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万見
- PDB-9h9k: Complex 3 (HEAD) 30S-tRNA-GE81112 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h9k
タイトルComplex 3 (HEAD) 30S-tRNA-GE81112
要素
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 8
  • 16S RNA (456-MER)
  • mRNA (5'-R(P*AP*AP*UP*GP*U)-3')
  • t-RNA (5'-R(P*UP*CP*GP*GP*GP*CP*UP*CP*AP*UP*AP*AP*CP*CP*CP*GP*A)-3')
キーワードRIBOSOME / Antibiotic / initiation factor / GE81112 / 30S
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription antitermination factor activity, RNA binding / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding ...transcription antitermination factor activity, RNA binding / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S2 signature 2. ...Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS14
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Schedlbauer, A. / Han, X. / van Bakel, W. / Kaminishi, T. / Ochoa-Lizarralde, B. / Iturrioz, I. / Capuni, R. / Parry, R. / Zegarra, R. / Gil-Carton, D. ...Schedlbauer, A. / Han, X. / van Bakel, W. / Kaminishi, T. / Ochoa-Lizarralde, B. / Iturrioz, I. / Capuni, R. / Parry, R. / Zegarra, R. / Gil-Carton, D. / Lopez-Alonso, J.P. / Barragan Sanz, K. / Brandi, L. / Gualerzi, C.O. / Fucini, P. / Connell, S.R.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2021-122705OB-I00 スペイン
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: A binding site for the antibiotic GE81112 in the ribosomal mRNA channel.
著者: Andreas Schedlbauer / Xu Han / Wouter van Bakel / Tatsuya Kaminishi / Borja Ochoa-Lizarralde / Idoia Iturrioz / Retina Çapuni / Ransford Parry / Ronny Zegarra / David Gil-Carton / Jorge P ...著者: Andreas Schedlbauer / Xu Han / Wouter van Bakel / Tatsuya Kaminishi / Borja Ochoa-Lizarralde / Idoia Iturrioz / Retina Çapuni / Ransford Parry / Ronny Zegarra / David Gil-Carton / Jorge P López-Alonso / Kristina Barragan Sanz / Letizia Brandi / Claudio O Gualerzi / Paola Fucini / Sean R Connell /
要旨: The initiation phase is the rate-limiting step of protein synthesis (translation) and is finely regulated, making it an important drug target. In bacteria, initiation is guided by three initiation ...The initiation phase is the rate-limiting step of protein synthesis (translation) and is finely regulated, making it an important drug target. In bacteria, initiation is guided by three initiation factors and involves positioning the start site on the messenger RNA within the P-site on the small ribosomal subunit (30S), where it is decoded by the initiator tRNA. This process can be efficiently inhibited by GE81112, a natural hydrophilic, noncyclic, nonribosomal tetrapeptide. It is found in nature in three structural variants (A, B and B1 with molecular masses of 643-658 Da). Previous biochemical and structural characterisation of GE81112 indicates that the primary mechanism of action of this antibiotic is to (1) prevent the initiator tRNA from binding correctly to the P-site and (2) block conformational rearrangements in initiation factor IF3, resulting in an 30S pre/C state. In this study, using cryoEM, we have determined the binding site of GE81112 in initiation complexes (3.2-3.7Å) and on empty ribosomes (2.09 Å). This binding site is within the mRNA channel (E-site) but remote from the binding site of the initiation factors and initiator tRNA. This suggests that it acts allosterically to prevent the initiator tRNA from being locked into place. The binding mode is consistent with previous biochemical studies and recent work identifying the key pharmacophores of GE81112.
履歴
登録2024年10月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月6日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月6日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月6日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月6日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月6日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月6日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月6日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月6日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月6日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: 16S RNA (456-MER)
2: mRNA (5'-R(P*AP*AP*UP*GP*U)-3')
3: t-RNA (5'-R(P*UP*CP*GP*GP*GP*CP*UP*CP*AP*UP*AP*AP*CP*CP*CP*GP*A)-3')
B: Small ribosomal subunit protein uS2
C: Small ribosomal subunit protein uS3
G: Small ribosomal subunit protein uS7
I: Small ribosomal subunit protein uS9
J: Small ribosomal subunit protein uS10
M: Small ribosomal subunit protein uS13
N: Small ribosomal subunit protein uS14
S: Small ribosomal subunit protein uS19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)661,43342
ポリマ－660,63811
非ポリマー79531
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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RNA鎖 , 3種, 3分子 123

#1: RNA鎖 16S RNA (456-MER)


分子量: 499528.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: RNA鎖 mRNA (5'-R(P*AP*AP*UP*GP*U)-3')


分子量: 1570.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: RNA鎖 t-RNA (5'-R(P*UP*CP*GP*GP*GP*CP*UP*CP*AP*UP*AP*AP*CP*CP*CP*GP*A)-3')


分子量: 24838.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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Small ribosomal subunit protein ... , 8種, 8分子 BCGIJMNS

#4: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2 / 30S ribosomal protein S2


分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsB, b0169, JW0164 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V0
#5: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3 / 30S ribosomal protein S3


分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsC, b3314, JW3276 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V3
#6: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7 / 30S ribosomal protein S7


分子量: 20055.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsG, b3341, JW3303 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359
#7: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9 / 30S ribosomal protein S9


分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsI, b3230, JW3199 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7X3
#8: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS10 / 30S ribosomal protein S10 / Transcription termination/antitermination protein NusE


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsJ, nusE, b3321, JW3283 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R5
#9: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13 / 30S ribosomal protein S13


分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsM, b3298, JW3260 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S9
#10: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14 / 30S ribosomal protein S14


分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsN, b3307, JW3269 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG59
#11: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS19 / 30S ribosomal protein S19


分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsS, b3316, JW3278 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U3

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非ポリマー , 2種, 31分子

#12: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#13: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex 3 (HEAD) 30S-tRNA-GE81112 / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#11 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3250 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 44.08 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFINDCTF補正
5RELIONCTF補正
8UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9Cootモデルフィッティング
11ISOLDEモデル精密化
12PHENIXモデル精密化
13RELION初期オイラー角割当
14RELION最終オイラー角割当
15RELION分類
16RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 28111 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築PDB-ID: 4ybb

4ybb


Accession code: 4ybb / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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