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- PDB-9ega: Crystal Structure of a CE20 carbohydrate acetylesterase from Pedo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ega
タイトルCrystal Structure of a CE20 carbohydrate acetylesterase from Pedobacter psychrotolerans (PpCE20_II), with ancillary domain
要素Sialate O-acetylesterase
キーワードHYDROLASE / Esterase / Carbohydrate / Polysaccharide / Multimodular
機能・相同性
機能・相同性情報


sialate O-acetylesterase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Sialate O-acetylesterase / Sialate O-acetylesterase domain / Carbohydrate esterase, sialic acid-specific acetylesterase / SGNH hydrolase superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / phenylmethanesulfonic acid / Sialate O-acetylesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Pedobacter psychrotolerans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Vieira, P.S. / Morais, M.A.B. / Murakami, M.T.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)16/06509-0 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)15/26982-0 ブラジル
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Insights into a water-mediated catalytic triad architecture in CE20 carbohydrate esterases.
著者: Teune, M. / Vieira, P.S. / Dohler, T. / Palm, G.J. / Dutschei, T. / Bartosik, D. / Berndt, L. / Persinoti, G.F. / Maass, S. / Becher, D. / Schweder, T. / Murakami, M.T. / Lammers, M. / Bornscheuer, U.T.
履歴
登録2024年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sialate O-acetylesterase
B: Sialate O-acetylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,8057
ポリマ－145,2622
非ポリマー5435
水33,0761836
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.134, 125.135, 108.688
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Sialate O-acetylesterase


分子量: 72630.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PMSF-covalently modified Expressed construction starts at residue number 24 from original primary sequence
由来: (組換発現) Pedobacter psychrotolerans (バクテリア)
遺伝子: EV200_102244 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): SHuffle / 参照: UniProt: A0A4R2HIK5
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PMS / phenylmethanesulfonic acid / ベンゼンメタンスルホン酸


分子量: 172.202 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H8O3S
由来: (組換発現) Pedobacter psychrotolerans (バクテリア)
遺伝子: EV200_102244 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): SHuffle
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1836 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 150 mmol/L DL-malate dissodic, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 314320 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.69 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.64
反射 シェル解像度: 1.35→1.43 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.27 / Num. unique obs: 48928 / CC1/2: 0.599

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.35→49.72 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 34.85 / 位相誤差: 22.1 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1918 15779 5.02 %
Rwork0.1589 --
obs0.1658 314310 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→49.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9960 0 32 1836 11828
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00510326
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80314015
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.173846
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0841468
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051813
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.370.33917400.325214053X-RAY DIFFRACTION89
1.37-1.40.33287560.29314367X-RAY DIFFRACTION91
1.4-1.430.28437670.26814570X-RAY DIFFRACTION92
1.43-1.450.26847800.253114828X-RAY DIFFRACTION94
1.45-1.490.25857880.23514975X-RAY DIFFRACTION95
1.49-1.520.22327930.22515055X-RAY DIFFRACTION95
1.52-1.560.20787920.208115056X-RAY DIFFRACTION95
1.56-1.60.22457900.202515012X-RAY DIFFRACTION95
1.6-1.650.22337890.193214990X-RAY DIFFRACTION95
1.65-1.70.21527920.19315050X-RAY DIFFRACTION95
1.7-1.760.20487900.184714999X-RAY DIFFRACTION95
1.76-1.830.20247880.18114969X-RAY DIFFRACTION95
1.83-1.920.19827910.176415035X-RAY DIFFRACTION95
1.92-2.020.19787960.176615125X-RAY DIFFRACTION95
2.02-2.140.19587900.175815010X-RAY DIFFRACTION95
2.14-2.310.19057910.170215037X-RAY DIFFRACTION95
2.31-2.540.19297950.169515093X-RAY DIFFRACTION95
2.54-2.910.19717920.156915048X-RAY DIFFRACTION95
2.91-3.660.18997930.139415067X-RAY DIFFRACTION95
3.66-49.720.15868030.114815255X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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