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万見
- PDB-9ha7: Pooled 50S subunit C-CP_(L22)-~H61 precursor states supplemented ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ha7
タイトルPooled 50S subunit C-CP_(L22)-~H61 precursor states supplemented with Api137
要素
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 15
  • 23S ribosomal RNA
  • 50S ribosomal protein L3
  • 5S ribosomal RNA
  • Apidaecins type 22
キーワードRIBOSOME / antimicrobial peptide / RNA / ribosomal protein / PrAMP / proline-rich peptide / antibiotics / 50S / Api137
機能・相同性
機能・相同性情報


transcriptional attenuation / positive regulation of ribosome biogenesis / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / negative regulation of cytoplasmic translation / translation repressor activity / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosome assembly / cytosolic ribosome assembly ...transcriptional attenuation / positive regulation of ribosome biogenesis / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / negative regulation of cytoplasmic translation / translation repressor activity / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosome assembly / cytosolic ribosome assembly / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome binding / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / defense response to bacterium / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / innate immune response / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / extracellular region / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apidaecin / Apidaecin / Ribosomal protein L25, short-form / : / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / : / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 ...Apidaecin / Apidaecin / Ribosomal protein L25, short-form / : / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / : / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / : / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L30, conserved site / Ribosomal protein L30 signature. / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L29 signature. / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L15 signature. / Ribosomal protein L5, C-terminal / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5 domain superfamily / Ribosomal protein L13 signature. / Ribosomal protein L13, conserved site / Ribosomal L29 protein / Ribosomal protein L29/L35 / Ribosomal protein L29/L35 superfamily / Ribosomal protein L24 signature. / Ribosomal protein L24/L26, conserved site / KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif. / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain / Ribosomal protein L30p/L7e / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 superfamily / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain superfamily / Ribosomal protein L15 / Ribosomal protein L25/L23 / Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A / Ribosomal protein L26/L24, KOW domain / Ribosomal protein L3, conserved site / Ribosomal protein L3 signature. / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L18e/L15P / Ribosomal L18e/L15P superfamily / Ribosomal protein L4/L1e / Ribosomal protein L4 domain superfamily / Ribosomal protein L4/L1 family / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / KOW motif / KOW / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2 / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL13 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Apidaecins type 22 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Apis mellifera (セイヨウミツバチ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.37 Å
データ登録者Lauer, S. / Nikolay, R. / Spahn, C.M.T.
資金援助 ドイツ, 4件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and Research16GW0300 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research16GW0299K ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC2008/1-390540038 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 335/588-1 FUGG ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: The proline-rich antimicrobial peptide Api137 disrupts large ribosomal subunit assembly and induces misfolding.
著者: Simon Malte Lauer / Jakob Gasse / Andor Krizsan / Maren Reepmeyer / Thiemo Sprink / Rainer Nikolay / Christian M T Spahn / Ralf Hoffmann /
要旨: The proline-rich antimicrobial designer peptide Api137 inhibits protein expression in bacteria by binding simultaneously to the ribosomal polypeptide exit tunnel and the release factor (RF), ...The proline-rich antimicrobial designer peptide Api137 inhibits protein expression in bacteria by binding simultaneously to the ribosomal polypeptide exit tunnel and the release factor (RF), depleting the cellular RF pool and leading to ribosomal arrest at stop codons. This study investigates the additional effect of Api137 on the assembly of ribosomes using an Escherichia coli reporter strain expressing one ribosomal protein per 30S and 50S subunit tagged with mCherry and EGFP, respectively. Separation of cellular extracts derived from cells exposed to Api137 in a sucrose gradient reveals elevated levels of partially assembled and not fully matured precursors of the 50S subunit (pre-50S). High-resolution structures obtained by cryogenic electron microscopy demonstrate that a large proportion of pre-50S states are missing up to five proteins (uL22, bL32, uL29, bL23, and uL16) and have misfolded helices in 23S rRNA domain IV. These data suggest a second mechanism for Api137, wherein it disrupts 50S subunit assembly by inducing the formation of misfolded precursor particles potentially incapable of evolving into active ribosomes, suggesting a bactericidal mechanism.
履歴
登録2024年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: Large ribosomal subunit protein bL34
B: 5S ribosomal RNA
F: Large ribosomal subunit protein uL5
J: Large ribosomal subunit protein uL13
L: Large ribosomal subunit protein uL15
N: Large ribosomal subunit protein bL17
O: Large ribosomal subunit protein uL18
Q: Large ribosomal subunit protein bL20
R: Large ribosomal subunit protein bL21
T: Large ribosomal subunit protein uL23
U: Large ribosomal subunit protein uL24
V: Large ribosomal subunit protein bL25
W: Large ribosomal subunit protein bL27
Y: Large ribosomal subunit protein uL29
Z: Large ribosomal subunit protein uL30
A: 23S ribosomal RNA
D: 50S ribosomal protein L3
E: Large ribosomal subunit protein uL4
y: Apidaecins type 22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,188,60919
ポリマ－1,188,60919
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Large ribosomal subunit protein ... , 15種, 15分子 2FJLNOQRTUVWYZE

#1: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL34 / 50S ribosomal protein L34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MC4100 / 参照: UniProt: P0A7P5
#3: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL5 / 50S ribosomal protein L5


分子量: 20073.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MC4100 / 参照: UniProt: P62399
#4: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13 / 50S ribosomal protein L13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MC4100 / 参照: UniProt: P0AA10
#5: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15 / 50S ribosomal protein L15


分子量: 14877.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MC4100 / 参照: UniProt: P02413
#6: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL17 / 50S ribosomal protein L17


分子量: 13721.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MC4100 / 参照: UniProt: P0AG44
#7: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18 / 50S ribosomal protein L18


分子量: 12663.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MC4100 / 参照: UniProt: P0C018
#8: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL20 / 50S ribosomal protein L20


分子量: 13396.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MC4100 / 参照: UniProt: P0A7L3
#9: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL21 / 50S ribosomal protein L21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MC4100 / 参照: UniProt: P0AG48
#10: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23 / 50S ribosomal protein L23


分子量: 10546.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MC4100 / 参照: UniProt: P0ADZ0
#11: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24 / 50S ribosomal protein L24


分子量: 11078.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MC4100 / 参照: UniProt: P60624
#12: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL25 / 50S ribosomal protein L25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MC4100 / 参照: UniProt: P68919
#13: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL27 / 50S ribosomal protein L27


分子量: 8174.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MC4100 / 参照: UniProt: P0A7L8
#14: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29 / 50S ribosomal protein L29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MC4100 / 参照: UniProt: P0A7M6
#15: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30 / 50S ribosomal protein L30


分子量: 6423.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MC4100 / 参照: UniProt: P0AG51
#18: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4 / 50S ribosomal protein L4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MC4100 / 参照: UniProt: P60723

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RNA鎖 , 2種, 2分子 BA

#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38813.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MC4100
#16: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 941322.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MC4100

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 Dy

#17: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / ribosomal protein uL3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MC4100 / 参照: UniProt: P60438
#19: タンパク質・ペプチド Apidaecins type 22


分子量: 2084.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) / 参照: UniProt: P35581

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: pre50S precursor derived from Api137-treated cells supplemented with Api137
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MC4100
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
撮影平均露光時間: 1.2 sec. / 電子線照射量: 46.2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 2794
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア名称: cryoSPARC / バージョン: 4.21 / カテゴリ: 最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 28649 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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