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- PDB-9hc0: Dark structure of the human metabotropic glutamate receptor 5 tra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hc0
タイトルDark structure of the human metabotropic glutamate receptor 5 transmembrane domain bound to photoswitchable ligand alloswitch-1
要素Metabotropic glutamate receptor 5,Endolysin
キーワードSIGNALING PROTEIN / G protein-coupled receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


A2A adenosine receptor binding / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) ...A2A adenosine receptor binding / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / Neurexins and neuroligins / protein tyrosine kinase activator activity / viral release from host cell by cytolysis / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / peptidoglycan catabolic process / positive regulation of calcium-mediated signaling / dendritic shaft / protein tyrosine kinase binding / learning / locomotory behavior / synapse organization / postsynaptic density membrane / G protein-coupled receptor activity / Schaffer collateral - CA1 synapse / cognition / cellular response to amyloid-beta / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / dendritic spine / host cell cytoplasm / learning or memory / positive regulation of MAPK cascade / defense response to bacterium / neuronal cell body / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 5 / Metabotropic glutamate receptor, Homer-binding domain / Homer-binding domain of metabotropic glutamate receptor / GluR_Homer-bdg / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 5 / Metabotropic glutamate receptor, Homer-binding domain / Homer-binding domain of metabotropic glutamate receptor / GluR_Homer-bdg / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4YI / OLEIC ACID / Endolysin / Metabotropic glutamate receptor 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Kondo, Y. / Hatton, C. / Cheng, R. / Trabuco, M. / Glover, H. / Bertrand, Q. / Stierli, F. / Seidel, H.P. / Mason, T. / Sarma, S. ...Kondo, Y. / Hatton, C. / Cheng, R. / Trabuco, M. / Glover, H. / Bertrand, Q. / Stierli, F. / Seidel, H.P. / Mason, T. / Sarma, S. / Tellkamp, F. / Kepa, M. / Dworkowski, F. / Mehrabi, P. / Hennig, M. / Standfuss, J.
資金援助European Union, スイス, ドイツ, 4件
組織認可番号国
Innosuisse42711.1 IP-LSEuropean Union
Swiss National Science FoundationCRSII5_213507 スイス
Swiss National Science Foundation310030_207462 スイス
German Research Foundation (DFG)451079909 ドイツ
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2025
タイトル: Apo-state structure of the metabotropic glutamate receptor 5 transmembrane domain obtained using a photoswitchable ligand.
著者: Kondo, Y. / Hatton, C. / Cheng, R. / Trabuco, M. / Glover, H. / Bertrand, Q. / Stierli, F. / Seidel, H.P. / Mason, T. / Sarma, S. / Tellkamp, F. / Kepa, M. / Dworkowski, F. / Mehrabi, P. / ...著者: Kondo, Y. / Hatton, C. / Cheng, R. / Trabuco, M. / Glover, H. / Bertrand, Q. / Stierli, F. / Seidel, H.P. / Mason, T. / Sarma, S. / Tellkamp, F. / Kepa, M. / Dworkowski, F. / Mehrabi, P. / Hennig, M. / Standfuss, J.
履歴
登録2024年11月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metabotropic glutamate receptor 5,Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6967
ポリマ－49,9171
非ポリマー1,7796
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)143.221, 43.363, 82.642
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.860, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Metabotropic glutamate receptor 5,Endolysin / mGluR5 / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 49916.641 Da / 分子数: 1 / 変異: E579A,N667Y,I669A,G675M,T742A,S753A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: metabotropic glutamate receptor 5 with T4 lysozyme insertion and thermostabilising mutations E579A, N667Y, I669A, G675M, T742A, S753A
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: GRM5, GPRC1E, MGLUR5, E / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P41594, UniProt: P00720, lysozyme
#2: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#3: 化合物 ChemComp-4YI / 2-chloranyl-~{N}-[2-methoxy-4-[(~{E})-pyridin-2-yldiazenyl]phenyl]benzamide


分子量: 366.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H15ClN4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.2
詳細: PEG300, di-ammonium hydrogen phosphate, 1,6-hexanediol, BIS-TRIS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→49.31 Å / Num. obs: 14590 / % possible obs: 67.1 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 49.81 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.33→2.58 Å / Rmerge(I) obs: 0.907 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 128 / CC1/2: 0.618

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.33→49.31 Å / SU ML: 0.3313 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.1061
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2711 1460 10.01 %
Rwork0.229 13130 -
obs0.2332 14590 67.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→49.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3238 0 126 22 3386
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00333443
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59484639
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0406531
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006578
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1031309
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.33-2.410.3108120.2967116X-RAY DIFFRACTION5.91
2.41-2.510.3813300.3013258X-RAY DIFFRACTION13.72
2.51-2.630.3579570.3026514X-RAY DIFFRACTION26.53
2.63-2.760.3169930.3077841X-RAY DIFFRACTION42.88
2.76-2.940.33571820.30431629X-RAY DIFFRACTION84.23
2.94-3.160.31752120.30281922X-RAY DIFFRACTION99.53
3.16-3.480.29432170.24251939X-RAY DIFFRACTION99.13
3.48-3.990.28742150.22181944X-RAY DIFFRACTION98.32
3.99-5.020.23192150.2021939X-RAY DIFFRACTION98.4
5.02-49.310.24662270.20032028X-RAY DIFFRACTION99.03

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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