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- PDB-9h3a: Crystal structure of Lotus japonicus CHIP13 extracellular domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h3a
タイトルCrystal structure of Lotus japonicus CHIP13 extracellular domain in complex with chitooctaose
要素LysM type receptor kinase
キーワードPLANT PROTEIN / Chitin / receptor kinase / plant immunity / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein kinase activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / : / NFP/LYK LysM1 domain / LYK4/5 LysM3 domain / LYK3/4/5 LysM2 domain / : / Lysin motif / LysM domain profile. / LysM domain ...: / : / : / NFP/LYK LysM1 domain / LYK4/5 LysM3 domain / LYK3/4/5 LysM2 domain / : / Lysin motif / LysM domain profile. / LysM domain / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
LysM type receptor kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Lotus japonicus (エボシグサ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Gysel, K. / Andersen, K.R.
資金援助 デンマーク, 3件
組織認可番号国
The Carlsberg FoundationCF21-0139 デンマーク
Danish Council for Independent Research3103-00137B デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF21OC0071300 デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for size-selective perception of chitin in plants
著者: Gysel, K. / Hansen, S.B. / Ruebsam, H. / Alsarraf, H.M.A.B. / Madland, E. / Cheng, J.X.J. / Baadegaard, C. / Poulsen, E.C. / Vinther, M. / Fort, S. / Stougaard, J. / Andersen, K.R.
履歴
登録2024年10月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LysM type receptor kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8146
ポリマ－25,0091
非ポリマー2,8065
水6,864381
1
ヘテロ分子

ヘテロ分子

A: LysM type receptor kinase
ヘテロ分子

A: LysM type receptor kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,62912
ポリマ－50,0172
非ポリマー5,61110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1,y,-z-11
crystal symmetry operation3_444x-1/2,y-1/2,z-11
crystal symmetry operation4_445-x-1/2,y-1/2,-z1
Buried area6290 Å2
ΔGint40 kcal/mol
Surface area25280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.750, 45.550, 75.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.261, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-475-

HOH

21A-657-

HOH

31A-756-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 LysM type receptor kinase


分子量: 25008.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lotus japonicus (エボシグサ) / 株: Gifu / 遺伝子: LYS13 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: D3KU00

-
糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1643.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1-1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 382分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.69 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2M Ammonium chloride 20% w/vPEG 3350 1 mM octa-N-acetyl-chitooctaose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→39.45 Å / Num. obs: 110107 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 29.03 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 15.04
反射 シェル解像度: 1.35→1.39 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.32 / Num. unique obs: 4354 / CC1/2: 0.51 / Rrim(I) all: 8.77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.35→39.45 Å / SU ML: 0.3247 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.3385
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1913 2462 4.41 %
Rwork0.1529 53350 -
obs0.1546 55812 94.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→39.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1754 0 189 381 2324
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01592061
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5652838
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1113368
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0124351
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3171970
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.381.58741221.74372630X-RAY DIFFRACTION84.11
1.38-1.40.85331330.82292856X-RAY DIFFRACTION90.96
1.4-1.430.51741290.45562832X-RAY DIFFRACTION92.39
1.43-1.470.38871360.31172951X-RAY DIFFRACTION93.04
1.47-1.50.34821330.2922903X-RAY DIFFRACTION93.82
1.5-1.550.32681360.28632949X-RAY DIFFRACTION94.05
1.55-1.590.26521370.19042938X-RAY DIFFRACTION94.41
1.59-1.640.21811370.14732965X-RAY DIFFRACTION95.01
1.64-1.70.18761370.13292961X-RAY DIFFRACTION95.18
1.7-1.770.19551390.12753007X-RAY DIFFRACTION95.22
1.77-1.850.17021380.12322974X-RAY DIFFRACTION94.96
1.85-1.950.17291350.12332967X-RAY DIFFRACTION95.5
1.95-2.070.18071420.11953042X-RAY DIFFRACTION96.43
2.07-2.230.16161400.11913037X-RAY DIFFRACTION97.16
2.23-2.450.17421420.1283083X-RAY DIFFRACTION97.34
2.45-2.810.15791410.1363049X-RAY DIFFRACTION97.2
2.81-3.540.18621400.13663057X-RAY DIFFRACTION95.83
3.54-39.450.16851450.15363149X-RAY DIFFRACTION97.05

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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