PDB-9hf7: Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hf7

タイトル

Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 3

要素

Telomeric repeat-binding factor 1

キーワード

PROTEIN BINDING / Telomere / Shelterin / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of shelterin complex assembly / negative regulation of establishment of protein localization to telomere / negative regulation of establishment of RNA localization to telomere / negative regulation of establishment of protein-containing complex localization to telomere / negative regulation of telomere maintenance via semi-conservative replication / negative regulation of telomeric D-loop disassembly / meiotic telomere clustering / telomeric D-loop disassembly / t-circle formation / shelterin complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Casale, G. / Le Bihan, Y.-V. / van Montfort, R.L.M. / Guettler, S.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Discovery of first-in-class inhibitors of the TRF1-TIN2 protein-protein interaction by fragment screening
著者: Casale, G. / Guettler, S.

履歴

登録	2024年11月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年11月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hf7.cif.gz	98.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hf7.ent.gz	74.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hf7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hf7_validation.pdf.gz	677.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hf7_full_validation.pdf.gz	679.9 KB	表示
XML形式データ	9hf7_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	9hf7_validation.cif.gz	15 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/9hf7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/9hf7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9hclC 9hcmC 9hcnC 9hcpC 9hcqC 9hcrC 9hcsC 9hctC 9hcuC 9hcvC 9hcwC 9hcxC 9hcyC 9hczC 9hd0C 9hd1C 9hd2C 9hd3C 9hd9C 9hdaC 9hf4C 9hf6C 9hf8C 9hf9C 9hfaC 9hfbC 9hfcC 9hfdC 9hfeC 9hffC 9hfgC 9hfhC 9hfiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (4) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (5) #236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (7)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (4)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (5)
#236 - 2019年8月
サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (7)

登録構造単位

A: Telomeric repeat-binding factor 1

ヘテロ分子

26.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Telomeric repeat-binding factor 1

ヘテロ分子

A: Telomeric repeat-binding factor 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.006, 85.006, 91.285
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Telomeric repeat-binding factor 1 / NIMA-interacting protein 2 / TTAGGG repeat-binding factor 1 / Telomeric protein Pin2/TRF1 分子量: 25556.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TERF1, PIN2, TRBF1, TRF, TRF1 / プラスミド: pET His6 MBP Asn10 TEV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P54274
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-JFP / N-(4-methyl-1,3-thiazol-2-yl)propanamide 分子量: 170.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₀N₂OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.98 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 1-12 mM Mg(OAc)2, 1% PEG8000, and 10-15% glycerol, against 35 ...詳細: 150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 1-12 mM Mg(OAc)2, 1% PEG8000, and 10-15% glycerol, against 35 microliter of crystallisation solution.

結晶

マシュー密度: 3.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.98 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 1-12 mM Mg(OAc)2, 1% PEG8000, and 10-15% glycerol, against 35 ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9179 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9179 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.23→57.3 Å / Num. obs: 19057 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.147 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.156 / Χ²: 0.74 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 178311
反射シェル	解像度: 2.23→2.3 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.4 % / R_merge(I) obs: 5.052 / Num. measured all: 16244 / Num. unique obs: 1734 / CC_1/2: 0.86 / R_pim(I) all: 1.753 / R_rim(I) all: 5.354 / Χ²: 0.55 / Net I/σ(I) obs: 0.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.4 (26-JUL-2023)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.38→57.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.912 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU R Cruickshank DPI: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.241 / SU R_free Blow DPI: 0.199 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.198

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2554	974	6.2 %	RANDOM
R_work	0.2313	-	-	-
obs	0.2329	15712	99.9 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.19 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-15.007 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-15.007 Å²	0 Å²
3-	-	-	30.014 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.38 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.38→57.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1546	0	29	54	1629

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.007	1654	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.81	2231	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		579	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		283	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		1654	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.12
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	15.89
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		224	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		7	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		1392	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.38→2.4 Å / Total num. of bins used: 49

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4185	-	9.76 %
R_work	0.3789	296	-
all	0.3827	328	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.1279	-1.9069	6.6443	6.7352	-2.8918	7.8011	0.1613	0.1818	0.3914	0.0249	-0.7701	-0.9724	-0.0675	1.1258	0.6088	-0.4916	-0.0368	0.0428	-0.2278	-0.0596	-0.2777	-22.6625	4.9005	-14.8234
2	7.213	-5.0478	-2.369	19.2541	-5.4529	38.8684	0.9344	0.5984	-0.5055	-0.7179	-0.4549	0.9809	1.3868	-0.9519	-0.4796	-0.5359	0.0189	-0.0804	-0.4136	-0.0733	-0.2385	-33.3214	3.4629	-21.732
3	6.386	-2.4879	5.9558	7.2162	-0.4669	15.4814	0.0384	0.6311	-0.0162	-0.1153	0.2005	-0.5026	0.2148	1.127	-0.2389	-0.3704	-0.0199	0.0341	-0.3123	-0.0054	-0.3631	-30.2946	14.7802	-17.1023
4	12.4858	2.051	-8.7391	6.5314	7.1026	12.4419	0.046	-1.6095	-1.8855	1.6909	-0.9131	1.6995	2.1799	-2.3938	0.8671	0.244	-0.0366	-0.0269	0.2936	0.099	-0.0224	-47.8875	14.1886	-22.4214
5	6.6408	-0.8439	0.969	3.93	-0.8519	5.9507	-0.0569	0.0398	0.5733	-0.0189	0.036	-0.3131	-0.8956	0.3748	0.0209	-0.1902	-0.0499	0.01	-0.2943	-0.0316	-0.4239	-36.7686	24.3419	-27.7012
6	16.5849	-0.2985	3.7169	2.1201	0.3166	13.5937	-0.1479	-1.3309	0.3999	0.6436	0.0958	0.8011	0.6421	-0.9666	0.0522	-0.1528	0.1994	-0.0049	-0.167	0.0785	-0.4498	-52.9114	23.0474	-29.8833
7	10.1203	6.0843	4.0435	15.6874	2.3028	9.1937	-0.2968	-0.2832	1.0835	0.0985	-0.2202	0.0841	-2.3416	-0.8277	0.517	0.1569	0.0615	-0.0834	-0.2205	0.0666	-0.1966	-50.0424	30.7862	-37.7496
8	15.9945	-10.7708	12.1397	12.387	-8.9613	10.1147	0.5398	1.7269	1.1559	-1.0611	-1.2962	-1.1547	0.3261	1.7947	0.7564	-0.2201	0.0237	0.2049	-0.1121	0.0322	-0.4496	-29.7896	18.9983	-33.3954
9	1.6068	6.3258	3.232	15.9021	4.6927	0.8085	0.7192	1.1081	0.2539	-2.669	-0.2007	-2.4734	-1.0437	1.5637	-0.5186	-0.4702	0.1887	0.2455	0.2102	0.0677	0.0174	-12.4029	-1.0118	-24.0697

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|62 - 92}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|93 - 111}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|112 - 134}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|135 - 149}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|150 - 186}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|187 - 200}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|201 - 225}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|226 - 253}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{A\|254 - 268}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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