PDB-9h9z: Crystal structure of Cu(II)-bound LmrR_V15Bpy

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9h9z

タイトル

Crystal structure of Cu(II)-bound LmrR_V15Bpy

要素

Transcriptional regulator, PadR-like family

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / artificial metalloenzyme / unnatural amino acid / bipyridine / copper-binding / LmrR

機能・相同性

: / Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / COPPER (II) ION / MALONATE ION / Transcriptional regulator, PadR-like family

機能・相同性情報

生物種

Lactococcus cremoris subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Thunnissen, A.M.W.H. / Jiang, R. / Casilli, F. / Aalbers, F. / Roelfes, G.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: An Artificial Copper-Michaelase Featuring a Genetically Encoded Bipyridine Ligand for Asymmetric Additions to Nitroalkenes.
著者: Jiang, R. / Casilli, F. / Thunnissen, A.W.H. / Roelfes, G.

履歴

登録	2024年11月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9h9z.cif.gz	150.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9h9z.ent.gz	119.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9h9z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9h9z_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9h9z_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9h9z_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	9h9z_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/9h9z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/9h9z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9h9wC 9h9xC 9h9yC 9ha0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional regulator, PadR-like family

B: Transcriptional regulator, PadR-like family

ヘテロ分子

30.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.496, 53.359, 147.778
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Transcriptional regulator, PadR-like family 分子量: 15132.048 Da / 分子数: 2 / 変異: Val15 replaced by (2,2'-bipyridin-5-yl)alanine / 由来タイプ: 組換発現詳細: LmrR with residue Val15 replaced by (2,2'-bipyridin-5-yl)alanine, carrying a C-terminal strep-tag 由来: (組換発現) Lactococcus cremoris subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌) 遺伝子: llmg_0323 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2RI36
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化	温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: malonate, imidazole, boric acid, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96546 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→34.51 Å / Num. obs: 22559 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.076 / Χ²: 1.07 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 146523
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 2.315 / Num. measured all: 9231 / Num. unique obs: 1412 / CC_1/2: 0.384 / R_pim(I) all: 0.975 / R_rim(I) all: 2.517 / Χ²: 1.25 / Net I/σ(I) obs: 0.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.21.1_5286	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→34.51 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.33 / 位相誤差: 29.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2392	2075	4.95 %
R_work	0.202	-	-
obs	0.2039	20960	98.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1848	0	9	78	1935

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	1892
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.162	2535
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.308	732
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	266
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	326

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.94	0.4679	152	0.3832	2586	X-RAY DIFFRACTION	96
1.94-1.99	0.3677	142	0.3366	2606	X-RAY DIFFRACTION	97
1.99-2.05	0.2939	120	0.2845	2703	X-RAY DIFFRACTION	99
2.05-2.11	0.3186	135	0.2794	2564	X-RAY DIFFRACTION	96
2.11-2.17	0.2894	122	0.2514	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.25	0.2767	136	0.2396	2604	X-RAY DIFFRACTION	96
2.25-2.34	0.3088	134	0.2195	2713	X-RAY DIFFRACTION	99
2.34-2.45	0.2791	149	0.2077	2635	X-RAY DIFFRACTION	98
2.45-2.58	0.2642	136	0.2198	2636	X-RAY DIFFRACTION	98
2.58-2.74	0.2746	138	0.2132	2656	X-RAY DIFFRACTION	98
2.74-2.95	0.2498	154	0.2217	2693	X-RAY DIFFRACTION	99
2.95-3.25	0.1984	135	0.2166	2663	X-RAY DIFFRACTION	99
3.25-3.72	0.2307	158	0.1886	2654	X-RAY DIFFRACTION	99
3.72-4.68	0.1972	142	0.1539	2692	X-RAY DIFFRACTION	99
4.69-34.51	0.2153	122	0.1804	2714	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.509	-0.2235	0.4601	0.8245	-0.7443	0.8127	-0.0312	0.0414	0.0275	0.1412	-0.0748	-0.0495	-0.0259	0.2252	-0.0001	0.293	0.0306	0.0128	0.3781	0.0548	0.3568	-7.8973	-17.5578	15.8956
2	0.3235	0.2716	0.1628	0.3651	-0.0346	0.2548	-0.222	0.1583	-0.166	-0.2396	0.285	0.3698	1.0787	-0.3917	-0.0001	0.5613	0.0309	0.0815	0.3676	0.0432	0.3973	-9.4494	-28.0777	9.099
3	0.4664	0.2486	0.1004	0.6457	-0.8038	1.3748	-0.1159	0.0649	0.1905	-0.085	0.028	0.1069	0.0317	0.1062	0.0001	0.3187	0.0143	0.0023	0.517	0.0834	0.324	-7.2496	-13.7186	1.4268
4	0.033	0.028	0.1328	0.4982	-0.4146	0.475	-0.2838	0.2016	-0.0458	0.1721	-0.0666	-0.2158	-0.0094	0.4335	-0.0003	0.4061	-0.0481	-0.0169	0.478	0.0416	0.4659	3.204	-10.3847	30.3737
5	0.5335	-0.1823	-0.3719	0.0915	0.1511	0.2661	-0.1116	0.2636	-0.0407	0.0563	0.1101	0.1461	-0.0694	0.0064	0.0003	0.381	-0.008	-0.0108	0.3641	0.0298	0.3914	-7.0915	-8.4109	30.7307
6	0.3606	-0.4383	-0.261	0.7431	0.3824	0.5343	-0.06	-0.1147	0.2212	0.3112	0.1181	-0.1504	-0.1599	-0.0366	0.0001	0.4365	-0.069	-0.0306	0.3543	0.0049	0.412	-3.4863	-1.3242	40.8576
7	0.6047	-0.5678	-0.4853	0.4837	0.4354	0.3642	0.0203	-0.0655	-0.1864	0.1202	-0.1067	-0.0625	0.0083	-0.1717	-0.0001	0.416	0.0024	0.0362	0.3606	-0.0083	0.4091	-18.2796	-3.3507	42.0243
8	0.1001	-0.3261	-0.0048	1.163	-0.1608	0.6222	-0.0343	-0.0851	0.0598	0.2481	-0.0948	0.0567	0.493	0.1709	0.0052	0.3794	0.04	-0.0051	0.3471	0.0461	0.365	-7.3853	-21.2472	28.0412

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 27 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 28 through 46 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 47 through 82 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 83 through 115 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 3 through 23 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 24 through 46 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 47 through 75 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 76 through 114 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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