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万見
- PDB-9hhd: Crystal Structure of the Plasmodium falciparum Bromodomain PfBDP1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hhd
タイトルCrystal Structure of the Plasmodium falciparum Bromodomain PfBDP1 in complex with RMM2
要素Bromodomain protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / plasmodium / bromodomain / inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K14ac reader activity / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain ...Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Bromodomain protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Amann, M. / Huegle, M. / Einsle, O. / Guenther, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)RTG2202 ドイツ
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2025
タイトル: A Novel Inhibitor against the Bromodomain Protein 1 of the Malaria Pathogen Plasmodium Falciparum.
著者: Amann, M. / Warstat, R. / Rechten, K.K. / Theuer, P. / Schustereder, M. / Clavey, S. / Breit, B. / Einsle, O. / Hugle, M. / Petter, M. / Gunther, S.
履歴
登録2024年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22025年6月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0812
ポリマ－15,8271
非ポリマー2531
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7890 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)38.447, 88.106, 108.046
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain protein 1


分子量: 15827.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1033700 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IJ72
#2: 化合物 ChemComp-A1IUZ / 3-methyl-1-(2-methylphenyl)-5,6,7,8-tetrahydro-2~{H}-cyclohepta[c]pyrrol-4-one


分子量: 253.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.3 M LiSO4, 15% PEG3350, 0.1 M Tris pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.000033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→44.05 Å / Num. obs: 8932 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.318 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.26→2.33 Å / Num. unique obs: 782 / CC1/2: 0.685 / Rpim(I) all: 0.748

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.26→44.05 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2493 441 4.94 %
Rwork0.2085 --
obs0.2106 8924 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→44.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1038 0 19 123 1180
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071106
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7931501
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.189406
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044162
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005192
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.26-2.590.31481350.28332761X-RAY DIFFRACTION99
2.59-3.260.29261350.23382802X-RAY DIFFRACTION100
3.26-44.050.21741710.17672920X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.78490.0678-0.22374.4828-1.04434.203-0.4255-0.1592-0.46270.59530.31450.692-0.2359-1.01590.15420.2355-0.01030.00690.7486-0.13450.36353.2822-22.774-12.0902
25.0546-2.48622.27194.7837-1.8831.1947-0.48650.5405-0.303-0.7617-0.29560.08950.2028-0.26380.15090.507-0.06070.11360.4393-0.24540.534519.136-31.0165-23.7657
32.29030.95010.18730.4902-0.4052.6211-0.5904-0.2533-1.1479-0.3222-0.1342-0.43631.32810.94490.39360.71020.18960.21690.5737-0.03760.710428.1014-36.3665-13.5198
43.78180.896-0.76391.1026-0.12124.1702-0.3205-0.8135-0.28570.1664-0.01490.02580.2738-0.19810.27010.29150.020.02530.5076-0.04930.296819.1532-25.9531-8.652
52.9852-0.563-0.67390.11360.11382.0851-0.18460.0755-0.066-0.0087-0.00780.1385-0.0849-0.03940.24120.2578-0.0417-0.00720.3293-0.11180.33321.5799-21.7022-22.2066
60.8770.3663-1.66720.9710.30393.9803-0.0886-0.3931.0660.07450.3650.1369-1.2628-0.5131-0.01710.51160.251-0.06030.8352-0.45520.67695.6402-9.4373-6.3237
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 327 through 349 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 350 through 355 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 356 through 369 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 370 through 412 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 413 through 436 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 437 through 456 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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