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- PDB-9hfl: Cryo-EM structure of the human snRNA export complex comprising CB... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hfl
タイトルCryo-EM structure of the human snRNA export complex comprising CBC-PHAX-CRM1-RanGTP and capped-RNA
要素
  • (Nuclear cap-binding protein subunit ...) x 2
  • Exportin-1
  • GTP-binding nuclear protein Ran
  • Phosphorylated adapter RNA export protein
  • RNA (5'-D(*(ADM))-R(P*A)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN / snRNA export / Exportin / Cap-binding / Co-transcriptional regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA cap binding complex binding / positive regulation of RNA binding / snRNA export from nucleus / nuclear cap binding complex / histone mRNA metabolic process / RNA cap binding complex / mRNA metabolic process / cellular response to triglyceride / RNA stabilization / cellular response to salt ...mRNA cap binding complex binding / positive regulation of RNA binding / snRNA export from nucleus / nuclear cap binding complex / histone mRNA metabolic process / RNA cap binding complex / mRNA metabolic process / cellular response to triglyceride / RNA stabilization / cellular response to salt / positive regulation of RNA export from nucleus / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / positive regulation of mRNA 3'-end processing / cap-dependent translational initiation / annulate lamellae / Processing of Intronless Pre-mRNAs / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA cap binding / snRNA binding / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / regulation of mRNA processing / primary miRNA processing / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / manchette / nuclear export signal receptor activity / regulation of centrosome duplication / cellular response to mineralocorticoid stimulus / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / RNA 7-methylguanosine cap binding / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / importin-alpha family protein binding / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of protein export from nucleus / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / mRNA 3'-end processing / protein localization to nucleolus / mRNA cis splicing, via spliceosome / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / tRNA processing in the nucleus / GTP metabolic process / RNA catabolic process / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / RNA Polymerase II Transcription Termination / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / regulation of translational initiation / FGFR2 alternative splicing / nucleocytoplasmic transport / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / DNA metabolic process / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / Maturation of hRSV A proteins / spliceosomal complex assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / dynein intermediate chain binding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mitotic sister chromatid segregation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / 7-methylguanosine mRNA capping / viral process / spermatid development / ribosomal large subunit export from nucleus / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / protein localization to nucleus / positive regulation of protein binding / sperm flagellum / toxic substance binding / nuclear pore / mRNA export from nucleus / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Cajal body / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / ribosomal subunit export from nucleus / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Formation of RNA Pol II elongation complex / ribosomal small subunit export from nucleus / NPAS4 regulates expression of target genes / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / centriole / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Mitotic Prometaphase / mRNA Splicing - Major Pathway / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation
類似検索 - 分子機能
Phosphorylated adapter RNA export protein / Phosphorylated adapter RNA export protein, RNA-binding domain / Phosphorylated adapter RNA export protein, RNA-binding domain superfamily / Phosphorylated adapter RNA export protein, RNA-binding domain / MIF4G-like, type 1 / MIF4G-like, type 2 / Nuclear cap-binding protein subunit 1 / MIF4G like / MIF4G like / Nuclear cap-binding protein subunit 2 ...Phosphorylated adapter RNA export protein / Phosphorylated adapter RNA export protein, RNA-binding domain / Phosphorylated adapter RNA export protein, RNA-binding domain superfamily / Phosphorylated adapter RNA export protein, RNA-binding domain / MIF4G-like, type 1 / MIF4G-like, type 2 / Nuclear cap-binding protein subunit 1 / MIF4G like / MIF4G like / Nuclear cap-binding protein subunit 2 / NCBP2, RNA recognition motif / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Ran GTPase / Small GTPase Ran-type domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / Armadillo-type fold / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GTA / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / Exportin-1 / Nuclear cap-binding protein subunit 2 / GTP-binding nuclear protein Ran / Nuclear cap-binding protein subunit 1 / Phosphorylated adapter RNA export protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Dubiez, E. / Cusack, S. / Kadlec, J.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structural basis for the synergistic assembly of the snRNA export complex.
著者: Etienne Dubiez / William Garland / Maja Finderup Brask / Elisabetta Boeri Erba / Torben Heick Jensen / Jan Kadlec / Stephen Cusack /
要旨: The nuclear cap-binding complex (CBC) and its partner Arsenite-Resistance Protein 2 (ARS2) regulate the fate of RNA polymerase II transcripts via mutually exclusive interactions with RNA effectors. ...The nuclear cap-binding complex (CBC) and its partner Arsenite-Resistance Protein 2 (ARS2) regulate the fate of RNA polymerase II transcripts via mutually exclusive interactions with RNA effectors. One such effector is PHAX, which mediates the nuclear export of U-rich small nuclear RNAs (snRNAs). Here we present the cryo-electron microscopy structure of the human snRNA export complex comprising phosphorylated PHAX, CBC, CRM1-RanGTP and capped RNA. The central region of PHAX bridges CBC to the export factor CRM1-RanGTP, while also reinforcing cap dinucleotide binding. Additionally, PHAX interacts with a distant region of CRM1, facilitating contacts of the essential phosphorylated region of PHAX with the prominent basic surface of RanGTP. CBC engagement within the snRNA export complex is incompatible with its binding to other RNA effectors such as ALYREF or NCBP3. We demonstrate that snRNA export complex formation requires synergistic binding of all its components, which in turn displaces ARS2 from CBC and commits the complex for export.
履歴
登録2024年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exportin-1
B: GTP-binding nuclear protein Ran
C: Nuclear cap-binding protein subunit 1
D: Nuclear cap-binding protein subunit 2
N: Phosphorylated adapter RNA export protein
P: Phosphorylated adapter RNA export protein
R: RNA (5'-D(*(ADM))-R(P*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)352,66010
ポリマ－351,3257
非ポリマー1,3353
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 3種, 4分子 ABNP

#1: タンパク質 Exportin-1 / Exp1 / Chromosome region maintenance 1 protein homolog


分子量: 123518.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Human Exportin 1 CRM1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XPO1, CRM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14980
#2: タンパク質 GTP-binding nuclear protein Ran / Androgen receptor-associated protein 24 / GTPase Ran / Ras-like protein TC4 / Ras-related nuclear protein


分子量: 24441.135 Da / 分子数: 1 / Mutation: Q69L / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RanGTP Q69L catalytic mutant / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAN, ARA24, OK/SW-cl.81 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P62826, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#5: タンパク質 Phosphorylated adapter RNA export protein / RNA U small nuclear RNA export adapter protein


分子量: 44468.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHAX, RNUXA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H814

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Nuclear cap-binding protein subunit ... , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 Nuclear cap-binding protein subunit 1 / 80 kDa nuclear cap-binding protein / NCBP 80 kDa subunit


分子量: 91960.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Human NCBP1 CBP80 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCBP1, CBP80, NCBP
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: Q09161
#4: タンパク質 Nuclear cap-binding protein subunit 2 / 20 kDa nuclear cap-binding protein / Cell proliferation-inducing gene 55 protein / NCBP 20 kDa ...20 kDa nuclear cap-binding protein / Cell proliferation-inducing gene 55 protein / NCBP 20 kDa subunit / CBP20 / NCBP-interacting protein 1 / NIP1


分子量: 18028.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Human NCBP2 CBP20 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCBP2, CBP20, PIG55 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52298

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RNA鎖 , 1種, 1分子 R

#6: RNA鎖 RNA (5'-D(*(ADM))-R(P*A)-3')


分子量: 4439.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 35分子

#7: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-GTA / P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE / 7-METHYL-GPPPA


分子量: 787.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N10O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human snRNA export complex comprising CBC-PHAX-CRM1-RanGTP and capped-RNA
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 40.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 202738 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00218191
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.42124647
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.5572465
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0352755
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0033129

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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