PDB-9hav: F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase from Thermomicro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hav

タイトル

F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase from Thermomicrobium roseus with glucose

要素

Luciferase family protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / glucose / dehydrogenase / F420

機能・相同性

F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase-related / : / Luciferase-like domain / Luciferase-like monooxygenase / Luciferase-like domain superfamily / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / beta-D-glucopyranose / Luciferase family protein

機能・相同性情報

生物種

Thermomicrobium roseum DSM 5159 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Palm, G.J. / Berndt, L. / Lammers, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Discovery of a coenzyme F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase from Thermomicrobium roseum
著者: Last, D. / Hasan, M. / Memman, J.L. / Kroeber, T.D.U. / Palm, G.J. / Lammers, M. / Lackner, G.

履歴

登録	2024年11月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hav.cif.gz	1.8 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hav.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hav.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hav_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hav_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	9hav_validation.xml.gz	86.2 KB	表示
CIF形式データ	9hav_validation.cif.gz	115.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/9hav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/9hav	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9hawC 9haxC 9hayC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (3) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Luciferase family protein

B: Luciferase family protein

C: Luciferase family protein

F: Luciferase family protein

E: Luciferase family protein

D: Luciferase family protein

ヘテロ分子

255 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, point group 32 (Hermann-Mauguin)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.767, 154.89, 173.459
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	2 - 335	35 - 368
2	1	1	ALA	ALA	2 - 335	35 - 368
3	2	2	ALA	ALA	1 - 335	34 - 368
4	2	2	ALA	ALA	1 - 335	34 - 368
5	3	3	ALA	ALA	1 - 335	34 - 368
6	3	3	ALA	ALA	1 - 335	34 - 368
7	4	4	ALA	ALA	1 - 335	34 - 368
8	4	4	ALA	ALA	1 - 335	34 - 368
9	5	5	ALA	ALA	1 - 335	34 - 368
10	5	5	ALA	ALA	1 - 335	34 - 368
11	6	6	ALA	ALA	2 - 335	35 - 368
12	6	6	ALA	ALA	2 - 335	35 - 368
13	7	7	ALA	ALA	2 - 335	35 - 368
14	7	7	ALA	ALA	2 - 335	35 - 368
15	8	8	ALA	ALA	2 - 335	35 - 368
16	8	8	ALA	ALA	2 - 335	35 - 368
17	9	9	ALA	ALA	2 - 335	35 - 368
18	9	9	ALA	ALA	2 - 335	35 - 368
19	10	10	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
20	10	10	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
21	11	11	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
22	11	11	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
23	12	12	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
24	12	12	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
25	13	13	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
26	13	13	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
27	14	14	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
28	14	14	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
29	15	15	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369
30	15	15	GLN	GLN	1 - 336	34 - 369

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30

#1: タンパク質

Luciferase family protein / F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase

分子量: 42305.039 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase
由来: (組換発現)

Thermomicrobium roseum DSM 5159 (バクテリア)
株: DSM 5159 / 遺伝子: trd_A0676 / プラスミド: pTK005 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B9L4G2

#2: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-NA / SODIUM ION

分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 618 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Crystallization: 16% PEG4000, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M NaOAc (Jena Bioscience screen 2, B2), Cryocondition: 15% PEG4000, 10% PEG400, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M NaOAc

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月29日
放射	モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.22→50 Å / Num. obs: 117277 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 54.2 Å² / R_sym value: 0.107 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 2.22→2.35 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 18580 / R_sym value: 1.737 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS	Jan 31, 2020	データ削減
XDS	Jan 31, 2020	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.22→48.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 15.596 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.184 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2102	5879	5.013 %
R_work	0.1777	111398	-
all	0.179	-	-
obs	-	117277	99.825 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.487 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.882 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.844 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.727 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.22→48.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16011	0	76	618	16705

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	16602
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	15446
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.601	1.831	22563
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.536	1.754	35474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.5	5	2021
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.173	5	157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.659	10	2593
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.059	10	812
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	2347
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	20214
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4126
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	3230
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	14110
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	7871
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	8419
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	691
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.121	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.296	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.271	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.297	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.562	2.977	8087
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.562	2.977	8087
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.633	5.346	10107
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.633	5.347	10108
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.339	3.265	8515
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.339	3.265	8516
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.988	5.857	12456
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.987	5.857	12457
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.239	29.051	18100
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.228	28.897	17996
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.04	0.05	11516
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.049	0.05	11474
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.048	0.05	11455
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.049	0.05	11472
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.048	0.05	11495
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.046	0.05	11338
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.044	0.05	11321
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.044	0.05	11357
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.043	0.05	11363
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.045	0.05	11499
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.05	0.05	11446
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.048	0.05	11470
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.045	0.05	11343
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.043	0.05	11372
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.043	0.05	11417

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04013	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04013	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0492	0.0501
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0492	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04756	0.0501
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04756	0.0501
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04869	0.0501
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04869	0.0501
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04815	0.0501
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04815	0.0501
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04603	0.0501
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04603	0.0501
7	13	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04388	0.0501
7	14	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04388	0.0501
8	15	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04362	0.0501
8	16	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04362	0.0501
9	17	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04264	0.0501
9	18	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04264	0.0501
10	19	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04471	0.0501
10	20	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04471	0.0501
11	21	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04966	0.0501
11	22	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04966	0.0501
12	23	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04842	0.0501
12	24	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04842	0.0501
13	25	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04535	0.0501
13	26	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04535	0.0501
14	27	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04326	0.0501
14	28	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04326	0.0501
15	29	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04347	0.0501
15	30	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04347	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.22-2.276	0.354	427	0.381	7997	X-RAY DIFFRACTION	97.9991
2.276-2.338	0.35	384	0.331	7948	X-RAY DIFFRACTION	100
2.338-2.406	0.34	412	0.312	7744	X-RAY DIFFRACTION	99.9877
2.406-2.48	0.316	426	0.283	7458	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.561	0.283	361	0.248	7319	X-RAY DIFFRACTION	100
2.561-2.65	0.274	390	0.242	7054	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.75	0.264	349	0.216	6835	X-RAY DIFFRACTION	99.9861
2.75-2.862	0.24	354	0.198	6541	X-RAY DIFFRACTION	99.971
2.862-2.989	0.224	364	0.192	6285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.989-3.134	0.23	333	0.187	6036	X-RAY DIFFRACTION	99.9843
3.134-3.303	0.212	303	0.188	5741	X-RAY DIFFRACTION	99.9669
3.303-3.502	0.218	279	0.193	5461	X-RAY DIFFRACTION	99.9826
3.502-3.743	0.223	273	0.183	5132	X-RAY DIFFRACTION	100
3.743-4.04	0.172	254	0.149	4820	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-4.423	0.165	228	0.122	4445	X-RAY DIFFRACTION	100
4.423-4.94	0.161	201	0.114	4039	X-RAY DIFFRACTION	100
4.94-5.694	0.167	189	0.132	3566	X-RAY DIFFRACTION	100
5.694-6.95	0.171	144	0.135	3090	X-RAY DIFFRACTION	99.9073
6.95-9.728	0.119	132	0.114	2432	X-RAY DIFFRACTION	100
9.728-48.33	0.232	76	0.198	1455	X-RAY DIFFRACTION	99.4802

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2387	-0.2164	0.5912	0.9058	-0.2864	1.459	0.0531	-0.1897	-0.1258	0.0008	0.0217	-0.024	0.0719	0.0258	-0.0748	0.0179	0.0047	0.0121	0.0464	0.0163	0.1777	16.7981	-32.3162	-12.3419
2	1.3637	-0.1747	0.3082	0.957	0.2905	1.9904	0.1745	0.4286	0.0255	-0.4426	-0.1	-0.1103	-0.1216	0.5337	-0.0745	0.2559	0.0861	0.0452	0.2549	0.0025	0.1748	20.8545	-26.5817	-45.9358
3	1.4101	-0.0722	0.4176	0.8326	0.2032	2.005	0.2093	0.0398	-0.3364	-0.3343	-0.017	0.3138	0.3199	-0.4761	-0.1923	0.45	0.1028	-0.2287	0.281	0.0372	0.3535	-21.5863	-27.8083	-56.2738
4	1.1084	-0.3253	0.2738	1.0713	0.4185	1.8953	-0.0118	-0.2238	0.3366	-0.015	0.1087	-0.1781	-0.6992	0.1159	-0.0969	0.4725	0.0578	0.0875	0.1571	-0.1084	0.3102	4.3404	8.3829	-2.324
5	1.4381	-0.4969	0.0675	1.0585	0.3039	1.0272	0.0897	-0.2518	0.0097	0.0263	-0.0871	0.4343	-0.272	-0.636	-0.0026	0.3501	0.3185	0.0621	0.5439	-0.0404	0.3902	-29.2932	3.6208	-7.3908
6	0.8865	-0.3352	0.2407	0.8849	0.0482	1.269	0.0005	0.0203	0.3112	-0.28	0.0213	0.2313	-0.5055	-0.4103	-0.0217	0.5768	0.3621	-0.1088	0.3439	0.0563	0.3991	-27.8442	5.4744	-51.026

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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