PDB-9hhy: Crystal Structure of the Coxiella burnetii 2-methylisocitrate lya...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hhy

タイトル

Crystal Structure of the Coxiella burnetii 2-methylisocitrate lyase Bound to Inhibitor Isocitric Acid

要素

2-methylisocitrate lyase

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / PrpB / methylisocitrate lyase / carbon-carbon lyase / EC 4.1.3.30

機能・相同性

機能・相同性情報

methylisocitrate lyase / propionate catabolic process, 2-methylcitrate cycle / methylisocitrate lyase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxiella burnetii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.33 Å

データ登録者

Stuart, W. / Isupov, M. / Harmer, N.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Structure and catalytic mechanism of methylisocitrate lyase, a potential drug target against Coxiella burnetii.
著者: Stuart, W.S. / Jenkins, C.H. / Ireland, P.M. / Isupov, M.N. / Norville, I.H. / Harmer, N.J.

履歴

登録	2024年11月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hhy.cif.gz	685.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hhy.ent.gz	564.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hhy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hhy_validation.pdf.gz	8.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hhy_full_validation.pdf.gz	8.6 MB	表示
XML形式データ	9hhy_validation.xml.gz	152 KB	表示
CIF形式データ	9hhy_validation.cif.gz	193.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/9hhy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/9hhy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9hgkC 9hgoC 9hgqC 9hhsC 9hraC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 2-methylisocitrate lyase

B: 2-methylisocitrate lyase

C: 2-methylisocitrate lyase

D: 2-methylisocitrate lyase

E: 2-methylisocitrate lyase

F: 2-methylisocitrate lyase

G: 2-methylisocitrate lyase

H: 2-methylisocitrate lyase

I: 2-methylisocitrate lyase

J: 2-methylisocitrate lyase

K: 2-methylisocitrate lyase

L: 2-methylisocitrate lyase

ヘテロ分子

418 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-methylisocitrate lyase

B: 2-methylisocitrate lyase

C: 2-methylisocitrate lyase

D: 2-methylisocitrate lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
139 kDa, 4 ポリマー
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2

E: 2-methylisocitrate lyase

F: 2-methylisocitrate lyase

H: 2-methylisocitrate lyase

K: 2-methylisocitrate lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
139 kDa, 4 ポリマー
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3

G: 2-methylisocitrate lyase

I: 2-methylisocitrate lyase

J: 2-methylisocitrate lyase

L: 2-methylisocitrate lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
139 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	93.785, 115.550, 195.241
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.34, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSアンサンブル:

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	2-methylisocitrate lyase / 2-MIC / MICL / (2R / 3S)-2-methylisocitrate lyase 分子量: 34358.168 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 遺伝子: prpB, CBU_0771 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83DG5, methylisocitrate lyase

-
非ポリマー , 7種, 952分子

#2: 化合物	ChemComp-ICT / ISOCITRIC ACID / D-イソくえん酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 881 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.02 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: Clear Strategy I D7: 0.3 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 8% w/v PEG 20,000, 8% v/v PEG 500 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.33→59.24 Å / Num. obs: 177721 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 7.04 % / CC_1/2: 0.9945 / Net I/σ(I): 8.29
反射シェル	解像度: 2.33→2.37 Å / Num. unique obs: 8831 / CC_1/2: 0.2991

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.33→59.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 15.71 / SU ML: 0.318 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.352 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26523	8841	5 %	RANDOM
R_work	0.214	-	-	-
obs	0.21657	168617	99.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.925 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.57 Å²	0 Å²	1.57 Å²
2-	-	-1.87 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.33→59.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26526	0	326	881	27733

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	27308
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.195	1.637	36829
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.113	5	3444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.402	22.584	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.783	15	4588
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.295	15	164
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	3624
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	20457
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	14.276	13.485	13812
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	18.71	25.177	17244
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	15.816	14.149	13496
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	21.983	96.76	40671
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	8994	0.06
1	2	B	8994	0.06
2	1	A	9068	0.05
2	2	C	9068	0.05
3	1	A	9125	0.07
3	2	D	9125	0.07
4	1	A	8976	0.06
4	2	E	8976	0.06
5	1	A	9023	0.05
5	2	F	9023	0.05
6	1	A	8912	0.07
6	2	G	8912	0.07
7	1	A	9027	0.05
7	2	H	9027	0.05
8	1	A	9025	0.07
8	2	I	9025	0.07
9	1	A	9077	0.05
9	2	J	9077	0.05
10	1	A	9049	0.06
10	2	K	9049	0.06
11	1	A	8851	0.07
11	2	L	8851	0.07
12	1	B	9055	0.05
12	2	C	9055	0.05
13	1	B	9035	0.06
13	2	D	9035	0.06
14	1	B	8949	0.06
14	2	E	8949	0.06
15	1	B	9007	0.05
15	2	F	9007	0.05
16	1	B	8937	0.07
16	2	G	8937	0.07
17	1	B	9057	0.04
17	2	H	9057	0.04
18	1	B	8998	0.06
18	2	I	8998	0.06
19	1	B	9042	0.05
19	2	J	9042	0.05
20	1	B	9022	0.06
20	2	K	9022	0.06
21	1	B	8834	0.06
21	2	L	8834	0.06
22	1	C	9147	0.05
22	2	D	9147	0.05
23	1	C	9038	0.05
23	2	E	9038	0.05
24	1	C	9055	0.05
24	2	F	9055	0.05
25	1	C	9018	0.06
25	2	G	9018	0.06
26	1	C	9072	0.05
26	2	H	9072	0.05
27	1	C	9053	0.06
27	2	I	9053	0.06
28	1	C	9137	0.05
28	2	J	9137	0.05
29	1	C	9149	0.05
29	2	K	9149	0.05
30	1	C	8867	0.06
30	2	L	8867	0.06
31	1	D	9049	0.05
31	2	E	9049	0.05
32	1	D	9063	0.05
32	2	F	9063	0.05
33	1	D	9025	0.07
33	2	G	9025	0.07
34	1	D	9067	0.06
34	2	H	9067	0.06
35	1	D	9135	0.06
35	2	I	9135	0.06
36	1	D	9136	0.05
36	2	J	9136	0.05
37	1	D	9125	0.05
37	2	K	9125	0.05
38	1	D	8855	0.07
38	2	L	8855	0.07
39	1	E	8941	0.06
39	2	F	8941	0.06
40	1	E	8940	0.06
40	2	G	8940	0.06
41	1	E	8946	0.05
41	2	H	8946	0.05
42	1	E	8999	0.05
42	2	I	8999	0.05
43	1	E	8992	0.05
43	2	J	8992	0.05
44	1	E	9018	0.05
44	2	K	9018	0.05
45	1	E	8730	0.07
45	2	L	8730	0.07
46	1	F	8994	0.06
46	2	G	8994	0.06
47	1	F	9065	0.06
47	2	H	9065	0.06
48	1	F	8995	0.06
48	2	I	8995	0.06
49	1	F	9061	0.05
49	2	J	9061	0.05
50	1	F	9054	0.05
50	2	K	9054	0.05
51	1	F	8880	0.07
51	2	L	8880	0.07
52	1	G	8938	0.07
52	2	H	8938	0.07
53	1	G	9018	0.06
53	2	I	9018	0.06
54	1	G	8983	0.06
54	2	J	8983	0.06
55	1	G	8988	0.06
55	2	K	8988	0.06
56	1	G	8745	0.08
56	2	L	8745	0.08
57	1	H	8980	0.06
57	2	I	8980	0.06
58	1	H	9044	0.06
58	2	J	9044	0.06
59	1	H	9067	0.05
59	2	K	9067	0.05
60	1	H	8931	0.06
60	2	L	8931	0.06
61	1	I	9051	0.05
61	2	J	9051	0.05
62	1	I	9050	0.05
62	2	K	9050	0.05
63	1	I	8757	0.08
63	2	L	8757	0.08
64	1	J	9149	0.05
64	2	K	9149	0.05
65	1	J	8867	0.07
65	2	L	8867	0.07
66	1	K	8842	0.07
66	2	L	8842	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.33→2.39 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.435	697	-
R_work	0.426	12151	-
obs	-	-	98.19 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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