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万見
- PDB-9hcj: D. discoideum nuclear pore complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hcj
タイトルD. discoideum nuclear pore complex
要素
  • (Nuclear pore ...) x 8
  • (Nup205) x 2
  • ELYS-like domain-containing protein
  • NDC1
  • Nucleoporin 133
  • Nucleoporin 155
  • Nucleoporin 210
  • Nup160
  • Nup188
  • Nup35
  • Nup58
  • Nup88
  • Protein SEC13 homolog
  • RanBP2-type zinc finger
  • Seh1
  • WD40 repeat-containing protein
  • WD40-like domain-containing protein
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Nuclear pore complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-heme linkage / COPII-mediated vesicle transport / Amino acids regulate mTORC1 / protein kinase 5 complex / nuclear pore transmembrane ring / bacteriocin transport / mRNA cleavage factor complex / Seh1-associated complex / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding ...protein-heme linkage / COPII-mediated vesicle transport / Amino acids regulate mTORC1 / protein kinase 5 complex / nuclear pore transmembrane ring / bacteriocin transport / mRNA cleavage factor complex / Seh1-associated complex / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / protein localization to nuclear inner membrane / nuclear pore inner ring / toxin transmembrane transporter activity / nuclear pore central transport channel / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore outer ring / nuclear pore complex assembly / telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore organization / cytochrome complex assembly / COPII vesicle coat / nuclear pore cytoplasmic filaments / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / NLS-bearing protein import into nucleus / structural constituent of nuclear pore / nuclear localization sequence binding / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / mRNA 3'-end processing / RNA export from nucleus / nucleocytoplasmic transport / poly(A)+ mRNA export from nucleus / termination of RNA polymerase II transcription / RNA polymerase II complex binding / ribosomal large subunit export from nucleus / positive regulation of TOR signaling / mRNA transport / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / nuclear pore / mRNA export from nucleus / ribosomal small subunit export from nucleus / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to amino acid starvation / phospholipid binding / protein import into nucleus / spindle pole / protein transport / microtubule binding / nuclear membrane / oxidoreductase activity / lysosomal membrane / mRNA binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / RNA binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Nuclear pore membrane glycoprotein 210-like / : / : / : / : / : / NUP210 Ig-like domain 15 / NUP210 Ig-like domain 7 / NUP210 Ig-like domain 3 ...: / Nuclear pore membrane glycoprotein 210-like / : / : / : / : / : / NUP210 Ig-like domain 15 / NUP210 Ig-like domain 7 / NUP210 Ig-like domain 3 / NUP210 Ig-like domain 1 / NUP210 Ig-like domain 2 / CcmE/CycJ protein / CcmE-like superfamily / Aladin / CcmE domain / Tol-Pal system, TolA / Protein PCF11-like / Cyclin-dependent kinase 5 activator / Nucleoporin Nup88 / Nuclear pore component / Nucleoporin NUP88/NUP82 / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 3 / Nucleoporin Nup54/Nup57/Nup44 / Nucleoporin Nup54, alpha-helical domain / Nucleoporin complex subunit 54 / Nucleoporin, NSP1-like, C-terminal / Nucleoporin NSP1/NUP62 / Nsp1-like C-terminal region / Nucleoporin Nup85-like / Nucleoporin Nup120/160 / Nup85 Nucleoporin / Nuclear pore protein 84/107 / Nuclear pore protein 84 / 107 / Nuclear pore complex protein Nup133-like / Nucleoporin, Nup155-like / Nucleoporin Nup186/Nup192/Nup205 / Nuclear pore complex scaffold, nucleoporins 186/192/205 / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, C-terminal / Non-repetitive/WGA-negative nucleoporin C-terminal / Nucleoporin interacting component Nup93/Nic96 / Nup93/Nic96 / Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, N-terminal / Nup133 N terminal like / Sec13/Seh1 family / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Nucleoporin peptidase S59-like / Nup98-96 autopeptidase S59 / NUP C-terminal domain profile. / Bacterial Ig-like domain 2 / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Prismane-like superfamily / Bacterial Ig-like domain, group 2 / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / : / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / G-protein beta WD-40 repeat / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
RanBP2-type zinc finger / Protein SEC13 homolog / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 / Nucleoporin 155 / WD40-like domain-containing protein / Uncharacterized protein / Nucleoporin 210 / Nucleoporin 133 / Nuclear pore complex protein / Nuclear pore complex protein nup85 ...RanBP2-type zinc finger / Protein SEC13 homolog / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 / Nucleoporin 155 / WD40-like domain-containing protein / Uncharacterized protein / Nucleoporin 210 / Nucleoporin 133 / Nuclear pore complex protein / Nuclear pore complex protein nup85 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Nuclear pore complex protein nup43 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Nuclear pore complex protein nup54 / Uncharacterized protein / ELYS-like domain-containing protein / Nuclear pore protein / WD40 repeat-containing protein / Nuclear pore protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 30 Å
データ登録者Obarska-Kosinska, A. / Hoffmann, P.C. / Beck, M.
資金援助European Union, ドイツ, 4件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)101054823European Union
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)CRC 1507, Project 17 ドイツ
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 33-2021European Union
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2025
タイトル: Nuclear pore permeability and fluid flow are modulated by its dilation state.
著者: Patrick C Hoffmann / Hyuntae Kim / Agnieszka Obarska-Kosinska / Jan Philipp Kreysing / Eli Andino-Frydman / Sergio Cruz-León / Erica Margiotta / Lenka Cernikova / Jan Kosinski / Beata ...著者: Patrick C Hoffmann / Hyuntae Kim / Agnieszka Obarska-Kosinska / Jan Philipp Kreysing / Eli Andino-Frydman / Sergio Cruz-León / Erica Margiotta / Lenka Cernikova / Jan Kosinski / Beata Turoňová / Gerhard Hummer / Martin Beck /
要旨: Changing environmental conditions necessitate rapid adaptation of cytoplasmic and nuclear volumes. We use the slime mold Dictyostelium discoideum, known for its ability to tolerate extreme changes in ...Changing environmental conditions necessitate rapid adaptation of cytoplasmic and nuclear volumes. We use the slime mold Dictyostelium discoideum, known for its ability to tolerate extreme changes in osmolarity, to assess which role nuclear pore complexes (NPCs) play in achieving nuclear volume adaptation and relieving mechanical stress. We capitalize on the unique properties of D. discoideum to quantify fluid flow across NPCs. D. discoideum has an elaborate NPC structure in situ. Its dilation state affects NPC permeability for nucleocytosolic flow. Based on mathematical concepts adapted from hydrodynamics, we conceptualize this phenomenon as porous flow across NPCs, which is distinct from canonically characterized modes of nucleocytoplasmic transport because of its dependence on pressure. Viral NPC blockage decreased nucleocytosolic flow. Our results may be relevant for any biological conditions that entail rapid nuclear size adaptation, including metastasizing cancer cells, migrating cells, or differentiating tissues.
履歴
登録2024年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22025年2月19日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
00: RanBP2-type zinc finger
01: RanBP2-type zinc finger
10: Nucleoporin 210
11: Nucleoporin 210
12: Nucleoporin 210
13: Nucleoporin 210
14: Nucleoporin 210
15: Nucleoporin 210
16: Nucleoporin 210
17: Nucleoporin 210
40: WD40 repeat-containing protein
41: WD40 repeat-containing protein
A0: Nuclear pore protein
A1: Nuclear pore protein
A2: Nuclear pore protein
A3: Nuclear pore protein
A4: Nuclear pore protein
A5: Nuclear pore protein
B0: Nup188
B1: Nup188
C0: Nup205
C1: Nup205
C2: Nup205
C3: Nup205
D0: Nucleoporin 155
D1: Nucleoporin 155
D2: Nucleoporin 155
D3: Nucleoporin 155
E0: NDC1
E1: NDC1
F0: Nup35
F1: Nup35
F2: Nup35
F3: Nup35
H0: Nuclear pore complex protein nup54
H1: Nuclear pore complex protein nup54
H2: Nuclear pore complex protein nup54
H3: Nuclear pore complex protein nup54
I0: Nup58
I1: Nup58
I2: Nup58
I3: Nup58
J0: Nuclear pore protein
J1: Nuclear pore protein
J2: Nuclear pore protein
J3: Nuclear pore protein
J4: Nuclear pore protein
J5: Nuclear pore protein
K0: Nucleoporin 133
K1: Nucleoporin 133
K2: Nucleoporin 133
K3: Nucleoporin 133
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L1: Nuclear pore complex protein
L2: Nuclear pore complex protein
L3: Nuclear pore complex protein
M0: Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
M1: Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
M2: Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
M3: Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
N0: Protein SEC13 homolog
N1: Protein SEC13 homolog
N2: Protein SEC13 homolog
N3: Protein SEC13 homolog
O0: Seh1
O1: Seh1
O2: Seh1
O3: Seh1
P0: Nuclear pore complex protein nup85
P1: Nuclear pore complex protein nup85
P2: Nuclear pore complex protein nup85
P3: Nuclear pore complex protein nup85
Q0: Nuclear pore complex protein nup43
Q1: Nuclear pore complex protein nup43
Q2: Nuclear pore complex protein nup43
Q3: Nuclear pore complex protein nup43
R0: Nup160
R1: Nup160
R2: Nup160
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T0: ELYS-like domain-containing protein
T1: ELYS-like domain-containing protein
T2: ELYS-like domain-containing protein
T3: ELYS-like domain-containing protein
U0: Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
U1: Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
U2: Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
U3: Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
V0: WD40-like domain-containing protein
V1: WD40-like domain-containing protein
W0: Nup88
W1: Nup88
X0: Nup205
X1: Nup205
X2: Nup205
X3: Nup205


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,895,81296
ポリマ－11,895,81296
非ポリマー00
水00
1
00: RanBP2-type zinc finger
01: RanBP2-type zinc finger
10: Nucleoporin 210
11: Nucleoporin 210
12: Nucleoporin 210
13: Nucleoporin 210
14: Nucleoporin 210
15: Nucleoporin 210
16: Nucleoporin 210
17: Nucleoporin 210
40: WD40 repeat-containing protein
41: WD40 repeat-containing protein
A0: Nuclear pore protein
A1: Nuclear pore protein
A2: Nuclear pore protein
A3: Nuclear pore protein
A4: Nuclear pore protein
A5: Nuclear pore protein
B0: Nup188
B1: Nup188
C0: Nup205
C1: Nup205
C2: Nup205
C3: Nup205
D0: Nucleoporin 155
D1: Nucleoporin 155
D2: Nucleoporin 155
D3: Nucleoporin 155
E0: NDC1
E1: NDC1
F0: Nup35
F1: Nup35
F2: Nup35
F3: Nup35
H0: Nuclear pore complex protein nup54
H1: Nuclear pore complex protein nup54
H2: Nuclear pore complex protein nup54
H3: Nuclear pore complex protein nup54
I0: Nup58
I1: Nup58
I2: Nup58
I3: Nup58
J0: Nuclear pore protein
J1: Nuclear pore protein
J2: Nuclear pore protein
J3: Nuclear pore protein
J4: Nuclear pore protein
J5: Nuclear pore protein
K0: Nucleoporin 133
K1: Nucleoporin 133
K2: Nucleoporin 133
K3: Nucleoporin 133
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L1: Nuclear pore complex protein
L2: Nuclear pore complex protein
L3: Nuclear pore complex protein
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M1: Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
M2: Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
M3: Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
N0: Protein SEC13 homolog
N1: Protein SEC13 homolog
N2: Protein SEC13 homolog
N3: Protein SEC13 homolog
O0: Seh1
O1: Seh1
O2: Seh1
O3: Seh1
P0: Nuclear pore complex protein nup85
P1: Nuclear pore complex protein nup85
P2: Nuclear pore complex protein nup85
P3: Nuclear pore complex protein nup85
Q0: Nuclear pore complex protein nup43
Q1: Nuclear pore complex protein nup43
Q2: Nuclear pore complex protein nup43
Q3: Nuclear pore complex protein nup43
R0: Nup160
R1: Nup160
R2: Nup160
R3: Nup160
T0: ELYS-like domain-containing protein
T1: ELYS-like domain-containing protein
T2: ELYS-like domain-containing protein
T3: ELYS-like domain-containing protein
U0: Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
U1: Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
U2: Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
U3: Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
V0: WD40-like domain-containing protein
V1: WD40-like domain-containing protein
W0: Nup88
W1: Nup88
X0: Nup205
X1: Nup205
X2: Nup205
X3: Nup205
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,166,497768
ポリマ－95,166,497768
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation7

-
要素

-
タンパク質 , 17種, 60分子 000110111213141516174041B0B1C0C1C2C3D0D1D2D3E0E1F0F1F2F3I0I1...

#1: タンパク質 RanBP2-type zinc finger


分子量: 392613.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: C7FZW3
#2: タンパク質
Nucleoporin 210


分子量: 212799.828 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q54IS9
#3: タンパク質 WD40 repeat-containing protein


分子量: 54003.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q7KWY3
#5: タンパク質 Nup188


分子量: 249094.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q54HL2
#6: タンパク質
Nup205


分子量: 218896.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q556V5
#7: タンパク質
Nucleoporin 155


分子量: 181416.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q54F20
#8: タンパク質 NDC1


分子量: 78487.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q550C4
#9: タンパク質
Nup35


分子量: 11130.760 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
#11: タンパク質
Nup58


分子量: 60271.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q54XC5
#13: タンパク質
Nucleoporin 133


分子量: 137969.703 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q54KA3
#16: タンパク質
Protein SEC13 homolog / GATOR complex protein SEC13


分子量: 33637.738 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q54DS8
#17: タンパク質
Seh1


分子量: 50160.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q86K39
#20: タンパク質
Nup160


分子量: 208171.969 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q55DW5
#21: タンパク質
ELYS-like domain-containing protein


分子量: 257926.500 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q55DZ3
#23: タンパク質 WD40-like domain-containing protein


分子量: 185653.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q54H52
#24: タンパク質 Nup88


分子量: 111075.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q54XC9
#25: タンパク質
Nup205


分子量: 47082.277 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q556V6

-
Nuclear pore ... , 8種, 36分子 A0A1A2A3A4A5H0H1H2H3J0J1J2J3J4J5L0L1L2L3M0M1M2M3P0P1P2P3Q0Q1...

#4: タンパク質
Nuclear pore protein


分子量: 113070.203 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q55GW5
#10: タンパク質
Nuclear pore complex protein nup54 / Nucleoporin nup54


分子量: 48239.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q55BX5
#12: タンパク質
Nuclear pore protein


分子量: 69129.422 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q86IX4
#14: タンパク質
Nuclear pore complex protein


分子量: 114744.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q54N06
#15: タンパク質
Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96


分子量: 102656.422 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q54EQ8
#18: タンパク質
Nuclear pore complex protein nup85 / Nucleoporin nup85


分子量: 102040.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q54NA0
#19: タンパク質
Nuclear pore complex protein nup43 / Nucleoporin nup43


分子量: 47162.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q54Z22
#22: タンパク質
Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96


分子量: 118083.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q54EQ8

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

-
試料調製

構成要素名称: Nuclear pore complex / タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2500 nm
撮影電子線照射量: 2.3 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 130 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C8 (8回回転対称)
3次元再構成解像度: 30 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 4921 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 310 / Num. of volumes extracted: 5960

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万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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