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万見
- PDB-9hap: Cryo-EM structure of inactive human arginine-vasopressin (AVP) V2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hap
タイトルCryo-EM structure of inactive human arginine-vasopressin (AVP) V2 receptor (V2R) with tolvaptan
要素
  • Synthetic antibody, anti-BRIL Fab fragment, Heavy chain
  • Synthetic antibody, anti-BRIL Fab fragment, Light chain
  • Vasopressin V2 receptor,Soluble cytochrome b562
  • anti-BRIL Fab Nanobody
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / V2R / TVP / tolvaptan
機能・相同性
機能・相同性情報


renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / hemostasis / telencephalon development / positive regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of intracellular signal transduction / endocytic vesicle ...renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / hemostasis / telencephalon development / positive regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of intracellular signal transduction / endocytic vesicle / cellular response to hormone stimulus / activation of adenylate cyclase activity / positive regulation of vasoconstriction / response to cytokine / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / electron transport chain / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / G alpha (s) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / endosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / heme binding / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Vasopressin V2 receptor / Vasopressin receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Soluble cytochrome b562 / Vasopressin V2 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bous, J. / Fouillen, A. / Couvineau, P. / Orcel, H. / Mary, C. / Mendre, C. / Schulte, G. / Granier, S. / Gilles, N. / Mouillac, B.
資金援助 フランス, European Union, 3件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-19-CE11-0014 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-22-CE44-0021 フランス
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission101063049_3D-V2REuropean Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Inactive structures of the vasopressin V2 receptor reveal distinct binding modes for Tolvaptan and Mambaquaretin toxin.
著者: Aurélien Fouillen / Julien Bous / Pierre Couvineau / Hélène Orcel / Charline Mary / Lucie Lafleur / Timothé Pierre / Christiane Mendre / Nicolas Gilles / Gunnar Schulte / Sébastien ...著者: Aurélien Fouillen / Julien Bous / Pierre Couvineau / Hélène Orcel / Charline Mary / Lucie Lafleur / Timothé Pierre / Christiane Mendre / Nicolas Gilles / Gunnar Schulte / Sébastien Granier / Bernard Mouillac /
要旨: Inhibitors of the arginine-vasopressin (AVP) V2 receptor (V2R) are key therapeutic compounds for treating hyponatremia or polycystic kidney diseases. Rational drug design based on experimental G ...Inhibitors of the arginine-vasopressin (AVP) V2 receptor (V2R) are key therapeutic compounds for treating hyponatremia or polycystic kidney diseases. Rational drug design based on experimental G protein-coupled receptor structures is a powerful avenue to develop better drugs. So far, the lack of inhibitor-bound V2R structures has impaired this strategy. Here we describe the cryo-electron microscopy structures of the V2R in complex with two selective inverse agonists, the non-peptide Tolvaptan (TVP) and the green mamba snake Mambaquaretin toxin (MQ1). Both ligands bind into the orthosteric binding site but with substantial differences. TVP binds deeper than MQ1, and directly contacts the toggle switch residue W284 in the transmembrane domain 6. The Kunitz-fold toxin displays extensive contacts with extracellular and transmembrane residues. As anticipated from TVP and MQ1 pharmacological properties, both structures represent inactive V2R conformations. Their comparison with those of the active AVP-bound V2R reveals the molecular mechanisms modulating receptor activity. The mini-protein MQ1-bound V2R structure suggests a new pharmacology approach for treating water homeostasis and renal diseases.
履歴
登録2024年11月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Synthetic antibody, anti-BRIL Fab fragment, Heavy chain
K: anti-BRIL Fab Nanobody
L: Synthetic antibody, anti-BRIL Fab fragment, Light chain
R: Vasopressin V2 receptor,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,5145
ポリマ－124,0654
非ポリマー4491
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: 抗体 Synthetic antibody, anti-BRIL Fab fragment, Heavy chain


分子量: 24539.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK-GNTI / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 anti-BRIL Fab Nanobody


分子量: 15654.138 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Synthetic antibody, anti-BRIL Fab fragment, Light chain


分子量: 23541.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: タンパク質 Vasopressin V2 receptor,Soluble cytochrome b562 / V2R / AVPR V2 / Antidiuretic hormone receptor / Renal-type arginine vasopressin receptor / Cytochrome b-562


分子量: 60330.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: AVPR2, ADHR, DIR, DIR3, V2R, cybC / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P30518, UniProt: P0ABE7
#5: 化合物 ChemComp-A1IT8 / (R)-Tolvaptan


分子量: 448.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H25ClN2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Inactive V2R-bril bound to tolvaptan stabillized with anti-BRIL Fab and anti-BRIL Fab Nanobody
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.115 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 22 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 80 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz粒子像選択
2EPU3.6画像取得
4cryoSPARC4.5.1CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9cryoSPARC4.5.1初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.5.1最終オイラー角割当
11RELION4分類
12cryoSPARC4.5.1３次元再構成
13Rosettaモデル精密化
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 171151 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化最高解像度: 2.5 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0026917
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4749419
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.4252393
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0391069
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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