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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9h9h | ||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Complex 1 30S-IF1-IF2-IF3-GE81112 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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![]() | RIBOSOME / Antibiotic / initiation factor / GE81112 / 30S | ||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() ribosome disassembly / guanosine tetraphosphate binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability ...ribosome disassembly / guanosine tetraphosphate binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / translation initiation factor activity / response to cold / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / ribosome biogenesis / regulation of translation / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / response to antibiotic / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Schedlbauer, A. / Han, X. / van Bakel, W. / Kaminishi, T. / Ochoa-Lizarralde, B. / Iturrioz, I. / Capuni, R. / Parry, R. / Zegarra, R. / Gil-Carton, D. ...Schedlbauer, A. / Han, X. / van Bakel, W. / Kaminishi, T. / Ochoa-Lizarralde, B. / Iturrioz, I. / Capuni, R. / Parry, R. / Zegarra, R. / Gil-Carton, D. / Lopez-Alonso, J.P. / Barragan Sanz, K. / Brandi, L. / Gualerzi, C.O. / Fucini, P. / Connell, S.R. | ||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A binding site for the antibiotic GE81112 in the ribosomal mRNA channel. 著者: Andreas Schedlbauer / Xu Han / Wouter van Bakel / Tatsuya Kaminishi / Borja Ochoa-Lizarralde / Idoia Iturrioz / Retina Çapuni / Ransford Parry / Ronny Zegarra / David Gil-Carton / Jorge P ...著者: Andreas Schedlbauer / Xu Han / Wouter van Bakel / Tatsuya Kaminishi / Borja Ochoa-Lizarralde / Idoia Iturrioz / Retina Çapuni / Ransford Parry / Ronny Zegarra / David Gil-Carton / Jorge P López-Alonso / Kristina Barragan Sanz / Letizia Brandi / Claudio O Gualerzi / Paola Fucini / Sean R Connell / ![]() ![]() ![]() 要旨: The initiation phase is the rate-limiting step of protein synthesis (translation) and is finely regulated, making it an important drug target. In bacteria, initiation is guided by three initiation ...The initiation phase is the rate-limiting step of protein synthesis (translation) and is finely regulated, making it an important drug target. In bacteria, initiation is guided by three initiation factors and involves positioning the start site on the messenger RNA within the P-site on the small ribosomal subunit (30S), where it is decoded by the initiator tRNA. This process can be efficiently inhibited by GE81112, a natural hydrophilic, noncyclic, nonribosomal tetrapeptide. It is found in nature in three structural variants (A, B and B1 with molecular masses of 643-658 Da). Previous biochemical and structural characterisation of GE81112 indicates that the primary mechanism of action of this antibiotic is to (1) prevent the initiator tRNA from binding correctly to the P-site and (2) block conformational rearrangements in initiation factor IF3, resulting in an 30S pre/C state. In this study, using cryoEM, we have determined the binding site of GE81112 in initiation complexes (3.2-3.7Å) and on empty ribosomes (2.09 Å). This binding site is within the mRNA channel (E-site) but remote from the binding site of the initiation factors and initiator tRNA. This suggests that it acts allosterically to prevent the initiator tRNA from being locked into place. The binding mode is consistent with previous biochemical studies and recent work identifying the key pharmacophores of GE81112. | ||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 130.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 213.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 51964MC ![]() 9h8gC ![]() 9h9iC ![]() 9h9jC ![]() 9h9kC ![]() 9h9lC ![]() 9h9mC ![]() 9h9nC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 23A
#1: RNA鎖 | 分子量: 1264.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 24838.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: RNA鎖 | 分子量: 499873.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-Small ribosomal subunit protein ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTU
#4: タンパク質 | 分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#5: タンパク質 | 分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 20055.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 13870.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 13768.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#16: タンパク質 | 分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#17: タンパク質 | 分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#18: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#19: タンパク質 | 分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#20: タンパク質 | 分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#21: タンパク質 | 分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#22: タンパク質 | 分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#23: タンパク質 | 分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-Translation initiation factor IF- ... , 3種, 3分子 XYZ
#24: タンパク質 | 分子量: 8262.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#25: タンパク質 | 分子量: 97498.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#26: タンパク質 | 分子量: 20600.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 159分子 




#27: 化合物 | ChemComp-K / #28: 化合物 | ChemComp-MG / #29: 化合物 | ChemComp-A1IC4 / ( | 分子量: 644.034 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H34ClN9O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #30: 化合物 | ChemComp-ZN / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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Has protein modification | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Complex 1 30S-IF1-IF2-IF3-GE81112 / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#26 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm |
撮影 | 電子線照射量: 51 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 232679 | ||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 46163 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4YBB Accession code: 4YBB / Source name: PDB / タイプ: experimental model |