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- PDB-9hd7: Cryo-EM structure of photosystem II C2S2M2L2 supercomplex from th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hd7
タイトルCryo-EM structure of photosystem II C2S2M2L2 supercomplex from the green alga Chlorella ohadii
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein, ...) x 6
  • (Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein ...) x 2
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Photosystem II ...) x 14
  • Chlorophyll a-b binding protein Lhcbm-I
  • Chloroplast PsbY
  • Chloroplast photosystem II 10 kDa protein
  • PSII 6.1 kDa protein
  • PWWP domain-containing protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / supercomplex / photosynthesis / chlorophyll / algae
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast thylakoid / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / photosynthesis, light harvesting / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / eukaryotic 48S preinitiation complex / transcription factor TFIIA complex ...chloroplast thylakoid / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / photosynthesis, light harvesting / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / eukaryotic 48S preinitiation complex / transcription factor TFIIA complex / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / photosystem I / photosystem II / extrinsic component of membrane / response to herbicide / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / phosphate ion binding / photosynthesis, light reaction / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / translation initiation factor activity / cell redox homeostasis / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ribosome binding / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / calcium ion binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbR / Photosystem II PsbY, plant / Photosystem II 10 kDa polypeptide PsbR / PsbP, C-terminal / : / PsbP / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Oxygen-evolving enhancer protein 3 ...Photosystem II PsbR / Photosystem II PsbY, plant / Photosystem II 10 kDa polypeptide PsbR / PsbP, C-terminal / : / PsbP / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 / PsbQ-like domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / IF2a, S1-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, beta-barrel / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE ...1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / ALPHA-LINOLENIC ACID / Chem-LUT / Chem-NEX / CA-MN4-O5 CLUSTER / PALMITOLEIC ACID / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Chem-SQD / STEARIC ACID / Chem-XAT / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Chloroplast photosystem II 10 kDa protein / Photosystem II reaction center protein M / Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 3 / Photosystem II reaction center protein I / Chloroplast PsbY / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSII 6.1 kDa protein / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Uncharacterized protein / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PWWP domain-containing protein / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein K / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II protein D1 / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein Z / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II D2 protein / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II CP47 reaction center protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorella ohadii (植物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Kopecny, D. / Kouril, R. / Ardhad, R. / Skalidis, I. / Kastritis, P.
資金援助 チェコ, ドイツ, European Union, 6件
組織認可番号国
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicCZ.02.01.01/00/22_008/0004624 チェコ
Czech Science Foundation23-07744S チェコ
Other governmentMZE-RO0423
German Research Foundation (DFG)391498659 (RTG 2467); SFB 1664 (TP D1) ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research03Z22HN23; 03Z22HI2; 03COV04 ドイツ
European Regional Development FundZS/2016/04/78115European Union
引用ジャーナル: Nature Communications / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of photosystem II supercomplex from Chlorella ohadii, a green microalga with extreme phototolerance
著者: Arshad, R. / Skalidis, I. / Kopecny, D. / Brabencova, S. / Opatikova, M. / Ilik, P. / Pospisil, P. / Hamdi, F. / Zeljkovic, S.C. / Kopecna, M. / Roudnicky, P. / Lazar, D. / Elias, E. / Croce, ...著者: Arshad, R. / Skalidis, I. / Kopecny, D. / Brabencova, S. / Opatikova, M. / Ilik, P. / Pospisil, P. / Hamdi, F. / Zeljkovic, S.C. / Kopecna, M. / Roudnicky, P. / Lazar, D. / Elias, E. / Croce, R. / Kastritis, P. / Kouril, R.
履歴
登録2024年11月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Chlorophyll a-b binding protein Lhcbm-I
2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
4: Chlorophyll a-b binding protein Lhcbm-I
5: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
6: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
7: Chloroplast photosystem II 10 kDa protein
8: Chloroplast photosystem II 10 kDa protein
11: Chlorophyll a-b binding protein Lhcbm-I
12: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
13: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
14: Chlorophyll a-b binding protein Lhcbm-I
15: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
16: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
A: Photosystem II protein D1
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
G: Chlorophyll a-b binding protein Lhcbm-I
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
J: Photosystem II reaction center protein J
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M
N: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
O: Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 1b (PsbO)
P: PWWP domain-containing protein
Q: Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 3
R: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
S: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
T: Photosystem II reaction center protein T
U: Chloroplast PsbY
V: Photosystem II reaction center protein Psb30
W: PSII 6.1 kDa protein
X: Photosystem II reaction center protein X (PsbX)
Y: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Z: Photosystem II reaction center protein Z
a: Photosystem II protein D1
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
c: Photosystem II CP43 reaction center protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
g: Chlorophyll a-b binding protein Lhcbm-I
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
j: Photosystem II reaction center protein J
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II reaction center protein M
n: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
o: Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 1b (PsbO)
p: PWWP domain-containing protein
q: Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 3
r: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
s: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
t: Photosystem II reaction center protein T
u: Chloroplast PsbY
v: Photosystem II reaction center protein Psb30
w: PSII 6.1 kDa protein
x: Photosystem II reaction center protein X (PsbX)
y: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
z: Photosystem II reaction center protein Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,098,239678
ポリマ－1,614,69866
非ポリマー483,541612
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
タンパク質 , 5種, 14分子 141114Gg78PpUuWw

#1: タンパク質
Chlorophyll a-b binding protein Lhcbm-I / Chlorophyll a-b binding protein Lhcbm-I


分子量: 26744.256 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GenBank accession XHY80384 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物)
#4: タンパク質 Chloroplast photosystem II 10 kDa protein


分子量: 14953.089 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A5P4NAS4
#19: タンパク質 PWWP domain-containing protein


分子量: 94779.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt A0AAD5H4X0 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0AAD5H4X0
#24: タンパク質 Chloroplast PsbY


分子量: 36784.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Uniprot accession A0A5P4NEE0 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A5P4NEE0
#26: タンパク質 PSII 6.1 kDa protein


分子量: 49141.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt A0AAD5DZE4 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0AAD5DZE4

-
Chlorophyll a-b binding protein, ... , 6種, 16分子 251215Nn361316RrSsYy

#2: タンパク質
Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein Lhcbm-II


分子量: 26604.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0AAD5DLH1
#3: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein Lhcbm-IV


分子量: 27506.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt accession A0AAD5DXI2 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0AAD5DXI2
#5: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein Lhcbm-V


分子量: 26169.717 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0AAD5H446
#21: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 31706.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt A0AAD5E2W2 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0AAD5E2W2
#22: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 30853.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GenBank accession XJP35395 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物)
#28: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein Lhcbm-III


分子量: 27530.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt accession A0AAD5DNU0 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0AAD5DNU0

-
Photosystem II ... , 14種, 28分子 AaBbCcDdHhIiJjKkLlMmTtVvXxZz

#6: タンパク質 Photosystem II protein D1 / PSII D1 protein / Photosystem II Q(B) protein


分子量: 39040.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: W8SIR2, photosystem II
#7: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47


分子量: 56199.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: W8TIK4
#8: タンパク質 Photosystem II CP43 reaction center protein / PSII 43 kDa protein / Protein CP-43


分子量: 52106.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GenBank accession AII02053 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A076EAP1
#9: タンパク質 Photosystem II D2 protein / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein


分子量: 39534.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: W8SYD4, photosystem II
#12: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / PSII-H


分子量: 8575.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: W8SIT0
#13: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / PSII-I / PSII 4.8 kDa protein


分子量: 4386.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt acession A0A5P4ND48 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A5P4ND48
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein J / PSII-J


分子量: 4246.948 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt accession W8TIH6 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: W8TIH6
#15: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K / PSII-K


分子量: 4681.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt A0A076EAP2 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: P56348
#16: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / PSII-L


分子量: 4391.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Uniprot W8SKK5 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: P56339
#17: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein M / PSII-M


分子量: 3751.495 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt A0A5P4NAV9 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A5P4NAV9
#23: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / PSII-T


分子量: 3605.399 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt W8SY98 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: P56327
#25: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein Ycf12


分子量: 3450.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt A0A076EAR3 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A076EAR3
#27: タンパク質 Photosystem II reaction center protein X (PsbX)


分子量: 9831.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt A0AAD5H2N2 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0AAD5H2N2
#29: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z


分子量: 6727.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt accession W8SKL0 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: W8SKL0

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#10: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 9449.626 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: W8SU91
#11: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI


分子量: 4722.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: W8SIQ3

-
Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein ... , 2種, 4分子 OoQq

#18: タンパク質 Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 1b (PsbO)


分子量: 31559.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GenBank accession XHY80383 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物)
#20: タンパク質 Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 3


分子量: 21618.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt A0A5P4NB29 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A5P4NB29

-
糖 , 1種, 8分子

#46: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 20種, 604分子

#30: 化合物...
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#31: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#32: 化合物...
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE


分子量: 722.970 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#33: 化合物...
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#34: 化合物...
ChemComp-NEX / (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL / (3S,5R,6R,3'S,5'R,6'S)-5',6'-EPOXY-6,7-DIDEHYDRO- 5,6,5',6'-TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,5,3'-TRIOL / 9'-CIS-NEOXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#35: 化合物
ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#36: 化合物
ChemComp-3PH / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / PHOSPHATIDIC ACID


分子量: 704.998 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H77O8P
#37: 化合物 ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O5
#38: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#39: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE


分子量: 536.873 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#40: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL


分子量: 795.116 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#41: 化合物...
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#42: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#43: 化合物...
ChemComp-LNL / ALPHA-LINOLENIC ACID


分子量: 278.430 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H30O2
#44: 化合物 ChemComp-STE / STEARIC ACID


分子量: 284.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H36O2
#45: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#47: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#48: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3
#49: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#50: 化合物 ChemComp-PAM / PALMITOLEIC ACID


分子量: 254.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H30O2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Photosystem II supercomplex C2S2M2L2COMPLEX#1-#290NATURAL
2Photosystem II core complex (C2)COMPLEX#4, #6-#20, #23-#27, #291NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Chlorella ohadii (植物)2649997
32Chlorella ohadii (植物)2649997
緩衝液pH: 6.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
125 mMMES1
21 MBetaine1
30.008 %n-Decyl-alpha-D-maltopyranoside1
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: C2S2M2L2 PSII-supercomplex purified by the sucrose density gradient.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 279 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 90 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Scipion3粒子像選択
2Xmipp3粒子像選択
3EPU3.3画像取得
5CTFFIND4.1CTF補正
8Coot0.9.8モデルフィッティング
10PHENIX1.21.2_5419モデル精密化
11cryoSPARC4.3.1.初期オイラー角割当
12cryoSPARC4.3.1.最終オイラー角割当
13RELION3.1分類
14cryoSPARC4.3.1.３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 225372 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDAccession code詳細Initial refinement model-ID
17OUI

7oui

7OUIArabidopsis PSII supercomplex C2S2M21
28C29

8c29

8C29Spruce PSII supercomplex C2S22
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003118340
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.535165925
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.35431610
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.06215008
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00618608

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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