PDB-9h6j: Human B4GALNT1 Apo Structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9h6j

タイトル

Human B4GALNT1 Apo Structure

要素

Beta-1,4 N-acetylgalactosaminyltransferase 1

キーワード

TRANSFERASE / Glycosyltransferase / CAZy GT12 / Ganglioside Synthase / Glycosphingolipid Synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

(N-acetylneuraminyl)-galactosylglucosylceramide N-acetylgalactosaminyltransferase / (N-acetylneuraminyl)-galactosylglucosylceramide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / acetylgalactosaminyltransferase activity / Glycosphingolipid biosynthesis / ganglioside biosynthetic process / glycosphingolipid metabolic process / nerve development / vacuole organization / lipid storage / : ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.96 Å

データ登録者

Welland, J.W.J. / Deane, J.E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Conformational dynamics and membrane insertion mechanism of B4GALNT1 in ganglioside synthesis.
著者: Welland, J.W.J. / Barrow, H.G. / Stansfeld, P.J. / Deane, J.E.

履歴

登録	2024年10月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9h6j.cif.gz	432.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9h6j.ent.gz	305.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9h6j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9h6j_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9h6j_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9h6j_validation.xml.gz	38.8 KB	表示
CIF形式データ	9h6j_validation.cif.gz	49.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/9h6j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/9h6j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9h6kC 9h6lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-1,4 N-acetylgalactosaminyltransferase 1

B: Beta-1,4 N-acetylgalactosaminyltransferase 1

ヘテロ分子

112 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.463, 136.486, 87.427
Angle α, β, γ (deg.)	90, 96.076, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Auth seq-ID: 53 - 533 / Label seq-ID: 19 - 499

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質

Beta-1,4 N-acetylgalactosaminyltransferase 1 / (N-acetylneuraminyl)-galactosylglucosylceramide / GM2/GD2 synthase / GalNAc-T

分子量: 55601.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B4GALNT1, GALGT, SIAT2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293-F / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q00973, (N-acetylneuraminyl)-galactosylglucosylceramide N-acetylgalactosaminyltransferase

#2: 化合物

ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION

分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸

分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-BICINE, 30% w/v GOL_P4K (40% v/v Glycerol, 20% w/v PEG 4000), 0.2 M Sodium formate, 0.2 M Ammonium acetate, 0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.2 M Potassium sodium tartrate ...詳細: 0.1 M Tris-BICINE, 30% w/v GOL_P4K (40% v/v Glycerol, 20% w/v PEG 4000), 0.2 M Sodium formate, 0.2 M Ammonium acetate, 0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.2 M Sodium oxamate

結晶

マシュー密度: 3.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-BICINE, 30% w/v GOL_P4K (40% v/v Glycerol, 20% w/v PEG 4000), 0.2 M Sodium formate, 0.2 M Ammonium acetate, 0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.2 M Potassium sodium tartrate ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.6199 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.6199 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.94→136.49 Å / Num. obs: 30064 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.112 / R_pim(I) all: 0.069 / R_rim(I) all: 0.131 / Χ²: 0.94 / Net I/σ(I): 9.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
9.3-136.49	6.8	0.025	45	987	1	0.016	0.03	0.66	99.9
2.94-3.1	7.2	1.61	1.1	4363	0.521	0.983	1.89	0.87	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DIALS		データ収集
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
ISOLDE		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.96→86.936 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 46.293 / SU ML: 0.366 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.387 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254	1456	4.979 %
R_work	0.2019	27784	-
all	0.205	-	-
obs	-	29240	99.236 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 118.931 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.023 Å²	0 Å²	1.464 Å²
2-	-	-0.81 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.514 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.96→86.936 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7015	0	38	14	7067

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	7210
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.87	1.825	9808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.094	5	888
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.478	5	72
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.054	10	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.786	10	334
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	1117
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5500
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	2905
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	4869
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	210
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.25	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.653	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.953	6.671	3578
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.447	11.984	4456
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.378	6.96	3632
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	12.206	12.635	5352
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	16.317	82.307	29350
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.105	0.05	13863

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10526	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10526	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.96-3.037	0.385	85	0.355	1890	0.356	2193	0.889	0.921	90.0593	0.35
3.037-3.12	0.301	99	0.293	2009	0.294	2108	0.939	0.945	100	0.281
3.12-3.21	0.315	122	0.266	1917	0.269	2039	0.943	0.957	100	0.249
3.21-3.309	0.31	89	0.252	1913	0.255	2002	0.943	0.962	100	0.23
3.309-3.417	0.301	100	0.24	1814	0.243	1914	0.939	0.967	100	0.214
3.417-3.537	0.243	105	0.199	1787	0.201	1892	0.964	0.978	100	0.177
3.537-3.67	0.276	80	0.199	1709	0.202	1790	0.952	0.979	99.9441	0.177
3.67-3.82	0.253	102	0.177	1660	0.181	1762	0.964	0.983	100	0.159
3.82-3.989	0.245	70	0.177	1604	0.18	1674	0.967	0.984	100	0.162
3.989-4.184	0.287	86	0.186	1501	0.191	1587	0.954	0.982	100	0.171
4.184-4.409	0.265	71	0.185	1458	0.189	1529	0.965	0.981	100	0.173
4.409-4.676	0.26	63	0.186	1376	0.189	1439	0.961	0.98	100	0.171
4.676-4.998	0.28	65	0.175	1282	0.18	1347	0.956	0.981	100	0.16
4.998-5.397	0.242	69	0.203	1190	0.205	1259	0.97	0.977	100	0.187
5.397-5.91	0.265	68	0.221	1102	0.223	1170	0.96	0.975	100	0.203
5.91-6.603	0.255	51	0.208	996	0.211	1047	0.971	0.977	100	0.192
6.603-7.618	0.235	46	0.185	892	0.187	938	0.97	0.981	100	0.175
7.618-9.312	0.188	38	0.176	756	0.177	794	0.979	0.982	100	0.166
9.312-13.094	0.165	31	0.167	584	0.167	615	0.982	0.984	100	0.156
13.094-86.936	0.301	16	0.28	343	0.281	360	0.954	0.947	99.7222	0.27

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3207	-0.191	-0.5077	2.7314	0.1204	2.6254	0.1618	0.1889	0.0476	-0.5245	-0.0928	0.0197	0.2449	-0.0042	-0.0689	0.1898	0.0732	0.0382	0.0531	0.0353	0.4847	-1.1728	-6.3899	34.4704
2	1.7349	-0.3014	-0.1342	2.6578	0.6494	2.7841	0.0747	0.1209	0.4057	-0.4983	-0.0514	-0.0012	0.0495	0.2158	-0.0233	0.1049	0.0262	0.004	0.0372	0.0839	0.5194	-2.7858	8.0331	33.4394

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	53 - 701
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	53 - 701

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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