PDB-9h8i: Crystallization of B. licheniformis levanase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9h8i

タイトル

Crystallization of B. licheniformis levanase

要素

Endolevansase LevB1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Levanase B. licheniformis

機能・相同性

機能・相同性情報

sucrose alpha-glucosidase activity / sucrose catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus licheniformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Carr, S. / Cruz-Migoni, A. / Porras-Dominguez, J.R. / Van den Ende, W. / Lopez-Munguia Canales, A.

資金援助

メキシコ, 1件

引用

ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2025
タイトル: Understanding the Endo- and Exo-mechanisms Involved in the Enzymatic Hydrolysis of Levan and Inulin Polymers.
著者: Porras-Dominguez, J.R. / Cruz-Migoni, A. / Carr, S.B. / Rodriguez-Alegria, M.E. / Lopez-Munguia, A. / Van den Ende, W.

履歴

登録	2024年10月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9h8i.cif.gz	115.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9h8i.ent.gz	83.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9h8i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9h8i_validation.pdf.gz	454.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9h8i_full_validation.pdf.gz	460.6 KB	表示
XML形式データ	9h8i_validation.xml.gz	23.3 KB	表示
CIF形式データ	9h8i_validation.cif.gz	32.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/9h8i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/9h8i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fffS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Endolevansase LevB1

ヘテロ分子

56 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: none

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.586, 82.586, 171.088
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-741- HOH

#1: タンパク質	Endolevansase LevB1 分子量: 55476.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア) 遺伝子: levB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8GV60
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン分子量: 163.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol and 0.03 M Magnesium chloride, calcium chloride and 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→74.375 Å / Num. obs: 85690 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 26.1 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 1.54→1.57 Å / Num. unique obs: 4130 / CC_1/2: 0.639 / R_pim(I) all: 0.698

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
DIALS		データ削減
MrBUMP		位相決定
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4fff

4fff

解像度: 1.54→74.375 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / WR_factor R_free: 0.192 / WR_factor R_work: 0.172 / SU B: 1.619 / SU ML: 0.055 / Average fsc free: 0.9578 / Average fsc work: 0.9662 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.075 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2169	4272	5.007 %
R_work	0.1928	81042	-
all	0.194	-	-
obs	-	85314	96.772 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.445 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.132 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.132 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.263 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→74.375 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3583	0	32	242	3857

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	3713
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3289
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.815	1.812	5033
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.63	1.778	7588
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.197	5	443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.503	5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.529	10	578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.398	10	198
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	511
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4476
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	910
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	607
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	3002
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	1753
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1914
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	195
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.091	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.38	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.268	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.099	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.004	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.533	2.201	1778
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.509	2.2	1778
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.705	3.93	2216
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.709	3.933	2217
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.193	2.682	1935
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.192	2.682	1936
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.481	4.707	2816
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.48	4.707	2817
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.627	23.127	4045
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.626	23.127	4046

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.54-1.58	0.339	306	0.343	5748	0.342	6412	0.918	0.92	94.4167	0.332
1.58-1.623	0.341	281	0.339	5657	0.339	6280	0.925	0.928	94.5541	0.322
1.623-1.67	0.37	316	0.309	5448	0.313	6065	0.913	0.939	95.0371	0.283
1.67-1.722	0.289	299	0.28	5378	0.281	5951	0.948	0.952	95.3957	0.248
1.722-1.778	0.275	249	0.242	5233	0.243	5718	0.955	0.963	95.8727	0.207
1.778-1.84	0.254	274	0.22	5097	0.222	5583	0.96	0.969	96.2028	0.183
1.84-1.91	0.244	249	0.206	4922	0.207	5364	0.962	0.974	96.4019	0.171
1.91-1.988	0.226	244	0.191	4777	0.193	5185	0.97	0.977	96.837	0.161
1.988-2.076	0.219	247	0.183	4603	0.185	4993	0.972	0.98	97.136	0.159
2.076-2.177	0.216	238	0.177	4412	0.179	4780	0.973	0.981	97.2803	0.156
2.177-2.295	0.186	210	0.174	4231	0.175	4552	0.98	0.982	97.5615	0.154
2.295-2.434	0.197	237	0.163	3987	0.165	4315	0.976	0.984	97.8911	0.144
2.434-2.602	0.186	212	0.163	3782	0.164	4069	0.978	0.984	98.1568	0.144
2.602-2.81	0.187	172	0.16	3549	0.162	3784	0.979	0.984	98.3351	0.143
2.81-3.078	0.197	182	0.173	3286	0.174	3518	0.973	0.981	98.5787	0.159
3.078-3.441	0.186	159	0.178	3014	0.178	3213	0.977	0.981	98.7551	0.172
3.441-3.971	0.215	138	0.176	2669	0.178	2836	0.974	0.982	98.9774	0.175
3.971-4.861	0.165	116	0.152	2318	0.153	2451	0.984	0.988	99.3064	0.157
4.861-6.859	0.174	92	0.203	1830	0.202	1932	0.983	0.985	99.4824	0.204
6.859-74.375	0.332	51	0.239	1103	0.243	1161	0.905	0.957	99.3971	0.239

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