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- PDB-9h9w: Crystal structure of metal-free LmrR_V15Bpy in an open state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h9w
タイトルCrystal structure of metal-free LmrR_V15Bpy in an open state
要素Transcriptional regulator, PadR-like family
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / artificial metalloenzyme / unnatural amino acid / bipyridine / copper-binding / LmrR
機能・相同性: / Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Transcriptional regulator, PadR-like family
機能・相同性情報
生物種Lactococcus cremoris subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Thunnissen, A.M.W.H. / Jiang, R. / Casilli, F. / Aalbers, F. / Roelfes, G.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)885396European Union
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: An Artificial Copper-Michaelase Featuring a Genetically Encoded Bipyridine Ligand for Asymmetric Additions to Nitroalkenes.
著者: Jiang, R. / Casilli, F. / Thunnissen, A.W.H. / Roelfes, G.
履歴
登録2024年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, PadR-like family
B: Transcriptional regulator, PadR-like family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5463
ポリマ－30,2642
非ポリマー2821
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area12390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.219, 34.955, 66.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, PadR-like family


分子量: 15132.048 Da / 分子数: 2 / 変異: Val15 replaced by (2,2'-bipyridin-5-yl)alanine / 由来タイプ: 組換発現
詳細: LmrR with residue Val15 replaced by (2,2'-bipyridin-5-yl)alanine and carrying a C-terminal strep-tag
由来: (組換発現) Lactococcus cremoris subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌)
遺伝子: llmg_0323 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2RI36
#2: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.02 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: sodium acetate, Bis-Tris propane, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96546 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→51.72 Å / Num. obs: 9720 / % possible obs: 85.1 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.054 / Χ2: 0.87 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 33732
反射 シェル解像度: 2.26→2.33 Å / % possible obs: 49.6 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.584 / Num. measured all: 1054 / Num. unique obs: 509 / CC1/2: 0.554 / Rpim(I) all: 0.455 / Rrim(I) all: 0.744 / Χ2: 1 / Net I/σ(I) obs: 1.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.21.1_5286精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.26→51.72 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 41.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 489 5.04 %
Rwork0.2263 --
obs0.2299 9708 84.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→51.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1727 0 19 3 1749
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091780
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9852387
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.587688
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045251
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007300
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.26-2.580.35561340.29932386X-RAY DIFFRACTION67
2.58-3.260.40481830.31013387X-RAY DIFFRACTION94
3.26-51.720.26421720.19623446X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.8412-1.5989-4.59332.8922.47359.18830.0226-0.55460.18220.4821-0.0350.19360.1383-0.4259-0.0340.34720.0286-0.03860.42890.01580.563512.96143.003412.9197
29.31092.9550.68676.27391.21787.9210.23470.27840.2421-0.2713-0.0534-0.0733-0.3391-0.6784-0.19410.33950.03170.01450.27010.01060.397215.46774.22442.3452
34.78270.588-4.15561.1939-0.64844.8084-0.076-0.6879-0.35840.3033-0.24-0.33720.33740.50960.39490.5534-0.0297-0.00650.3708-0.01530.671518.777-5.645713.453
46.9707-5.0567-2.48849.32390.98594.62120.54050.06240.24690.0441-0.2281-0.37910.134-1.0332-0.05560.55580.0229-0.10550.7554-0.11720.460513.06011.216728.1969
52.91260.89490.51257.01841.07154.80630.1199-0.3093-0.5290.6264-0.2413-0.87020.8655-0.5523-0.04131.15620.17-0.15590.9370.04270.584111.3094-2.946540.6242
63.5177-2.64610.26943.63081.50632.5795-0.2519-0.99230.69610.1937-0.00230.0521-0.4979-1.05590.27360.88270.2737-0.19630.9242-0.17390.729.467211.264438.9792
76.7442-3.6347-0.93779.7873.21194.5336-0.856-0.2312-0.47490.66660.17570.98490.457-0.6550.98330.4176-0.09940.07680.73030.03040.55012.99510.605214.7781
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 23 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 24 through 59 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 60 through 109 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 23 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 24 through 46 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 47 through 82 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 83 through 112 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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