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- PDB-9hg0: Crystal structure of M. smegmatis GMP reductase with XMP* intermi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hg0
タイトルCrystal structure of M. smegmatis GMP reductase with XMP* intermidiate in complex with NADP+ and IMP.
要素GMP reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / GMP reductase / GuaB1 / CBS domain / Mycobacterium smegmatis
機能・相同性
機能・相同性情報


GMP reductase / GMP reductase activity / IMP salvage / IMP dehydrogenase activity / purine ribonucleoside salvage / cytosol
類似検索 - 分子機能
GMP reductase-like / : / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSINIC ACID / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / GMP reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Dolezal, M. / Pichova, I.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)LX22NPO5103European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for allosteric regulation of mycobacterial guanosine 5'-monophosphate reductase with ATP and GTP.
著者: Dolezal, M. / Knejzlik, Z. / Kouba, T. / Filimonenko, A. / Svachova, H. / Klima, M. / Pichova, I.
履歴
登録2024年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GMP reductase
B: GMP reductase
C: GMP reductase
D: GMP reductase
E: GMP reductase
F: GMP reductase
G: GMP reductase
H: GMP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)425,77832
ポリマ－414,2598
非ポリマー11,51924
水13,349741
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area56710 Å2
ΔGint-255 kcal/mol
Surface area125400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)204.800, 204.910, 116.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.306, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
GMP reductase / Guanosine 5'-monophosphate reductase / GMPR


分子量: 51782.434 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: guaB1, MSMEG_3634, MSMEI_3548 / プラスミド: pTriex / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QYE8, GMP reductase
#2: 化合物
ChemComp-IMP / INOSINIC ACID


分子量: 348.206 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N4O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 741 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.03 M Magnesium chloride 0.03 M Calcium chloride 20% (v/v) Ethylene glycol 8.5% (v/v) PEG 8000 0.1 M Tris/BICINE, pH 8.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月8日
放射モノクロメーター: DCD Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→42.55 Å / Num. obs: 533989 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 45.85 Å2 / CC1/2: 0.979 / CC star: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1688 / Rpim(I) all: 0.1052 / Rrim(I) all: 0.1995 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.12 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 2.21 / Mean I/σ(I) obs: 0.61 / Num. unique obs: 17667 / CC1/2: 0.171 / CC star: 0.541 / Rpim(I) all: 1.349 / Rrim(I) all: 2.596 / % possible all: 99.07

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20230630データ削減
XSCALE20230630データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.8.1 ELモデル構築
PHENIX1.21_5204精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→42.55 Å / SU ML: 0.3157 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.2613
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2485 13469 5 %
Rwork0.2185 255932 -
obs0.22 269401 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27384 0 752 741 28877
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002328656
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.524239182
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04184648
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00545214
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.994210442
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.120.34074440.32948428X-RAY DIFFRACTION99.07
2.12-2.150.37014490.33228522X-RAY DIFFRACTION99.06
2.15-2.170.34674470.31928480X-RAY DIFFRACTION99.16
2.17-2.20.33754480.31518535X-RAY DIFFRACTION99.13
2.2-2.230.33144480.30018519X-RAY DIFFRACTION99.19
2.23-2.260.33724440.29258468X-RAY DIFFRACTION99.12
2.26-2.290.32674490.29678506X-RAY DIFFRACTION99.2
2.29-2.330.32264500.28588551X-RAY DIFFRACTION99.51
2.33-2.370.29854470.26258505X-RAY DIFFRACTION99.43
2.37-2.40.31074460.26078458X-RAY DIFFRACTION98.74
2.4-2.450.30674410.25868384X-RAY DIFFRACTION98.07
2.45-2.490.29074530.25038617X-RAY DIFFRACTION99.92
2.49-2.540.28164500.24288549X-RAY DIFFRACTION99.94
2.54-2.590.28964540.24318630X-RAY DIFFRACTION99.93
2.59-2.650.28894480.23198525X-RAY DIFFRACTION99.92
2.65-2.710.26744500.24658541X-RAY DIFFRACTION99.8
2.71-2.770.27614520.23388592X-RAY DIFFRACTION99.69
2.77-2.850.26524490.23288525X-RAY DIFFRACTION99.63
2.85-2.930.30794490.25868529X-RAY DIFFRACTION99.44
2.93-3.030.28354500.25088550X-RAY DIFFRACTION99.47
3.03-3.140.27624480.24458539X-RAY DIFFRACTION99
3.14-3.260.28094480.2378504X-RAY DIFFRACTION99.04
3.26-3.410.2574480.23248515X-RAY DIFFRACTION99.08
3.41-3.590.25374420.22818386X-RAY DIFFRACTION97.93
3.59-3.820.23014550.20738649X-RAY DIFFRACTION99.95
3.82-4.110.21394530.19228597X-RAY DIFFRACTION99.96
4.11-4.520.20654520.17758606X-RAY DIFFRACTION99.93
4.52-5.180.20434540.1778620X-RAY DIFFRACTION99.87
5.18-6.520.2274510.20248552X-RAY DIFFRACTION99.01
6.52-42.550.18654500.16438550X-RAY DIFFRACTION97.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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