73616.935257451
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other13.73616.935257452
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_it23.713107.442962156
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_other23.713107.442962157
ELECTRON MICROSCOPYr_ncsr_local_group_10.1820.057684
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11i2ELECTRON MICROSCOPYLocal ncs0.181550.05006
12W2ELECTRON MICROSCOPYLocal ncs0.181550.05006
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection Rfree: _ / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc workWRfactor Rwork
2.2-2.2571.8943246311.8943246310.1631.894
2.257-2.3190.7463165680.7463165680.4460.746
2.319-2.3860.6593077510.6593077510.4930.659
2.386-2.460.5942989610.5942989610.5420.594
2.46-2.540.5312896680.5312896680.5880.531
2.54-2.6290.4712801450.4712801450.6380.471
2.629-2.7290.4162703720.4162703720.6980.416
2.729-2.840.3782599830.3782599830.7590.378
2.84-2.9660.3512495670.3512495670.8280.351
2.966-3.1110.3472384030.3472384030.8920.347
3.111-3.2790.3432268320.3432268320.9320.343
3.279-3.4780.322144120.322144120.9470.32
3.478-3.7190.2882015810.2882015810.9510.288
3.719-4.0160.2511874940.2511874940.9550.251
4.016-4.40.2181725520.2181725520.9550.218
4.4-4.9190.1971560560.1971560560.9510.197
4.919-5.680.2271375330.2271375330.9420.227
5.68-6.9550.3561161450.3561161450.9210.356
6.955-9.8340.523897660.523897660.920.523
9.834-309.0960.807491270.807491270.9520.807

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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