PDB-9h4u: Deacetylase FI8 utilizes unconventional variant of a catalytic tr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9h4u

タイトル

Deacetylase FI8 utilizes unconventional variant of a catalytic triad: the diluted triad

要素

Carbohydrate esterase FI8

キーワード

HYDROLASE / CE20 clan / deacetylase

機能・相同性

DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL

機能・相同性情報

生物種

Flavimarina sp. HEL_I_48 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.541 Å

データ登録者

Palm, G.J. / Lammers, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Insights into a water-mediated catalytic triad architecture in CE20 carbohydrate esterases.
著者: Teune, M. / Vieira, P.S. / Dohler, T. / Palm, G.J. / Dutschei, T. / Bartosik, D. / Berndt, L. / Persinoti, G.F. / Maass, S. / Becher, D. / Schweder, T. / Murakami, M.T. / Lammers, M. / Bornscheuer, U.T.

履歴

登録	2024年10月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年9月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9h4u.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9h4u.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9h4u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9h4u_validation.pdf.gz	476.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9h4u_full_validation.pdf.gz	489.7 KB	表示
XML形式データ	9h4u_validation.xml.gz	65.7 KB	表示
CIF形式データ	9h4u_validation.cif.gz	94.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/9h4u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/9h4u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9egaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Carbohydrate esterase FI8

B: Carbohydrate esterase FI8

ヘテロ分子

147 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Carbohydrate esterase FI8

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
73.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Carbohydrate esterase FI8

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
73.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.663, 120.04, 141.548
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Carbohydrate esterase FI8 分子量: 72495.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Flavimarina sp. HEL_I_48 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: acetylesterase

-
非ポリマー , 5種, 1117分子

#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1095 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Crystallization condition: 0.3 uL protein solution (9.3 mg/mL protein) and 0.3 uL well solution (0.2 M Ca-acetate, 0.1 M Na-cacodylate pH 6.5, 18% PEG8000). Cryo condition: 0.2 M Ca-acetate, ...詳細: Crystallization condition: 0.3 uL protein solution (9.3 mg/mL protein) and 0.3 uL well solution (0.2 M Ca-acetate, 0.1 M Na-cacodylate pH 6.5, 18% PEG8000). Cryo condition: 0.2 M Ca-acetate, 0.1 M Na-cacodylate, 22% PEG8000, 8% PEG400.

結晶

マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 57 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Crystallization condition: 0.3 uL protein solution (9.3 mg/mL protein) and 0.3 uL well solution (0.2 M Ca-acetate, 0.1 M Na-cacodylate pH 6.5, 18% PEG8000). Cryo condition: 0.2 M Ca-acetate, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→50 Å / Num. obs: 2930895 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.5 % / B_iso Wilson estimate: 31.6 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.107 / R_sym value: 0.103 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 1.54→1.63 Å / 冗長度: 9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.78 / Num. unique obs: 274588 / CC_1/2: 0.396 / R_rim(I) all: 2.19 / R_sym value: 2.07 / % possible all: 78.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS	10. Jan 2022	データ削減
XDS	10. Jan 2022	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.541→48.378 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 3.475 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.073 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2009	11957	5.151 %
R_work	0.1697	220154	-
all	0.171	-	-
obs	-	232111	95.955 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.865 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.956 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.331 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.374 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.541→48.378 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9932	0	111	1095	11138

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	10562
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	9887
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.813	1.814	14369
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.634	1.77	22839
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.979	5	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.995	5	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.833	10	1781
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.081	10	509
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1512
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	12645
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2471
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	1892
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	9129
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	5099
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	5500
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	793
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.17	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.259	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.263	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.369	2.421	5091
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.369	2.421	5091
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.283	4.341	6389
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.283	4.341	6390
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.959	2.867	5471
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.959	2.867	5472
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.063	5.032	7952
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.063	5.032	7953
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.675	27.629	12091
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.576	26.078	11791

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.541-1.581	0.358	463	0.355	7820	0.355	17693	0.885	0.889	46.8151	0.358
1.581-1.624	0.305	907	0.295	16101	0.296	17301	0.925	0.926	98.3065	0.294
1.624-1.671	0.274	836	0.26	15982	0.261	16843	0.941	0.946	99.8516	0.253
1.671-1.723	0.272	881	0.24	15399	0.242	16283	0.948	0.957	99.9816	0.228
1.723-1.779	0.246	856	0.215	15000	0.217	15858	0.96	0.968	99.9874	0.198
1.779-1.842	0.227	770	0.2	14599	0.202	15369	0.966	0.973	100	0.181
1.842-1.911	0.217	738	0.182	14063	0.184	14803	0.969	0.978	99.9865	0.164
1.911-1.989	0.218	734	0.174	13521	0.176	14257	0.969	0.98	99.986	0.157
1.989-2.077	0.214	711	0.172	12988	0.174	13701	0.972	0.981	99.9854	0.156
2.077-2.178	0.2	656	0.162	12492	0.164	13148	0.976	0.984	100	0.151
2.178-2.296	0.2	628	0.158	11838	0.16	12467	0.976	0.985	99.992	0.149
2.296-2.435	0.199	591	0.157	11216	0.159	11809	0.976	0.985	99.9831	0.15
2.435-2.602	0.186	602	0.156	10543	0.158	11145	0.977	0.985	100	0.152
2.602-2.81	0.181	541	0.148	9855	0.15	10398	0.981	0.987	99.9808	0.149
2.81-3.077	0.186	482	0.162	9122	0.163	9604	0.979	0.984	100	0.167
3.077-3.439	0.212	433	0.178	8280	0.179	8713	0.975	0.984	100	0.187
3.439-3.968	0.189	367	0.155	7327	0.156	7695	0.981	0.987	99.987	0.171
3.968-4.851	0.153	328	0.128	6255	0.129	6586	0.987	0.991	99.9545	0.15
4.851-6.826	0.183	285	0.161	4895	0.162	5180	0.988	0.99	100	0.185
6.826-48.378	0.216	148	0.194	2859	0.195	3033	0.976	0.978	99.1428	0.232

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2666	-0.0977	0.0047	0.1094	0.0336	0.023	-0.0352	-0.0693	-0.0745	-0.0188	0.0236	0.04	-0.015	0.0089	0.0117	0.0192	0.0128	0.0057	0.0405	0.0301	0.0286	26.1118	12.1769	22.0915
2	0.0648	-0.0042	0.0727	0.0668	0.0346	0.1397	0.0137	0.0391	-0.0274	0.0251	-0.0104	0.0172	0.0177	0.0161	-0.0033	0.0149	0.0086	-0.0031	0.0395	-0.0293	0.0226	-17.3562	-3.9135	-12.1453

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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