PDB-9h6l: Human B4GALNT1 in Complex with UDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9h6l

タイトル

Human B4GALNT1 in Complex with UDP

要素

Beta-1,4 N-acetylgalactosaminyltransferase 1

キーワード

TRANSFERASE / Glycosyltransferase / CAZy GT12 / Ganglioside Synthase / Glycosphingolipid Synthase / UDP Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

(N-acetylneuraminyl)-galactosylglucosylceramide N-acetylgalactosaminyltransferase / (N-acetylneuraminyl)-galactosylglucosylceramide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / acetylgalactosaminyltransferase activity / Glycosphingolipid biosynthesis / ganglioside biosynthetic process / glycosphingolipid metabolic process / nerve development / vacuole organization / lipid storage / : ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.674 Å

データ登録者

Welland, J.W.J. / Deane, J.E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Conformational dynamics and membrane insertion mechanism of B4GALNT1 in ganglioside synthesis.
著者: Welland, J.W.J. / Barrow, H.G. / Stansfeld, P.J. / Deane, J.E.

履歴

登録	2024年10月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9h6l.cif.gz	455.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9h6l.ent.gz	313.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9h6l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9h6l_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9h6l_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	9h6l_validation.xml.gz	39.7 KB	表示
CIF形式データ	9h6l_validation.cif.gz	51.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/9h6l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/9h6l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9h6jC 9h6kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (4) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (2) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#254 - 2021年2月
セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase)
類似性 (4)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (2)
#4 - 2000年4月
コラーゲン (Collagen)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)
#116 - 2009年8月
硫酸転移酵素 (Sulfotransferases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-1,4 N-acetylgalactosaminyltransferase 1

B: Beta-1,4 N-acetylgalactosaminyltransferase 1

ヘテロ分子

113 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.183, 133.527, 86.922
Angle α, β, γ (deg.)	90, 94.83, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Auth seq-ID: 51 - 533 / Label seq-ID: 17 - 499

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質

Beta-1,4 N-acetylgalactosaminyltransferase 1 / (N-acetylneuraminyl)-galactosylglucosylceramide / GM2/GD2 synthase / GalNAc-T

分子量: 55601.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B4GALNT1, GALGT, SIAT2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293-F / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q00973, (N-acetylneuraminyl)-galactosylglucosylceramide N-acetylgalactosaminyltransferase

#2: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 33分子

#3: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID 分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-BICINE, 30% w/v GOL_P4K (40% v/v Glycerol, 20% w/v PEG 4000), 0.2 M Sodium formate, 0.2 M Ammonium acetate, 0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.2 M Potassium sodium tartrate ...詳細: 0.1 M Tris-BICINE, 30% w/v GOL_P4K (40% v/v Glycerol, 20% w/v PEG 4000), 0.2 M Sodium formate, 0.2 M Ammonium acetate, 0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.2 M Sodium oxamate

結晶

マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.87 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-BICINE, 30% w/v GOL_P4K (40% v/v Glycerol, 20% w/v PEG 4000), 0.2 M Sodium formate, 0.2 M Ammonium acetate, 0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.2 M Potassium sodium tartrate ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.6199 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.6199 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.67→66.76 Å / Num. obs: 38565 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.127 / R_pim(I) all: 0.079 / R_rim(I) all: 0.15 / Χ²: 0.81 / Net I/σ(I): 8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
9.25-66.76	6.8	0.078	20.6	975	0.983	0.047	0.091	1.03	99.7
2.67-2.79	5.6	1.107	1.1	4442	0.477	0.784	1.363	0.6	94.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
DIALS		データ収集
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
ISOLDE		モデル構築
Coot		モデル構築
DIALS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.674→66.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 28.783 / SU ML: 0.257 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.533 / ESU R Free: 0.285 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2327	1897	4.951 %
R_work	0.1911	36420	-
all	0.193	-	-
obs	-	38317	99.023 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.968 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.466 Å²	0 Å²	-0.642 Å²
2-	-	0.389 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.707 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.674→66.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7184	0	138	27	7349

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	7501
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.006	1.827	10218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.956	5	912
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.538	5	74
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.609	10	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.397	10	340
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.127	0.2	1172
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5678
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	3139
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.318	0.2	5053
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	315
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.257	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.686	4.11	3668
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.926	7.37	4572
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.919	4.637	3833
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.122	8.291	5646
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.401	51.159	30926
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.104	0.05	14338

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10352	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10352	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.674-2.744	0.36	127	0.324	2384	0.326	2850	0.898	0.914	88.1053	0.323
2.744-2.819	0.3	127	0.287	2623	0.288	2758	0.951	0.944	99.7099	0.278
2.819-2.9	0.32	146	0.277	2575	0.28	2723	0.944	0.952	99.9266	0.263
2.9-2.989	0.262	104	0.245	2515	0.245	2620	0.958	0.964	99.9618	0.223
2.989-3.087	0.226	118	0.22	2421	0.22	2540	0.97	0.972	99.9606	0.197
3.087-3.195	0.237	148	0.198	2305	0.2	2453	0.963	0.977	100	0.176
3.195-3.316	0.289	107	0.208	2270	0.212	2377	0.946	0.974	100	0.186
3.316-3.451	0.24	115	0.189	2146	0.192	2261	0.965	0.98	100	0.173
3.451-3.604	0.24	116	0.186	2094	0.189	2211	0.966	0.981	99.9548	0.172
3.604-3.779	0.236	104	0.179	2010	0.181	2115	0.964	0.982	99.9527	0.166
3.779-3.983	0.226	101	0.166	1888	0.169	1989	0.971	0.976	100	0.155
3.983-4.223	0.183	99	0.154	1783	0.155	1883	0.977	0.987	99.9469	0.149
4.223-4.514	0.218	76	0.148	1684	0.151	1761	0.975	0.987	99.9432	0.15
4.514-4.874	0.236	76	0.145	1592	0.149	1668	0.97	0.988	100	0.153
4.874-5.336	0.184	83	0.163	1443	0.165	1526	0.982	0.984	100	0.17
5.336-5.961	0.261	76	0.204	1318	0.207	1394	0.958	0.978	100	0.212
5.961-6.874	0.247	60	0.208	1157	0.21	1217	0.968	0.977	100	0.223
6.874-8.397	0.225	46	0.181	1000	0.183	1046	0.97	0.98	100	0.202
8.397-11.782	0.186	45	0.163	764	0.164	809	0.982	0.985	100	0.189
11.782-66.76	0.236	23	0.302	448	0.299	476	0.976	0.944	98.9496	0.376

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1967	-0.0064	-0.3772	2.442	-0.1494	2.7181	0.0685	0.0953	-0.0024	-0.357	-0.0183	0.0956	0.1781	-0.103	-0.0502	0.105	0.0539	-0.0022	0.084	-0.0073	0.2036	-0.6745	-7.9098	34.3941
2	0.884	-0.0889	-0.1895	2.3077	0.7166	2.6696	0.055	0.0478	0.3031	-0.388	-0.0012	0.1107	-0.0488	0.0866	-0.0538	0.084	0.043	-0.0037	0.103	0.0341	0.2766	-2.0771	6.6652	33.6957

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	Ap	51 - 702
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	Bp	51 - 703

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

-
非ポリマー , 4種, 33分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

-非ポリマー , 4種, 33分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

-
非ポリマー , 4種, 33分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)