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- PDB-9h6v: Lotus japonicus CERK6 extracellular domain in complex with two na... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h6v
タイトルLotus japonicus CERK6 extracellular domain in complex with two nanobodies
要素
  • LysM type receptor kinase
  • Nb-aCERK6-1
  • Nb-aCERK6-2
キーワードPLANT PROTEIN / chitin receptor / LysM / nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane receptor protein kinase activity / innate immune response / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
LysM domain / LysM domain receptor kinase CERK1/LYK3-like / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...LysM domain / LysM domain receptor kinase CERK1/LYK3-like / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
LysM type receptor kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Lotus japonicus (エボシグサ)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Gysel, K. / Alsarraf, H.M.A.B. / Hansen, S.B. / Andersen, K.R.
資金援助 デンマーク, 3件
組織認可番号国
The Carlsberg FoundationCF21-0139 デンマーク
Danish Agency for Science Technology and Innovation3103-00137B デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF21OC0071300 デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for size-selective perception of chitin in plants
著者: Gysel, K. / Hansen, S.B. / Ruebsam, H. / Alsarraf, H.M.A.B. / Madland, E. / Cheng, J.X.J. / Baadegaard, C. / Poulsen, E.C. / Vinther, M. / Fort, S. / Stougaard, J. / Andersen, K.R.
履歴
登録2024年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LysM type receptor kinase
B: LysM type receptor kinase
E: Nb-aCERK6-2
F: Nb-aCERK6-2
D: Nb-aCERK6-1
C: Nb-aCERK6-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,03823
ポリマ－104,1006
非ポリマー2,93817
水2,684149
1
A: LysM type receptor kinase
F: Nb-aCERK6-2
C: Nb-aCERK6-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,58911
ポリマ－52,0503
非ポリマー1,5398
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: LysM type receptor kinase
E: Nb-aCERK6-2
D: Nb-aCERK6-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,44812
ポリマ－52,0503
非ポリマー1,3989
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.280, 57.580, 86.810
Angle α, β, γ (deg.)96.972, 88.981, 96.418
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 LysM type receptor kinase


分子量: 22379.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lotus japonicus (エボシグサ) / 遺伝子: LYS6
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: D3KTZ6

-
抗体 , 2種, 4分子 EFDC

#2: 抗体 Nb-aCERK6-2


分子量: 14955.765 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Nb-aCERK6-1


分子量: 14714.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
糖 , 2種, 8分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 158分子

#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.3 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M sodium bromide 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.186→48.971 Å / Num. obs: 25361 / % possible obs: 52 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.226 / Rpim(I) all: 0.092 / Rrim(I) all: 0.244 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.186→2.506 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1269 / CC1/2: 0.187 / Rpim(I) all: 0.647 / Rrim(I) all: 1.684 / % possible all: 7.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.19→32.42 Å / SU ML: 0.3077 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 34.6908
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2524 1259 4.97 %
Rwork0.2044 24080 -
obs0.2068 25339 51.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→32.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6783 0 190 149 7122
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00197108
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48719635
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04061092
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00411239
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.09772725
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.19-2.270.442930.439160X-RAY DIFFRACTION1.18
2.27-2.380.3683160.3937305X-RAY DIFFRACTION6.02
2.38-2.50.3123340.3639816X-RAY DIFFRACTION15.65
2.5-2.660.3324910.35641679X-RAY DIFFRACTION32.88
2.66-2.860.39661360.33612582X-RAY DIFFRACTION50.18
2.86-3.150.35761910.28463648X-RAY DIFFRACTION71.07
3.15-3.610.3082490.22814771X-RAY DIFFRACTION92.72
3.61-4.540.21842700.16965114X-RAY DIFFRACTION99.52
4.54-32.420.1942690.15775105X-RAY DIFFRACTION99.21
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.82149085856-0.6416974086211.105127422034.11016588392-1.538424074812.602355731090.145503161478-0.443701259089-0.1708123352330.180125621819-0.005850897155110.0585741346593-0.391298313340.0305480082788-0.1063340045340.292017013329-0.116928917627-0.0249547458640.2532524382150.002678852059270.139215285902-1.59912206026-8.65275238162-2.68000361568
24.06663066046-1.97049750165-5.118247317655.209146601181.852775856377.4902579505-0.06501167555940.2239695418240.985595602687-0.233868381996-0.1868556196730.0486373096416-1.16716936483-0.205687319464-0.127354989230.805880896733-0.0110406871704-0.1875171938340.3874416197540.08617030852150.393480695181-3.943341662230.495738447346-16.0877519788
37.425383649880.298992091394-0.01475871550873.803905821580.8172833548672.19719924270.170553028129-0.3519751932241.62977620680.1293505539850.046964758515-0.324814744116-2.034436298940.137913246245-0.1866463742091.0502368887-0.127659294105-0.08804599513250.378426949125-0.1025350097150.649288679621-3.988415995668.63013909161-4.99576728208
44.051304737541.400865113081.430092054.807652023740.3160232504910.5106824734110.038588645285-0.3467867404711.658195865450.73386921073-0.364345175245-0.0674418558811-1.20655187008-0.5363977579960.1494360519251.138041790030.14369924006-0.1407374739590.37547216458-0.03339770489530.612431126096-10.196980284311.1036292942-8.48571194892
51.87432185652-1.15684403137-0.6899818551262.193030829190.3842169579581.96375337576-0.132958983211-0.3149154439150.402461729095-0.261577129824-0.229516744038-0.746745141151-0.4765043751770.6520353752950.03790021602170.307703970802-0.3524551467390.01646595069350.5472794103540.225920623880.31014847770213.2331567352-6.8450747637-9.50176036449
66.46939004018-0.272823440959-0.04797171072098.728548074230.08139047829893.48613710899-0.1359573255240.0717909072702-0.998171891949-0.8398125060280.1162176533640.1011553067061.24510672566-0.1572397934-0.1560798102280.794975462844-0.1217657935580.1609634930740.2135984009210.07922931082920.66453794499415.433550229516.6260503507-47.1993191421
71.71602441506-0.345978036701-0.6694642635791.69383540213-1.02527062371.086582630780.01516732503910.0858308217852-1.04341688525-0.434590850467-0.1850290979840.1788107685361.42912461505-0.742375347672-0.05493997352070.87593321363-0.2761715899640.01484969153570.2743476466770.00667396255390.65372659547612.300310082714.0890329158-48.7112300371
87.381853257042.413231335811.185950632786.222089379480.9652779171071.749670361020.295519535472-0.456045171999-1.472017566070.530605559287-0.3415894641920.5641194270041.51432182074-0.602019621216-0.2666453728021.10153667161-0.3178623381410.008676338758260.5236532733190.05303349571050.70173212032112.9069521318.19131700056-41.6505412815
92.61583621068-0.1447267944550.5249737681244.350006202160.3695163279821.907149344810.1489031226880.061282894073-0.902962157844-0.549284870393-0.315214385307-0.5643233925160.8778965607540.4735634485390.009279264680460.6925321980530.2497150061030.0388476235480.2622491137150.2968586203820.4887193976129.284829626616.664559221-46.0399728052
103.817865008990.407229741509-1.850096180515.33974915968-1.162503735357.62681579598-0.612579016769-0.4292228973820.135620708755-0.5166808488470.212046852141-0.625240434583-0.9852420366261.219915739070.3377915274940.928983980585-0.4414202668250.08582583891840.728179790456-0.157449909970.91382577884735.026826110548.8862976891-35.1924755461
116.32434985455-0.1867893702184.125227769348.867689171343.830084861294.567518057950.103507196227-0.5570388925540.05423808999220.4082071123450.000407456518965-1.07075630258-0.1649543121310.582867277170.02458250437420.433111845707-0.2355581491150.001681159914740.517107570453-0.0961669181370.4689756315637.004171598937.0346878607-35.3545051356
125.17241749598-3.062087712950.1572650374447.802404740664.469649840683.479416048250.112924466639-0.4346863479750.249058095606-0.2599718625780.2542101431320.241124414741-0.201635909450.255115485548-0.4900133807810.596810854071-0.1820397310830.09536263870920.527172819891-0.08123372067920.28664858734128.502153229341.4861975697-38.035803024
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 27 through 89 )AA27 - 891 - 63
22chain 'A' and (resid 90 through 106 )AA90 - 10664 - 80
33chain 'A' and (resid 107 through 133 )AA107 - 13381 - 107
44chain 'A' and (resid 134 through 152 )AA134 - 152108 - 126
55chain 'A' and (resid 153 through 221 )AA153 - 221127 - 195
66chain 'B' and (resid 27 through 49 )BJ27 - 491 - 23
77chain 'B' and (resid 50 through 132 )BJ50 - 13224 - 106
88chain 'B' and (resid 133 through 165 )BJ133 - 165107 - 139
99chain 'B' and (resid 166 through 221 )BJ166 - 221140 - 195
1010chain 'E' and (resid 2 through 25 )ER2 - 251 - 24
1111chain 'E' and (resid 26 through 53 )ER26 - 5325 - 52
1212chain 'E' and (resid 54 through 92 )ER54 - 9253 - 91
1313chain 'E' and (resid 93 through 126 )ER93 - 12692 - 125
1414chain 'F' and (resid 2 through 17 )FT2 - 171 - 16
1515chain 'F' and (resid 18 through 61 )FT18 - 6117 - 58
1616chain 'F' and (resid 62 through 68 )FT62 - 6859 - 65
1717chain 'F' and (resid 69 through 126 )FT69 - 12666 - 123
1818chain 'D' and (resid 3 through 25 )DV3 - 251 - 23
1919chain 'D' and (resid 26 through 33 )DV26 - 3324 - 31
2020chain 'D' and (resid 34 through 126 )DV34 - 12632 - 124
2121chain 'C' and (resid 3 through 18 )CY3 - 181 - 16
2222chain 'C' and (resid 19 through 33 )CY19 - 3317 - 28
2323chain 'C' and (resid 34 through 126 )CY34 - 12629 - 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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