PDB-9g92: Crystal structure of thioredoxin reductase from Cryptosporidium p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g92

タイトル

Crystal structure of thioredoxin reductase from Cryptosporidium parvum in the "in" conformation

要素

Thioredoxin reductase

キーワード

FLAVOPROTEIN / reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Gabriele, F. / Palerma, M. / Ardini, M. / Bogard, J. / Chen, X.M. / Williams, D.L. / Angelucci, F.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2025
タイトル: Targeting Apicomplexan Parasites: Structural and Functional Characterization of Cryptosporidium Thioredoxin Reductase as a Novel Drug Target.
著者: Gabriele, F. / Bogard, J.A. / Palerma, M. / Ardini, M. / Byrne, M.E. / Chen, X.M. / Petukhov, P.A. / Ippoliti, R. / Angelucci, F. / Williams, D.L.

履歴

登録	2024年7月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2025年5月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9g92.cif.gz	221.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9g92.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9g92.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/9g92 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/9g92	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gezC 9h9cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (8) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (8) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

AAA: Thioredoxin reductase

BBB: Thioredoxin reductase

ヘテロ分子

115 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.866, 74.323, 188.748
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Auth seq-ID: 25 - 520 / Label seq-ID: 25 - 520

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	AAA	A
2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Thioredoxin reductase 分子量: 56300.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム) 遺伝子: TRx / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C8CCG0
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Tris/HCl, 0.1 M KSCN, PEG 2000 MME, 5mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→39.868 Å / Num. obs: 75521 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / R_merge(I) obs: 1.229 / Num. unique obs: 7480 / CC_1/2: 0.831

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→39.868 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 3.567 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.143 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2123	3917	5.187 %
R_work	0.1772	71593	-
all	0.179	-	-
obs	-	75510	99.919 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.013 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.769 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.061 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.708 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→39.868 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7546	0	128	477	8151

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	7925
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.015	7514
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.523	1.638	10754
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.361	1.577	17385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.069	5	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.454	22.886	343
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.952	15	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	8.271	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.003	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	9658
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1704
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	1434
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	6877
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	3897
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	3540
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	475
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.032	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.222	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.271	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.009	2.485	4035
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.005	2.484	4033
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.817	3.718	5054
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.816	3.718	5054
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.665	2.77	3890
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.664	2.771	3891
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.036	4.017	5690
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.036	4.018	5691
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.279	28.991	8725
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.244	28.889	8649
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.073	0.05	15331

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07342	0.05008
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07342	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.001	0.27	297	0.224	5200	X-RAY DIFFRACTION	100
2.001-2.055	0.259	278	0.205	5070	X-RAY DIFFRACTION	99.7203
2.055-2.115	0.247	305	0.195	4934	X-RAY DIFFRACTION	100
2.115-2.18	0.244	218	0.185	4868	X-RAY DIFFRACTION	99.9607
2.18-2.251	0.227	245	0.179	4671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.251-2.33	0.238	253	0.176	4526	X-RAY DIFFRACTION	99.9791
2.33-2.417	0.227	214	0.17	4385	X-RAY DIFFRACTION	100
2.417-2.515	0.237	240	0.17	4188	X-RAY DIFFRACTION	99.7972
2.515-2.627	0.199	235	0.166	4040	X-RAY DIFFRACTION	99.9766
2.627-2.754	0.208	182	0.176	3909	X-RAY DIFFRACTION	99.9756
2.754-2.903	0.191	212	0.169	3666	X-RAY DIFFRACTION	99.897
2.903-3.078	0.213	206	0.176	3496	X-RAY DIFFRACTION	99.919
3.078-3.289	0.205	179	0.174	3278	X-RAY DIFFRACTION	99.9711
3.289-3.55	0.224	177	0.176	3086	X-RAY DIFFRACTION	99.9081
3.55-3.886	0.218	162	0.177	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
3.886-4.34	0.191	127	0.157	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
4.34-5.001	0.162	136	0.154	2295	X-RAY DIFFRACTION	99.9589
5.001-6.102	0.217	108	0.189	1990	X-RAY DIFFRACTION	100
6.102-8.53	0.207	76	0.206	1574	X-RAY DIFFRACTION	100
8-10	0.158	67	0.158	946	X-RAY DIFFRACTION	99.2165

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)