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- PDB-9hk5: Structure of a mutant of human protein kinase CK2alpha' that equa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hk5
タイトルStructure of a mutant of human protein kinase CK2alpha' that equals its isoenzyme CK2alpha in affinity to the regulatory subunit CK2beta
要素Casein kinase II subunit alpha'
キーワードTRANSFERASE / human protein kinase CK2 human casein kinase 2 isoenzymes CK2alpha and CK2alpha' CK2alpha/CK2beta interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mitophagy / regulation of chromosome separation / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Maturation of hRSV A proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known ...regulation of mitophagy / regulation of chromosome separation / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Maturation of hRSV A proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / acrosomal vesicle / liver regeneration / Signal transduction by L1 / cerebral cortex development / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / double-strand break repair / spermatogenesis / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / DNA damage response / chromatin / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Casein Kinase 2, subunit alpha / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3NG / Casein kinase II subunit alpha'
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.491 Å
データ登録者Werner, C. / Niefind, K.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)NI 643/11-1 ドイツ
引用
ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: A CK2 alpha ' mutant indicating why CK2 alpha and CK2 alpha ', the isoforms of the catalytic subunit of human protein kinase CK2, deviate in affinity to CK2 beta.
著者: Werner, C. / Eimermacher, S. / Harasimowicz, H. / Fischer, D. / Pietsch, M. / Niefind, K.
#1: ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2011
タイトル: Structure of the human protein kinase CK2 catalytic subunit CK2alpha' and interaction thermodynamics with the regulatory subunit CK2beta
著者: Bischoff, N. / Olsen, B. / Raaf, J. / Bretner, M. / Issinger, O.G. / Niefind, K.
履歴
登録2024年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase II subunit alpha'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3824
ポリマ－42,9081
非ポリマー4743
水6,071337
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area15730 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)46.788, 47.804, 50.579
Angle α, β, γ (deg.)111.757, 90.221, 91.546
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Casein kinase II subunit alpha' / CK II alpha'


分子量: 42907.965 Da / 分子数: 1 / 変異: P32V, V83I, T101I, C336S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A2, CK2A2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P19784, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-3NG / 5-[(3-chlorophenyl)amino]benzo[c][2,6]naphthyridine-8-carboxylic acid / CX-4945


分子量: 349.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H12ClN3O2 / コメント: 化学療法薬, 阻害剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: protein stock solution: 5 mg/ml protein, 500 mM NaCl, 25 mM Tris/HCl, pH 8.5; protein/inhibitor mixture: 19 mikroliter protein stock solution plus 1 mikroliter 20 mM CX-4945 in DMSO; ...詳細: protein stock solution: 5 mg/ml protein, 500 mM NaCl, 25 mM Tris/HCl, pH 8.5; protein/inhibitor mixture: 19 mikroliter protein stock solution plus 1 mikroliter 20 mM CX-4945 in DMSO; reservoir: 900 mM LiCL, 28 % (w/v) PEG 6000, 250 mM Tris/HCl, pH 8.5; crystallization drop: 2 mikroliter reservoir + 4 mikroliter protein/inhibitor mixture; initial crystals were optimized by micro seeding

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.873128 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873128 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.491→46.971 Å / Num. obs: 44234 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 9.63 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.129 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 1.491→1.672 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.775 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2189 / CC1/2: 0.447 / Rpim(I) all: 0.533 / Rrim(I) all: 0.944 / Rsym value: 0.775 / % possible all: 11.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.21_5207精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.491→46.97 Å / SU ML: 0.1324 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.1756
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2038 1091 2.47 %
Rwork0.1741 43143 -
obs0.1748 44234 66.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.491→46.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2770 0 33 337 3140
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00632909
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79353928
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0856403
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077502
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.31861102
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.491-1.560.389230.2077100X-RAY DIFFRACTION1.25
1.56-1.640.2515260.24531159X-RAY DIFFRACTION14.33
1.64-1.740.2821030.24873873X-RAY DIFFRACTION47.92
1.74-1.880.2441710.22416477X-RAY DIFFRACTION80.26
1.88-2.070.23751950.19917648X-RAY DIFFRACTION95.11
2.07-2.370.21132000.17467936X-RAY DIFFRACTION97.69
2.37-2.980.21930.17147964X-RAY DIFFRACTION98.38
2.98-46.970.1642000.14197986X-RAY DIFFRACTION98.83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1156487120120.0897952463832-0.05611741302980.0690140956982-0.03127461257170.171858161667-0.02790338485470.0205905244722-0.0736260239821-0.02820028626620.0421554316690.04726701612580.0376358593816-0.01386624380930.006773612330690.0719121683975-0.001684321417690.007259329276910.0715708453580.0009343314688720.12844262180162.909119001441.556873470.232137754921
20.6386408683020.167917967768-0.3707462474750.623782973398-0.5044527844240.51745319991-0.00827248949820.0821905928730.0544300486203-0.00301079196910.0857560510990.07529035344030.117183927427-0.06514297501280.08279401741460.0967492670151-0.000692094590455-0.007200336882690.04661846109760.002547903100960.048821412450450.32641923625.09579237168.54775330715
30.452163829225-0.233151056453-0.1009440968420.4103016285460.05894815996030.308970499856-0.0391655930130.00507596926413-0.08346485365190.0807904389760.01772787425150.05100812574470.12487789881-0.0355040860887-0.01641630075430.04669071828120.000523061879707-0.007634683346340.0300266040905-0.005238572107930.046065760452245.543479905938.427366475911.7591751835
40.261317056849-0.06638715962770.1160446532730.2012051911590.01066053638790.143042068109-0.01591363972550.0158473634403-0.0267891942988-0.003562981316060.007121978675450.0132633360850.02701529615240.00545537580182-0.1875824890760.032999460541-0.006787970350190.001582839412990.03549366990420.00453230872010.030426118000544.821820827343.51648939290.351796585968
50.452915606867-0.0129349947508-0.2508927174990.4727854426740.04778023690140.2273948561150.07589352591840.3299533460450.0928569915756-0.227644744218-0.05526166262670.180507952416-0.0720317820191-0.267933623137-0.287600083910.00287022297186-0.00735645398088-0.004993013017040.08420617631380.0287316804172-0.0027876603620432.252408944353.2380409648-7.23382168403
60.3019616711070.0840816858529-0.01008698516560.5170859052810.03493654223070.158739007730.0526527569467-0.001129318078590.1347693103150.1301783131620.0134489236898-0.141442770577-0.0841381552630.01171827211830.02465123001140.0628779906839-0.0186573150597-0.0007311553491810.00760838894145-0.004453209492450.048130556852943.685647365957.73046709588.26535397727
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 7 through 36 )7 - 361 - 30
22chain 'A' and (resid 37 through 88 )37 - 8831 - 82
33chain 'A' and (resid 89 through 150 )89 - 15083 - 144
44chain 'A' and (resid 151 through 228 )151 - 228145 - 222
55chain 'A' and (resid 229 through 305 )229 - 305223 - 299
66chain 'A' and (resid 306 through 334 )306 - 334300 - 328

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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