PDB-9h9c: Crystal structure of thioredoxin reductase from Cryptosporidium p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9h9c

タイトル

Crystal structure of thioredoxin reductase from Cryptosporidium parvum in the "activated in" conformation

要素

Putative thioredoxin reductase

キーワード

FLAVOPROTEIN / reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Gabriele, F. / Palerma, M. / Ardini, M. / Bogard, J. / Chen, X.M. / Williams, D.L. / Angelucci, F.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2025
タイトル: Targeting Apicomplexan Parasites: Structural and Functional Characterization of Cryptosporidium Thioredoxin Reductase as a Novel Drug Target.
著者: Gabriele, F. / Bogard, J.A. / Palerma, M. / Ardini, M. / Byrne, M.E. / Chen, X.M. / Petukhov, P.A. / Ippoliti, R. / Angelucci, F. / Williams, D.L.

履歴

登録	2024年10月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2025年5月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9h9c.cif.gz	702 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9h9c.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9h9c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/9h9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/9h9c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9g92C 9gezC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (8) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (8) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

AAA: Putative thioredoxin reductase

BBB: Putative thioredoxin reductase

CCC: Putative thioredoxin reductase

DDD: Putative thioredoxin reductase

ヘテロ分子

229 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Putative thioredoxin reductase

BBB: Putative thioredoxin reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
115 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

CCC: Putative thioredoxin reductase

DDD: Putative thioredoxin reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
115 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.872, 72.543, 188.458
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.613, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	AAA
6	3	DDD
7	4	BBB
8	4	CCC
9	5	BBB
10	5	DDD
11	6	CCC
12	6	DDD

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	AAA	A	24 - 517	24 - 517
2	1	1	BBB	B	24 - 517	24 - 517
3	2	2	AAA	A	24 - 521	24 - 521
4	2	2	CCC	C	24 - 521	24 - 521
5	3	3	AAA	A	24 - 518	24 - 518
6	3	3	DDD	D	24 - 518	24 - 518
7	4	4	BBB	B	24 - 517	24 - 517
8	4	4	CCC	C	24 - 517	24 - 517
9	5	5	BBB	B	24 - 517	24 - 517
10	5	5	DDD	D	24 - 517	24 - 517
11	6	6	CCC	C	24 - 518	24 - 518
12	6	6	DDD	D	24 - 518	24 - 518

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Putative thioredoxin reductase 分子量: 56360.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム) 遺伝子: CPATCC_000467 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IS93
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.42 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Tris/HCl, 0.1 M KSCN, PEG 2000 MME, 5 mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→39.91 Å / Num. obs: 78143 / % possible obs: 99.53 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 12.72
反射シェル	解像度: 2.4→2.486 Å / R_merge(I) obs: 0.78 / Num. unique obs: 7744 / CC_1/2: 0.79

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→39.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.908 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.877 / SU B: 21.06 / SU ML: 0.253 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.634 / ESU R Free: 0.288 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2568	3930	5.03 %
R_work	0.2232	74198	-
all	0.225	-	-
obs	-	78128	99.681 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.311 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.36 Å²	-0 Å²	-0.404 Å²
2-	-	-1.098 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.747 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15073	0	247	284	15604

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	15707
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.015	14913
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.533	1.638	21289
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.274	1.577	34477
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.47	5	2005
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.701	22.924	684
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.034	15	2625
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	6.872	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.173	15	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	2076
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	19074
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3382
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	2838
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	13005
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	7533
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	6908
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	468
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.061	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.282	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.331	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.217	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.007	3.11	7972
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.006	3.11	7971
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.229	4.658	9966
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.229	4.658	9967
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.078	3.317	7735
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.079	3.317	7736
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.369	4.862	11314
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.369	4.862	11315
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.265	35.349	16689
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.264	35.349	16674
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.051	0.05	15090
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.043	0.05	15274
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.048	0.05	15151
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.05	0.05	15087
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.041	0.05	15152
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.048	0.05	15218

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05142	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05142	0.05009
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04344	0.05009
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04344	0.05009
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04773	0.05009
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04773	0.05009
4	7	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04968	0.05009
4	8	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04968	0.05009
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04104	0.05009
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04104	0.05009
6	11	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04778	0.05009
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04778	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.462	0.292	266	0.257	5492	X-RAY DIFFRACTION	99.9826
2.462-2.529	0.311	270	0.246	5287	X-RAY DIFFRACTION	100
2.529-2.602	0.305	265	0.253	5165	X-RAY DIFFRACTION	100
2.602-2.682	0.357	197	0.357	5047	X-RAY DIFFRACTION	98.6827
2.682-2.77	0.276	249	0.245	4864	X-RAY DIFFRACTION	99.9218
2.77-2.866	0.282	295	0.228	4678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.866-2.974	0.306	259	0.222	4523	X-RAY DIFFRACTION	99.9791
2.974-3.095	0.274	281	0.217	4326	X-RAY DIFFRACTION	99.9133
3.095-3.231	0.259	243	0.208	4198	X-RAY DIFFRACTION	99.9325
3.231-3.388	0.253	205	0.204	4014	X-RAY DIFFRACTION	99.9053
3.388-3.57	0.293	237	0.268	3785	X-RAY DIFFRACTION	98.8935
3.57-3.785	0.262	235	0.238	3552	X-RAY DIFFRACTION	99.1881
3.785-4.043	0.243	166	0.237	3412	X-RAY DIFFRACTION	99.1136
4.043-4.364	0.204	172	0.174	3198	X-RAY DIFFRACTION	99.8814
4.364-4.774	0.205	173	0.166	2915	X-RAY DIFFRACTION	99.9029
4.774-5.328	0.208	97	0.191	2724	X-RAY DIFFRACTION	99.7878
5.328-6.135	0.208	134	0.197	2386	X-RAY DIFFRACTION	99.8415
6.135-7.47	0.248	82	0.193	2044	X-RAY DIFFRACTION	99.8122
7.47-10.384	0.198	81	0.176	1607	X-RAY DIFFRACTION	99.7636
10.384-39.9	0.273	23	0.247	981	X-RAY DIFFRACTION	99.0138

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6909	-0.2498	-0.2954	0.1607	0.2061	0.268	0.0673	-0.0582	-0.0122	-0.0603	-0.0449	-0.0156	-0.0788	-0.0641	-0.0224	0.0776	0.0127	0.0143	0.1456	-0.0117	0.0222	15.0579	2.3599	31.8469
2	0.3894	-0.2565	-0.2395	0.4055	0.3319	0.2834	0.0353	0.0883	-0.0904	-0.0747	-0.039	-0.0085	-0.0722	-0.012	0.0037	0.0741	-0.0121	0.017	0.1383	-0.0247	0.0425	38.1928	-19.1211	15.6179
3	0.8329	0.2858	0.4177	0.1879	0.1403	0.218	-0.057	0.0419	-0.0769	0.0074	0.0922	-0.0287	-0.0317	-0.0188	-0.0352	0.0126	0.029	0.004	0.2321	-0.0175	0.008	51.6735	0.3405	63.2229
4	0.9321	0.1153	0.1567	0.5546	0.2005	0.1046	-0.0988	-0.2639	0.1263	-0.0133	0.0877	-0.0675	-0.041	-0.0526	0.0111	0.0432	0.0933	-0.0351	0.2315	-0.0976	0.0444	74.5803	22.7503	78.3284

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	24 - 521
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	24 - 518
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CCC	24 - 521
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DDD	24 - 519

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)