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万見
- PDB-9hh1: LysR Type Transcriptional Regulator LsrB from Agrobacterium tumef... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hh1
タイトルLysR Type Transcriptional Regulator LsrB from Agrobacterium tumefaciens
要素Transcriptional regulator, LysR family
キーワードDNA BINDING PROTEIN / LysR-type trancriptional regulator / DNA-Binding / Agrobacterium / transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator LsrB
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Elders, H. / Schmidt, J.J. / Fiedler, R. / Hofmann, E. / Narberhaus, F.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)NA 240/11-2 ドイツ
German Research Foundation (DFG)Research Training Group 2341 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: Two redox-responsive LysR-type transcription factors control the oxidative stress response of Agrobacterium tumefaciens.
著者: Janka J Schmidt / Vivian B Brandenburg / Hannah Elders / Saba Shahzad / Sina Schäkermann / Ronja Fiedler / Lisa R Knoke / Yvonne Pfänder / Pascal Dietze / Hannah Bille / Bela Gärtner / ...著者: Janka J Schmidt / Vivian B Brandenburg / Hannah Elders / Saba Shahzad / Sina Schäkermann / Ronja Fiedler / Lisa R Knoke / Yvonne Pfänder / Pascal Dietze / Hannah Bille / Bela Gärtner / Lennart J Albin / Lars I Leichert / Julia E Bandow / Eckhard Hofmann / Franz Narberhaus /
要旨: Pathogenic bacteria often encounter fluctuating reactive oxygen species (ROS) levels, particularly during host infection, necessitating robust redox-sensing mechanisms for survival. The LysR-type ...Pathogenic bacteria often encounter fluctuating reactive oxygen species (ROS) levels, particularly during host infection, necessitating robust redox-sensing mechanisms for survival. The LysR-type transcriptional regulator (LTTR) OxyR is a widely conserved bacterial thiol-based redox sensor. However, members of the Rhizobiales also encode LsrB, a second LTTR with potential redox-sensing function. This study explores the roles of OxyR and LsrB in the plant-pathogen Agrobacterium tumefaciens. Through single and combined deletions, we observed increased H2O2 sensitivity, underscoring their function in oxidative defense. Genome-wide transcriptome profiling under H2O2 exposure revealed that OxyR and LsrB co-regulate key antioxidant genes, including katG, encoding a bifunctional catalase/peroxidase. Agrobacterium tumefaciens LsrB possesses four cysteine residues potentially involved in redox sensing. To elucidate the structural basis for redox-sensing, we applied single-particle cryo-EM (cryogenic electron microscopy) to experimentally confirm an AlphaFold model of LsrB, identifying two proximal cysteine pairs. In vitro thiol-trapping coupled with mass spectrometry confirmed reversible thiol modifications of all four residues, suggesting a functional role in redox regulation. Collectively, these findings reveal that A. tumefaciens employs two cysteine-based redox sensing transcription factors, OxyR and LsrB, to withstand oxidative stress encountered in host and soil environments.
履歴
登録2024年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, LysR family
B: Transcriptional regulator, LysR family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7492
ポリマ－70,7492
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, LysR family


分子量: 35374.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア)
遺伝子: Atu2186 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A9CI74
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Dimeric LTTR-type transcriptional regulator LsrB / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.076 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: homogeneous dimeric sample
試料支持詳細: 15mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.5.3粒子像選択
7UCSF ChimeraX1.8モデルフィッティング
9cryoSPARC4.5.3初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.5.3最終オイラー角割当
11cryoSPARC4.5.3分類
12cryoSPARC4.5.3３次元再構成
13UCSF ChimeraX1.8モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 8864865
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 484971 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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