PDB-9h38: C-terminal domain of the F-ENA tip fibrillum F-BclA from Bacillus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9h38

タイトル

C-terminal domain of the F-ENA tip fibrillum F-BclA from Bacillus thuringiensis

要素

Flagellar hook-length control protein FliK

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Spore appendage / ENA / BclA / F-ENA / Bacillus thuringiensis

機能・相同性

Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Flagellar hook-length control protein FliK

機能・相同性情報

生物種

Bacillus thuringiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Sogues, A. / Sleutel, M. / Remaut, H.

資金援助

European Union, 2件

引用

ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM analysis of the extrasporal matrix identifies F-ENA as a widespread family of endospore appendages across the Firmicutes phylum.
著者: Mike Sleutel / Adrià Sogues / Nani Van Gerven / Unni Lise Jonsmoen / Inge Van Molle / Marcus Fislage / Laurent Dirk Theunissen / Nathan F Bellis / Diana P Baquero / Edward H Egelman / Mart ...
要旨: For over 100 years, (Bt) has been used as an agricultural biopesticide to control pests caused by insect species in the orders of Lepidoptera, Diptera and Coleoptera. Under nutrient starvation, Bt ...

履歴

登録	2024年10月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9h38.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9h38.ent.gz	894.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9h38.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/9h38 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/9h38	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	52523C 52564C 52650C 9h3dC 9hzeC 9i0yC 9i65C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Flagellar hook-length control protein FliK

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ヘテロ分子

323 kDa, 21 ポリマー
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1

A: Flagellar hook-length control protein FliK

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根拠: gel filtration
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2

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3

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4

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5

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6

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7

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T: Flagellar hook-length control protein FliK

U: Flagellar hook-length control protein FliK

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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.826, 113.486, 113.599
Angle α, β, γ (deg.)	60.110, 89.190, 86.360
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	... Flagellar hook-length control protein FliK 分子量: 15367.842 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア) 遺伝子: BK775_04930 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A9X6QBI1
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1816 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.44 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 6% w/v PEG3350, 0.15 M Sodium Chloride and 4M Potassium iodide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98011 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→49.24 Å / Num. obs: 128674 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 12.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 4.9
反射シェル	解像度: 2.292→2.292 Å / Num. unique obs: 8218 / R_pim(I) all: 0.423 / R_rim(I) all: 0.617

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4459	精密化
autoPROC		data processing

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.29→49.24 Å / SU ML: 0.2864 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.5101
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2418	6370	4.95 %
R_work	0.1854	122290	-
obs	0.1882	128660	92.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→49.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20903	0	46	1816	22765

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	21294
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8614	29158
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	3685
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0057	3781
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.7641	3000

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.29-2.32	0.3142	90	0.2412	2026	X-RAY DIFFRACTION	44.98
2.32-2.34	0.257	145	0.2054	2721	X-RAY DIFFRACTION	62.43
2.34-2.37	0.3089	178	0.2135	3057	X-RAY DIFFRACTION	68.9
2.37-2.4	0.2681	164	0.2148	3329	X-RAY DIFFRACTION	75.95
2.4-2.44	0.2872	170	0.2188	3593	X-RAY DIFFRACTION	81.79
2.44-2.47	0.3017	168	0.2191	3940	X-RAY DIFFRACTION	86.32
2.47-2.5	0.2728	160	0.2155	3959	X-RAY DIFFRACTION	90.37
2.5-2.54	0.302	160	0.2039	4172	X-RAY DIFFRACTION	92.96
2.54-2.58	0.2654	189	0.2065	4195	X-RAY DIFFRACTION	93.88
2.58-2.62	0.267	224	0.207	4219	X-RAY DIFFRACTION	96.34
2.62-2.67	0.274	236	0.2135	4347	X-RAY DIFFRACTION	98.03
2.67-2.72	0.2827	232	0.2263	4327	X-RAY DIFFRACTION	98.19
2.72-2.77	0.2867	270	0.2148	4335	X-RAY DIFFRACTION	97.98
2.77-2.83	0.2946	215	0.2032	4282	X-RAY DIFFRACTION	98.45
2.83-2.89	0.2962	202	0.2042	4413	X-RAY DIFFRACTION	98.48
2.89-2.95	0.2521	238	0.1996	4299	X-RAY DIFFRACTION	98.57
2.95-3.03	0.2697	239	0.1932	4357	X-RAY DIFFRACTION	98.54
3.03-3.11	0.2596	226	0.1877	4364	X-RAY DIFFRACTION	98.58
3.11-3.2	0.2467	209	0.1882	4352	X-RAY DIFFRACTION	98.62
3.2-3.3	0.2526	226	0.1817	4384	X-RAY DIFFRACTION	98.8
3.3-3.42	0.2476	202	0.1798	4402	X-RAY DIFFRACTION	98.59
3.42-3.56	0.1957	222	0.1637	4380	X-RAY DIFFRACTION	98.73
3.56-3.72	0.2326	268	0.1632	4300	X-RAY DIFFRACTION	99.15
3.72-3.92	0.2081	304	0.1678	4291	X-RAY DIFFRACTION	98.48
3.92-4.16	0.2021	240	0.1628	4361	X-RAY DIFFRACTION	99.5
4.16-4.48	0.199	293	0.1473	4342	X-RAY DIFFRACTION	99.12
4.49-4.94	0.1982	189	0.152	4398	X-RAY DIFFRACTION	98.94
4.94-5.65	0.1949	242	0.1653	4376	X-RAY DIFFRACTION	99.59
5.65-7.11	0.2135	277	0.1734	4352	X-RAY DIFFRACTION	99.44
7.11-49.24	0.2196	192	0.1798	4417	X-RAY DIFFRACTION	99.5

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.540253199245	-0.262939029601	-0.162080246931	0.753320917132	-0.0521639203182	0.479315404949	-0.0166387904975	-0.0227642194775	-0.0511997640268	0.044204315326	0.00776018450358	0.0400956771701	-0.0481017118294	-0.0302431785157	0.0126635653414	0.063749558313	-0.0130541836037	0.0177587328764	0.0110603554841	-0.0219983482018	0.0669127057799	2.08298289183	-33.42843604	-16.6830676524
2	0.255283576905	-0.15621201806	-0.0238755291438	0.379377308767	-0.0892697792458	0.482095542805	-0.0439347851262	-0.0317614046907	0.0014256281259	-0.0405597358834	-0.0154767527645	0.00718553202749	-0.0101739727819	0.0276129778855	0.0371754291526	0.0410138207789	-0.0308056660984	-0.0159101889021	0.0406023473581	-0.00409030033798	0.0380689677767	3.749880665	-7.17012452827	-10.9934440181
3	0.122422391229	-0.108265950066	-0.0221036257328	0.360477587309	0.0746579445946	0.367792161743	-0.0321399689097	-0.0340896382924	0.0318082643526	0.113261895315	0.0062397832407	-0.0843540095276	-0.0231486363951	0.119556727682	0.0186768425357	0.136081762019	-0.0100324445994	-0.0482197028876	0.0664619071855	0.0149006636162	0.0470787630226	7.25486635106	-3.00491258443	10.2813267603
4	0.026550182558	-0.0790481910594	0.0469048877163	0.277375429018	-0.00341031512035	0.543134449856	-0.0423902458673	-0.0641429508421	0.0749886310811	0.138688344295	0.0467185413248	-0.058543424841	-0.167006047735	0.0135513635631	0.00667635894384	0.150232522913	0.0152728177697	-0.052580939035	0.042968771745	-0.0164614458385	0.0648707890602	-0.512870545497	12.7462110562	-2.86126790555
5	0.265031241579	-0.0594613505425	-0.143499591132	0.471125680717	-0.175030581694	0.372499336384	-0.010716074783	-0.0465170914902	0.024893679859	-0.0937824928757	0.0150660694752	-0.0686303763346	0.060366955198	-0.0137171456502	-0.00392519204799	0.0575870484057	-0.0101103445192	0.0206042039402	0.041241913004	-0.0181160147998	0.0738535686512	4.79657785882	-54.1028289874	-23.272461606
6	0.0996643847677	0.0245106874758	-0.0453230620941	0.424167907402	0.0850783191275	0.350656069718	-0.0308373751266	-0.050157063564	-0.0805346258287	0.121547608832	0.0244618646529	0.0880885093332	0.0416262620269	-0.102095872775	0.0164867160357	0.0737270162984	0.0047951428013	0.0568620298819	0.0755511443625	0.000701855605039	0.113377219746	-4.00674237059	-49.9361887499	-3.6934740978
7	0.13482606718	0.0478553221253	-0.0503423073634	0.427907835711	-0.036438713861	0.196051547155	-0.0341241548991	-0.0209245597477	0.0333325062084	0.0490771551657	-0.00140166505239	-0.107281722411	-0.0386516379894	0.0871158928765	0.0163660600018	0.0278483121522	-0.0153882694304	-0.0199518374285	0.110873832484	0.00614526537907	0.0545242153532	10.8553385995	-10.8410803636	53.7940081888
8	0.201301654425	0.0794744262682	-0.0541459397184	0.371255709866	0.0362641806951	0.370285388139	-0.0260755247597	0.0620169152411	-0.0184395708367	-0.137958120958	-0.00663039156861	-0.0825911836109	0.00395519933598	0.064805228794	0.0195955583407	0.0936518011099	0.00611277878874	0.0294743818304	0.0953912344269	0.0206989143254	0.0417012227265	10.8708293265	-15.5597591351	32.3838431824
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21	0.545336123096	-0.133678233124	-0.0202743360691	0.957643672813	0.258521544006	1.46679501973	-0.0645351852489	0.0846454052069	-0.00975935177078	-0.193585372908	-0.123497253815	0.647226216244	-0.113933536287	-0.516489291041	0.155574116509	0.373589723913	0.0800972092706	-0.110156095524	0.38400125959	-0.0962750875809	0.58464417195	-32.6300835311	19.5966361023	24.9932748797

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain A and resseq 40:201)	A	A - B	40 - 201	1
2	2	(chain B and resseq 43:179)	B	C	43 - 179	1 - 137
3	3	(chain C and resseq 43:201)	C	D - E	43 - 201	1
4	4	(chain D and resseq 43:201)	D	F - G	43 - 201	1
5	5	(chain E and resseq 43:201)	E	H - I	43 - 201	1
6	6	(chain F and resseq 43:201)	F	J - K	43 - 201	1
7	7	(chain G and resseq 43:179)	G	L - N	43 - 179	1
8	8	(chain H and resseq 43:179)	H	O	43 - 179	1 - 137
9	9	(chain I and resseq 43:179)	I	P	43 - 179	1 - 137
10	10	(chain J and resseq 40:179)	J	Q	40 - 179	1 - 140
11	11	(chain K and resseq 41:179)	K	R	41 - 179	1 - 139
12	12	(chain L and resseq 39:179)	L	S	39 - 179	1 - 140
13	13	(chain M and resseq 44:178)	M	T	44 - 178	1 - 135
14	14	(chain N and resseq 43:201)	N	U - V	43 - 201	1
15	15	(chain O and resseq 43:179)	O	W	43 - 179	1 - 137
16	16	(chain P and resseq 40:179)	P	X	40 - 179	1 - 140
17	17	(chain Q and resseq 41:179)	Q	Y	41 - 179	1 - 139
18	18	(chain R and resseq 39:179)	R	Z	39 - 179	1 - 141
19	19	(chain S and resseq 43:179)	S	AA - BA	43 - 179	1
20	20	(chain T and resseq 42:179)	T	CA	42 - 179	1 - 138
21	21	(chain U and resseq 42:179)	U	DA	42 - 179	1 - 138

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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