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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h3d
タイトルF-ENA exosporium anchoring complex between ExsF and a peptide derived from the N-terminus of F-Anchor
要素
  • DUF4183 domain-containing protein
  • Exosporium protein ExsF
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Endospore appendage / ENA / Bacillus / fiber / ExsF / BclA / F-ENA
機能・相同性Domain of unknown function DUF4183 / Domain of unknown function (DUF4183) / : / Leader peptide, exosporium / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / DUF4183 domain-containing protein / :
機能・相同性情報
生物種Bacillus thuringiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Sogues, A. / Sleutel, M. / Remaut, H.
資金援助European Union, 2件
組織認可番号国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 709-2021European Union
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionSLYDIVEuropean Union
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM analysis of the extrasporal matrix identifies F-ENA as a widespread family of endospore appendages across the Firmicutes phylum.
著者: Mike Sleutel / Adrià Sogues / Nani Van Gerven / Unni Lise Jonsmoen / Inge Van Molle / Marcus Fislage / Laurent Dirk Theunissen / Nathan F Bellis / Diana P Baquero / Edward H Egelman / Mart ...著者: Mike Sleutel / Adrià Sogues / Nani Van Gerven / Unni Lise Jonsmoen / Inge Van Molle / Marcus Fislage / Laurent Dirk Theunissen / Nathan F Bellis / Diana P Baquero / Edward H Egelman / Mart Krupovic / Fengbin Wang / Marina Aspholm / Han Remaut /
要旨: For over 100 years, (Bt) has been used as an agricultural biopesticide to control pests caused by insect species in the orders of Lepidoptera, Diptera and Coleoptera. Under nutrient starvation, Bt ...For over 100 years, (Bt) has been used as an agricultural biopesticide to control pests caused by insect species in the orders of Lepidoptera, Diptera and Coleoptera. Under nutrient starvation, Bt cells differentiate into spores and associated toxin crystals that can adopt biofilm-like aggregates. We reveal that such Bt spore/toxin biofilms are embedded in a fibrous extrasporal matrix (ESM), and using cryoID, we resolved the structure and molecular identity of an uncharacterized type of pili, referred to here as Fibrillar ENdospore Appendages or 'F-ENA'. F-ENA are monomolecular protein polymers tethered to the exosporium of Bt and are decorated with a flexible tip fibrillum. Phylogenetic analysis reveals that F-ENA is widespread not only in the class Bacilli, but also in the class Clostridia, and the cryoEM structures of F-ENA filaments from and reveal subunits with a generic head-neck domain structure, where the β-barrel neck of variable length latch onto a preceding head domain through short N-terminal hook peptides. In , two collagen-like proteins (CLP) respectively tether F-ENA to the exosporium (F-Anchor), or constitute the tip fibrillum at the distal terminus of F-ENA (F-BclA). Sedimentation assays point towards F-ENA involvement in spore-spore clustering, likely mediated via F-BclA contacts and F-ENA bundling through the antiparallel interlocking of the head-neck units.
履歴
登録2024年10月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUF4183 domain-containing protein
B: DUF4183 domain-containing protein
C: DUF4183 domain-containing protein
D: Exosporium protein ExsF
E: Exosporium protein ExsF
F: Exosporium protein ExsF
G: DUF4183 domain-containing protein
H: DUF4183 domain-containing protein
I: DUF4183 domain-containing protein
J: Exosporium protein ExsF
K: Exosporium protein ExsF
L: Exosporium protein ExsF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,38812
ポリマ－110,38812
非ポリマー00
水13,349741
1
A: DUF4183 domain-containing protein
B: DUF4183 domain-containing protein
C: DUF4183 domain-containing protein
D: Exosporium protein ExsF
E: Exosporium protein ExsF
F: Exosporium protein ExsF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1946
ポリマ－55,1946
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12240 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area15170 Å2
手法PISA
2
G: DUF4183 domain-containing protein
H: DUF4183 domain-containing protein
I: DUF4183 domain-containing protein
J: Exosporium protein ExsF
K: Exosporium protein ExsF
L: Exosporium protein ExsF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1946
ポリマ－55,1946
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11630 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area15110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.292, 91.809, 99.931
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.567, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
DUF4183 domain-containing protein


分子量: 2226.523 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacillus thuringiensis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A643M7W3
#2: タンパク質
Exosporium protein ExsF


分子量: 16171.468 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア)
遺伝子: exsF, REY75_14105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AAP5G885
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 741 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.1 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 6% w/v PEG3350, 0.15 M Sodium Chloride and 4M Potassium iodide

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50.25 Å / Num. obs: 69027 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6 % / Rpim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 1.92→10 Å / Num. unique obs: 3362 / Rpim(I) all: 0.969

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
PHASER位相決定
autoPROCデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.92→50.25 Å / SU ML: 0.2281 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.425
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2158 3363 4.93 %
Rwork0.1843 64912 -
obs0.1859 68275 98.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→50.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7144 0 0 741 7885
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00697301
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.847110058
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06291267
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00771318
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.81812597
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.92-1.950.37021080.33892380X-RAY DIFFRACTION86.6
1.95-1.980.3261310.31162455X-RAY DIFFRACTION90.51
1.98-2.010.30741370.29372613X-RAY DIFFRACTION97.21
2.01-2.040.30481670.28192704X-RAY DIFFRACTION99.38
2.04-2.080.33711380.27082707X-RAY DIFFRACTION99.55
2.08-2.110.29031430.25442741X-RAY DIFFRACTION99.72
2.11-2.160.28591590.24242719X-RAY DIFFRACTION99.9
2.16-2.20.25481480.24842683X-RAY DIFFRACTION99.93
2.2-2.250.28391310.24222766X-RAY DIFFRACTION99.83
2.25-2.30.2921250.21742741X-RAY DIFFRACTION99.72
2.3-2.360.27241320.21652704X-RAY DIFFRACTION99.93
2.36-2.420.23551330.22122769X-RAY DIFFRACTION99.86
2.42-2.490.28271520.21432700X-RAY DIFFRACTION99.82
2.49-2.570.23651470.2012733X-RAY DIFFRACTION99.93
2.57-2.660.27211320.19162729X-RAY DIFFRACTION99.9
2.66-2.770.21281350.17652738X-RAY DIFFRACTION99.97
2.77-2.90.21081110.17762746X-RAY DIFFRACTION99.83
2.9-3.050.19691390.17942753X-RAY DIFFRACTION99.93
3.05-3.240.22341600.17722728X-RAY DIFFRACTION99.93
3.24-3.490.19791590.1552724X-RAY DIFFRACTION99.97
3.49-3.840.20521420.15432742X-RAY DIFFRACTION99.93
3.84-4.40.14631390.12892761X-RAY DIFFRACTION100
4.4-5.540.14031560.11912757X-RAY DIFFRACTION99.93
5.54-50.250.14461390.15082819X-RAY DIFFRACTION99.73
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.1329569815 Å / Origin y: 0.508446408105 Å / Origin z: 60.6588811399 Å
111213212223313233
T0.195833808037 Å20.000942166900476 Å2-0.0360174415537 Å2-0.0880285727865 Å20.00621162954854 Å2--0.134257739871 Å2
L0.177716669252 °2-0.00431924062053 °20.0507373772038 °2-0.890604485197 °20.0316388347109 °2--0.475279558849 °2
S0.0132784969874 Å °-0.0278619726708 Å °-0.0254926104663 Å °0.340232021639 Å °0.0210955328939 Å °-0.08093182975 Å °0.0290317995784 Å °0.036067015057 Å °-0.0115766493453 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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