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- PDB-9hm2: A swapped dimeric form of ZO1/TJP1 PDZ2 in complex with the C-ter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hm2
タイトルA swapped dimeric form of ZO1/TJP1 PDZ2 in complex with the C-terminal peptide from protein E of SARS-CoV-2
要素
  • Envelope small membrane protein
  • Tight junction protein ZO-1
キーワードCELL ADHESION / PDZ2 / SCAFFOLDING / TIGHT JUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


disruption of cellular anatomical structure in another organism / symbiont-mediated perturbation of host cell endomembrane system / viral budding from Golgi membrane / positive regulation of blood-brain barrier permeability / adherens junction maintenance / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / ameloblast differentiation / Tight junction interactions / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction ...disruption of cellular anatomical structure in another organism / symbiont-mediated perturbation of host cell endomembrane system / viral budding from Golgi membrane / positive regulation of blood-brain barrier permeability / adherens junction maintenance / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / ameloblast differentiation / Tight junction interactions / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / protein localization to cell-cell junction / regulation of cell junction assembly / establishment of endothelial intestinal barrier / Regulation of gap junction activity / protein localization to bicellular tight junction / gap junction / protein localization to adherens junction / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / cell-cell junction organization / actomyosin structure organization / cell-cell junction assembly / Signaling by Hippo / negative regulation of stress fiber assembly / tight junction / podosome / regulation of bicellular tight junction assembly / apical junction complex / maintenance of blood-brain barrier / positive regulation of sprouting angiogenesis / regulation of cytoskeleton organization / host cell Golgi membrane / bicellular tight junction / cell adhesion molecule binding / Maturation of protein E / cell projection / adherens junction / cell-cell adhesion / apical part of cell / cell junction / actin cytoskeleton organization / basolateral plasma membrane / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / calmodulin binding / positive regulation of cell migration / cadherin binding / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Envelope small membrane protein, SARS-CoV-2-like / Envelope small membrane protein, coronavirus / Envelope small membrane protein, betacoronavirus / Coronavirus small envelope protein E / Coronavirus envelope (CoV E) protein profile. / Tight junction protein ZO-1 / ZO-1, SH3 domain / Tight junction protein ZO / Domain present in ZO-1 and Unc5-like netrin receptors / ZU5 domain ...Envelope small membrane protein, SARS-CoV-2-like / Envelope small membrane protein, coronavirus / Envelope small membrane protein, betacoronavirus / Coronavirus small envelope protein E / Coronavirus envelope (CoV E) protein profile. / Tight junction protein ZO-1 / ZO-1, SH3 domain / Tight junction protein ZO / Domain present in ZO-1 and Unc5-like netrin receptors / ZU5 domain / ZU5 domain / ZU5 domain profile. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Variant SH3 domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Envelope small membrane protein / Tight junction protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Alvarez, F. / Mechaly, A. / Haouz, A. / Caillet-Saguy, C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Pasteur InstituteDON MICHELIN COVID PFR-5 Cov-2-Cvnet フランス
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: HTRF-based identification of small molecules targeting SARS-CoV-2 E protein interaction with ZO-1 PDZ2
著者: Alvarez, F. / Larrous, F. / Mechaly, A. / Bardiaux, B. / Goor, Q. / Haouz, A. / Seon-Meniel, B. / De Sousa, R.A. / Bourg, S. / Figadere, B. / Wolff, N. / Munier-Lehmann, H. / Caillet-Saguy, C.
履歴
登録2024年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tight junction protein ZO-1
B: Tight junction protein ZO-1
C: Envelope small membrane protein
D: Envelope small membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9879
ポリマ－21,3524
非ポリマー6355
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7660 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area10060 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)30.127, 76.157, 76.922
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Tight junction protein ZO-1 / Tight junction protein 1 / Zona occludens protein 1 / Zonula occludens protein 1


分子量: 9348.658 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TJP1, ZO1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07157
#2: タンパク質・ペプチド Envelope small membrane protein / E / sM protein


分子量: 1327.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: E, 4 / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P0DTC4
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.48 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 %w/v PEG 3350 0.2 M NH4I

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→54.12 Å / Num. obs: 25335 / % possible obs: 69.92 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 29.86 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 0.846
反射 シェル解像度: 1.721→1.918 Å / Num. unique obs: 684 / CC1/2: 0.617

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.72→54.12 Å / SU ML: 0.2504 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 39.0706
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2727 1316 5.19 %
Rwork0.203 24019 -
obs0.2067 25335 69.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→54.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1396 0 5 91 1492
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00631404
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82021889
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0562231
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0067240
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8313529
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.72-1.790.586100.4132128X-RAY DIFFRACTION3.46
1.79-1.870.4775270.343606X-RAY DIFFRACTION15.69
1.87-1.970.3411620.30361337X-RAY DIFFRACTION35.05
1.97-2.090.32631470.28652997X-RAY DIFFRACTION78.82
2.09-2.260.31592080.26223782X-RAY DIFFRACTION98.62
2.26-2.480.27462210.25163796X-RAY DIFFRACTION99.31
2.48-2.840.33381950.23533782X-RAY DIFFRACTION99.28
2.84-3.580.26192310.19073784X-RAY DIFFRACTION99.78
3.58-54.120.23672150.15523807X-RAY DIFFRACTION99.78
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8125787487571.89820016699-1.580297109054.77771674783-4.605102611727.76706917377-0.05074798686650.1644123261450.135627474393-0.844093035537-0.306408275714-0.9710642745480.1666996417230.6018672801230.03354534045780.32418484526-0.01619326134030.1417757935360.2725875504290.06538537208220.3775294702455.362124712345.13117906085-1.46777591416
27.690735972671.25048762684-5.534395404754.282777298280.4009076880864.37713371656-0.3138518822580.7985928303390.580621759193-0.5065095918860.3357458606310.907200795452-0.0672045865087-0.548774058269-0.1209725039380.1516257747010.0053755661444-0.04397983753460.2203439085540.02378106738860.315452555656-13.7380736086-8.3382832785915.7377005293
38.539611112966.524200236052.578835675865.172909108651.959248706230.7828130514920.2120715941970.002742585720540.4934837934191.303929655560.2675007006531.139600596220.90992598198-2.15014576554-0.3303663198150.418271250315-0.07868177364860.1390607334580.566716394489-0.003004422062540.315301200593-22.0744333974-15.689331574524.4181410762
42.41303654511-0.761136122816-2.527693526094.931669447040.9495924410099.20913085064-0.043267045749-0.5895225022570.0364172919070.620357925592-0.0135868717188-0.0701517570280.2570016734150.110969836263-0.006967408026950.285198961936-0.0386823112459-0.008575909716670.317557597545-0.029086532110.269203325368-9.53278970186-11.583306028321.9876939843
56.349388617743.12356733271-0.6645450008012.491574492810.3489234320593.10901593337-0.2932386159190.623436182028-0.63666752907-0.01158354237130.643315972221-0.2355579103710.4477277661280.3742432094410.1271205961560.2989847050210.06816737464270.009683270007490.1778565170070.0008197676693720.201780799453-1.80942597012-16.005646972812.4343804994
62.596282523752.91686139537-3.252472713794.74531878326-5.32416972125.963058035560.1247238448590.322468336008-0.650604733027-0.868553788283-0.634022822762-0.924472792241.20558609690.01074434811150.4834971422470.441438747779-0.006429246730380.08906948899090.320540581343-0.01085457956430.373885599583-9.1302761555-20.75382874248.7718449401
76.630628494732.649612109162.720618972392.21984931043.616871829956.23560802587-0.118506203184-0.2908532042720.4167968926230.730497716244-0.397871741850.933987814967-0.02434516097990.262112264850.4977295060220.326697542155-0.003519627900610.01285309656130.24605515892-0.01827289740710.266067621846-8.17807858348-14.084073278721.7532998185
87.279781861283.0168854213-0.5716450347483.48071594944-2.036875176445.96531916246-0.313516660251-0.156483313522-0.152916702521-0.1015149710790.2136415735990.3964466046370.54081794054-0.718669403999-0.02769924159920.295391686916-0.04332492357890.0243056774710.184218468978-0.01615821777510.300484167946-17.0739368537-19.356532943619.3187489829
93.795201044190.3379558276290.2128545586055.80759426605-1.44951665225.02334167773-0.09818077413630.2923813263940.35584758081-0.00722980790642-0.0677733252215-0.348835394286-0.3224891309680.0798191473477-0.00953709491310.207618622664-0.004816145008510.009263764343580.1782690598750.03403818187130.227156042394-0.1062261191361.403842015543.34319542001
105.659843675332.65213430044-4.830038734285.54352096194-1.21303330197.948755284050.1027577374290.02008428322650.09475192443660.5734503816210.211568951320.00640306194961-0.948239997111-0.235679989806-0.2687739420320.3452752698520.09497987912880.03082378231990.2177886536340.01907257343230.301769937116-3.037937682596.204682153325.89650488798
110.410416599648-0.544584438601-1.508890763990.8520354773772.193060971895.67188412288-0.1308677840951.219883748321.26935488275-0.4537647633060.5227609910430.503287567543-1.259451612750.109517729533-0.1540198815750.414952130388-0.197658089449-0.08007667384610.696776576480.2796899334180.505584292964-16.1844080262-9.93217098535.27159665863
125.561437543850.8110107837661.775263296015.373555951934.955965919134.760927919480.0296012905686-0.309266551081-0.3835420749820.844917731358-0.226998855178-0.1533756328230.7837993505950.9931799663520.3543582835920.3971724203830.1067779448260.1155563096720.3904710302870.08566278905240.4020203763575.8636137268-10.13785568395.35795744382
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 184 through 203 )AA184 - 2031 - 20
22chain 'A' and (resid 204 through 213 )AA204 - 21321 - 30
33chain 'A' and (resid 214 through 219 )AA214 - 21931 - 36
44chain 'A' and (resid 220 through 232 )AA220 - 23237 - 49
55chain 'A' and (resid 233 through 241 )AA233 - 24150 - 58
66chain 'A' and (resid 242 through 251 )AA242 - 25159 - 68
77chain 'A' and (resid 252 through 266 )AA252 - 26669 - 83
88chain 'B' and (resid 184 through 203 )BB184 - 2031 - 20
99chain 'B' and (resid 204 through 251 )BB204 - 25121 - 68
1010chain 'B' and (resid 252 through 266 )BB252 - 26669 - 83
1111chain 'C' and (resid 1 through 9 )CC1 - 91 - 9
1212chain 'D' and (resid 2 through 9 )DD2 - 91 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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